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Yorodumi- PDB-4rdx: Structure of histidinyl-tRNA synthetase in complex with tRNA(His) -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4rdx | ||||||
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Title | Structure of histidinyl-tRNA synthetase in complex with tRNA(His) | ||||||
Components |
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Keywords | LIGASE/RNA / aminoacyl-tRNA synthetase / classII aaRS / aminoacylation / histidine / tRNA / LIGASE-RNA complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information histidine-tRNA ligase / histidine-tRNA ligase activity / histidyl-tRNA aminoacylation / ATP binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Thermus thermophilus HB27 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.55 Å | ||||||
Authors | Xie, W. / Tian, Q. / Wang, C. | ||||||
Citation | Journal: Nucleic Acids Res. / Year: 2015 Title: Structural basis for recognition of G-1-containing tRNA by histidyl-tRNA synthetase Authors: Tian, Q. / Wang, C. / Liu, Y. / Xie, W. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4rdx.cif.gz | 267.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4rdx.ent.gz | 214.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4rdx.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4rdx_validation.pdf.gz | 859.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4rdx_full_validation.pdf.gz | 866.6 KB | Display | |
Data in XML | 4rdx_validation.xml.gz | 20 KB | Display | |
Data in CIF | 4rdx_validation.cif.gz | 28 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rd/4rdx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rd/4rdx | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 47264.129 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: histidinyl-tRNA synthetase Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Thermus thermophilus HB27 (bacteria) / Strain: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / Gene: hisS, TT_C0360 / Plasmid: pET28a(+) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: P62374, histidine-tRNA ligase |
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#2: RNA chain | Mass: 25327.889 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Thermus thermophilus HB27 (bacteria) / References: GenBank: 46197919 |
#3: Chemical | ChemComp-AMP / |
#4: Chemical | ChemComp-HIS / |
#5: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.88 Å3/Da / Density % sol: 57.28 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: evaporation / pH: 4.5 Details: 5% PEG4000, 0.1M NaOAc pH4.5, EVAPORATION, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U / Wavelength: 0.99 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Mar 29, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.99 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.55→50 Å / Num. all: 27434 / Num. obs: 27099 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2.6 / Redundancy: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 48.73 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.148 / Net I/σ(I): 13.9 |
Reflection shell | Resolution: 2.55→2.55 Å / Redundancy: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.7 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 2692 / % possible all: 98.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1H4V and 3WC1 Resolution: 2.55→29.469 Å / SU ML: 0.39 / σ(F): 1.35 / σ(I): 2.6 / Phase error: 33.87 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.55→29.469 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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