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- PDB-5mr3: Crystal structure of red abalone egg VERL repeat 2 with linker in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mr3
タイトルCrystal structure of red abalone egg VERL repeat 2 with linker in complex with sperm lysin at 1.8 A resolution
要素
  • Egg-lysin
  • Vitelline envelope sperm lysin receptor
キーワードCELL ADHESION (細胞接着) / FERTILIZATION (受精) / EGG-SPERM INTERACTION / GAMETE RECOGNITION / SPERM RECEPTOR / EGG COAT / VITELLINE ENVELOPE / ZP DOMAIN / ZP-N DOMAIN / SPERM ACROSOME / SPERM PENETRATION
機能・相同性
機能・相同性情報


vitelline envelope / acrosomal lumen / sperm-egg recognition / single fertilization / extracellular region / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Vitelline envelope, lysin receptor / Vitelline envelope receptor for lysin / Fertilization protein / Egg lysin (Sperm-lysin) / Egg-lysin superfamily / Egg lysin (Sperm-lysin) / ZP domain profile. / Zona pellucida domain / Lysin / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / Egg-lysin / Vitelline envelope sperm lysin receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Haliotis rufescens (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Nishimura, K. / Raj, I. / Sadat Al-Hosseini, H. / De Sanctis, D. / Jovine, L.
資金援助 スウェーデン, 6件
組織認可番号国
Karolinska Institutet スウェーデン
Swedish Research Council2012-5093 スウェーデン
Goran Gustafsson Foundation for Research in Natural Sciences and Medicine スウェーデン
Sven and Ebba-Christina Hagberg foundation スウェーデン
European Molecular Biology Organization
European UnionERC 260759
引用
ジャーナル: Cell / 年: 2017
タイトル: Structural Basis of Egg Coat-Sperm Recognition at Fertilization.
著者: Raj, I. / Sadat Al Hosseini, H. / Dioguardi, E. / Nishimura, K. / Han, L. / Villa, A. / de Sanctis, D. / Jovine, L.
#1: ジャーナル: Mol. Biol. Evol. / 年: 2011
タイトル: The molecular basis of sex: linking yeast to human.
著者: Swanson, W.J. / Aagaard, J.E. / Vacquier, V.D. / Monne, M. / Sadat Al Hosseini, H. / Jovine, L.
#2: ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2006
タイトル: Rapidly evolving zona pellucida domain proteins are a major component of the vitelline envelope of abalone eggs.
著者: Aagaard, J.E. / Yi, X. / MacCoss, M.J. / Swanson, W.J.
#3: ジャーナル: Gene / 年: 2002
タイトル: Full-length sequence of VERL, the egg vitelline envelope receptor for abalone sperm lysin.
著者: Galindo, B.E. / Moy, G.W. / Swanson, W.J. / Vacquier, V.D.
#4: ジャーナル: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / 年: 2000
タイトル: 1.35 and 2.07 A resolution structures of the red abalone sperm lysin monomer and dimer reveal features involved in receptor binding.
著者: Kresge, N. / Vacquier, V.D. / Stout, C.D.
#5: ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 1997
タイトル: The abalone egg vitelline envelope receptor for sperm lysin is a giant multivalent molecule.
著者: Swanson, W.J. / Vacquier, V.D.
#6: ジャーナル: J. Cell Biol. / 年: 1995
タイトル: Crystal structure and subunit dynamics of the abalone sperm lysin dimer: egg envelopes dissociate dimers, the monomer is the active species.
著者: Shaw, A. / Fortes, P.A. / Stout, C.D. / Vacquier, V.D.
#7: ジャーナル: Science / 年: 1993
タイトル: The crystal structure of lysin, a fertilization protein.
著者: Shaw, A. / McRee, D.E. / Vacquier, V.D. / Stout, C.D.
履歴
登録2016年12月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 2.02017年7月26日Group: Advisory / Database references ...Advisory / Database references / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_poly ...entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_ref / struct_ref_seq
Item: _entity.formula_weight / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code ..._entity.formula_weight / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.seq_align_end
改定 2.12017年9月6日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.22017年11月22日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related / Item: _pdbx_database_related.db_id
改定 2.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.42024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Egg-lysin
B: Vitelline envelope sperm lysin receptor
C: Egg-lysin
D: Vitelline envelope sperm lysin receptor
E: Egg-lysin
F: Vitelline envelope sperm lysin receptor
G: Egg-lysin
H: Vitelline envelope sperm lysin receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,89928
ポリマ－125,5388
非ポリマー2,36120
水10,070559
1
A: Egg-lysin
B: Vitelline envelope sperm lysin receptor
C: Egg-lysin
D: Vitelline envelope sperm lysin receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,98415
ポリマ－62,7694
非ポリマー1,21511
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9320 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area24070 Å2
手法PISA
2
E: Egg-lysin
F: Vitelline envelope sperm lysin receptor
G: Egg-lysin
H: Vitelline envelope sperm lysin receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,91613
ポリマ－62,7694
非ポリマー1,1479
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8560 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area24970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.870, 87.860, 92.550
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.93, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 8分子 ACEGBDFH

#1: タンパク質
Egg-lysin / Sperm-lysin


分子量: 16295.218 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Haliotis rufescens (無脊椎動物) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P04552
#2: タンパク質
Vitelline envelope sperm lysin receptor


分子量: 15089.334 Da / 分子数: 4 / Mutation: S293A, S296A, S297A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Haliotis rufescens (無脊椎動物) / 遺伝子: VERL / プラスミド: pHLsec / 細胞株 (発現宿主): HEK-293S / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8WR62

-
糖 , 1種, 4分子

#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / Mutation: S293A, S296A, S297A / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6 / 由来: (組換発現) Haliotis rufescens (無脊椎動物) / 遺伝子: VERL / プラスミド: pHLsec / 細胞株 (発現宿主): HEK-293S / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 575分子

#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 559 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 5% (w/v) PEG 8000, 20% (v/v) PEG 300, 10% (v/v) Glycerol, 0.1 M Tris pH 8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.07227 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07227 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→45.322 Å / Num. obs: 109995 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.05377 / Net I/σ(I): 11.53
反射 シェル解像度: 1.8→1.864 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 1.494 / Mean I/σ(I) obs: 0.97 / CC1/2: 0.307 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSMay 1, 2016 BUILT=20160617データ削減
XDSMay 1, 2016 BUILT=20160617データスケーリング
PHASER2.7.12位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ID 5II8, 5II9, D_1200000737

5ii8

5ii9


解像度: 1.8→45.322 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.68
Rfactor反射数%反射
Rfree0.227 5503 5 %
Rwork0.2008 --
obs0.2021 109973 99.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→45.322 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7878 0 94 559 8531
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0058193
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.79311079
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7933106
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051188
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071375
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.82040.4331840.4123472X-RAY DIFFRACTION99
1.8204-1.84180.44861820.39793491X-RAY DIFFRACTION100
1.8418-1.86430.4021810.37263452X-RAY DIFFRACTION100
1.8643-1.88790.39761840.36053480X-RAY DIFFRACTION100
1.8879-1.91270.37251830.35553458X-RAY DIFFRACTION100
1.9127-1.93890.37661830.34063474X-RAY DIFFRACTION100
1.9389-1.96660.31081820.31873477X-RAY DIFFRACTION100
1.9666-1.9960.35291850.30763512X-RAY DIFFRACTION100
1.996-2.02720.33331810.30043435X-RAY DIFFRACTION100
2.0272-2.06040.30071830.28043481X-RAY DIFFRACTION100
2.0604-2.09590.28511830.2673471X-RAY DIFFRACTION100
2.0959-2.13410.30091820.2563459X-RAY DIFFRACTION100
2.1341-2.17510.25821850.24953490X-RAY DIFFRACTION100
2.1751-2.21950.27191820.2393460X-RAY DIFFRACTION100
2.2195-2.26780.27371800.23783440X-RAY DIFFRACTION99
2.2678-2.32050.26521870.22653530X-RAY DIFFRACTION99
2.3205-2.37850.24631830.22133451X-RAY DIFFRACTION100
2.3785-2.44280.27971800.21593452X-RAY DIFFRACTION99
2.4428-2.51470.25771890.22493492X-RAY DIFFRACTION100
2.5147-2.59590.23631780.20953460X-RAY DIFFRACTION100
2.5959-2.68870.20631820.20953494X-RAY DIFFRACTION100
2.6887-2.79630.2431840.2093481X-RAY DIFFRACTION100
2.7963-2.92350.23071850.20523508X-RAY DIFFRACTION100
2.9235-3.07760.20441820.19933479X-RAY DIFFRACTION100
3.0776-3.27040.21681880.19523499X-RAY DIFFRACTION100
3.2704-3.52280.19981810.1763500X-RAY DIFFRACTION100
3.5228-3.87720.1951840.16033494X-RAY DIFFRACTION99
3.8772-4.43780.17511850.1473483X-RAY DIFFRACTION99
4.4378-5.58950.16421840.14113521X-RAY DIFFRACTION100
5.5895-45.33660.21871910.19283574X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.8271-0.86480.85612.8254-0.13613.1913-0.1134-0.47620.15680.1817-0.19170.0392-0.4217-0.1027-0.04690.3669-0.0302-0.02320.3409-0.06510.283322.943837.014842.6791
22.82420.0460.95041.57350.77471.9736-0.0048-0.29820.1604-0.0131-0.08310.1551-0.0907-0.2235-0.00580.32050.01090.01860.3036-0.03680.368211.101929.976126.1517
32.5828-0.43971.8523.4935-0.03522.99570.0562-0.1868-0.0246-0.0570.01890.15110.264-0.52190.01010.3737-0.0181-0.0420.4048-0.09650.3743-7.36765.26320.4156
41.70610.31160.03832.66811.79883.5601-0.0268-0.154-0.1254-0.1809-0.31570.4338-0.0569-0.3811-0.01820.29370.045-0.04740.3084-0.08160.41410.026719.275513.1475
52.05090.4-0.3911.7906-0.42993.52290.04980.0861-0.2144-0.11330.1078-0.0490.38790.34030.00170.38280.0502-0.01980.3119-0.06360.338821.8391-0.261114.0101
62.88550.76610.13892.86990.34282.36070.01040.2442-0.2339-0.09110.0119-0.36650.07360.40180.00970.25810.02740.03430.4491-0.05630.314533.376515.335615.8963
71.22990.2453-0.76711.28680.95984.19210.054-0.01320.1276-0.08340.019-0.1809-0.57310.29790.00110.4532-0.07020.04430.4105-0.00560.430952.186247.270733.8173
83.836-0.3449-0.51953.41480.76983.00060.01760.24710.0544-0.08880.0915-0.0798-0.2930.1153-0.00020.3011-0.07170.04240.459-0.01340.306244.207132.6123.6994
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and (not (resname GOL or resname PGE))
2X-RAY DIFFRACTION2chain B and (not (resname GOL or resname PGE))
3X-RAY DIFFRACTION3chain C and (not (resname GOL or resname PGE))
4X-RAY DIFFRACTION4chain D and (not (resname GOL or resname PGE))
5X-RAY DIFFRACTION5chain E and (not (resname GOL or resname PGE))
6X-RAY DIFFRACTION6chain F and (not (resname GOL or resname PGE))
7X-RAY DIFFRACTION7chain G and (not (resname GOL or resname PGE))
8X-RAY DIFFRACTION8chain H and (not (resname GOL or resname PGE))

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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