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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ms7 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the legionella pneumophila effector protein RavZ_20-502 | ||||||
![]() | Legionella pneumophila effector protein RavZ | ||||||
![]() | HYDROLASE / Hydrolase / Autophagy / Legionella pneumophila effector protein / ATG8 deconjugating enzyme | ||||||
機能・相同性 | ![]() host intracellular membrane-bounded organelle / symbiont-mediated suppression of host autophagy / protein delipidation / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / cysteine-type peptidase activity / host cell cytoplasmic vesicle membrane / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / proteolysis / extracellular region / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Pantoom, S. / Vetter, I.R. / Wu, Y.W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Elucidation of the anti-autophagy mechanism of the Legionella effector RavZ using semisynthetic LC3 proteins. 著者: Yang, A. / Pantoom, S. / Wu, Y.W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 168.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 133.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 54285.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: lpg1683 / プラスミド: pOPIN / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.49 % |
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結晶化 | 温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: 16% PEG3350, 0.2 M BaCl2 and 0.1 M MES |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月26日 |
放射 | モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97862 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→47.15 Å / Num. obs: 22921 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 26.7 % / Biso Wilson estimate: 86.3 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1938 / Net I/σ(I): 15.14 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 26.3 % / Rmerge(I) obs: 1.951 / Mean I/σ(I) obs: 1.94 / CC1/2: 0.165 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5CQC 解像度: 2.8→47.145 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 30.74
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→47.145 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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