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- PDB-1o7o: Roles of Individual Residues of Alpha-1,3 Galactosyltransferases ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1o7o
タイトルRoles of Individual Residues of Alpha-1,3 Galactosyltransferases in Substrate Binding and Catalysis
要素N-ACETYLLACTOSAMINIDE ALPHA-1,3-GALACTOSYLTRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE / GLYCOSYLTRANSFERASE / GLYCOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


N-acetyllactosaminide 3-alpha-galactosyltransferase / N-acetyllactosaminide 3-alpha-galactosyltransferase activity / Golgi cisterna / : / Golgi cisterna membrane / : / glycosyltransferase activity / vesicle / carbohydrate metabolic process / Golgi apparatus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glycosyl transferase, family 6 / Glycosyltransferase family 6 / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-lactose / : / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / N-acetyllactosaminide alpha-1,3-galactosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種BOS TAURUS (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Zhang, Y. / Swaminathan, G.J. / Deshpande, A. / Natesh, R. / Xie, Z. / Acharya, K.R. / Brew, K.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003
タイトル: Roles of individual enzyme-substrate interactions by alpha-1,3-galactosyltransferase in catalysis and specificity.
著者: Zhang, Y. / Swaminathan, G.J. / Deshpande, A. / Boix, E. / Natesh, R. / Xie, Z. / Acharya, K.R. / Brew, K.
#1: ジャーナル: Embo J. / 年: 2001
タイトル: Bovine Alpha1,3-Galactosyltransferase Catalytic Domain Structure and its Relationship with Abo Histo-Blood Group and Glycophingolipid Glycosyltransferases
著者: Gastinel, L.N. / Bignon, C. / Misra, A.K. / Hindsgaul, O. / Shaper, J.H. / Joziasse, D.H.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: Structure of Udp Complex of Udp-Galactose:Beta-Galactoside-Alpha-1,3-Galactosyltransferase at 1.53-A Resolution Reveals a Conformational Change in the Catalytically Important C Terminus
著者: Boix, E. / Swaminathan, G.J. / Zhang, Y. / Natesh, R. / Brew, K. / Acharya, K.R.
履歴
登録2002年11月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月15日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Source and taxonomy / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22018年2月28日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation / entity_src_gen
Item: _audit_author.name / _citation.page_last ..._audit_author.name / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_asym.entity_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-ACETYLLACTOSAMINIDE ALPHA-1,3-GALACTOSYLTRANSFERASE
B: N-ACETYLLACTOSAMINIDE ALPHA-1,3-GALACTOSYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,7818
ポリマ－68,1782
非ポリマー1,6036
水10,701594
1
A: N-ACETYLLACTOSAMINIDE ALPHA-1,3-GALACTOSYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8914
ポリマ－34,0891
非ポリマー8013
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: N-ACETYLLACTOSAMINIDE ALPHA-1,3-GALACTOSYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8914
ポリマ－34,0891
非ポリマー8013
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.202, 94.288, 94.675
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.10, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 N-ACETYLLACTOSAMINIDE ALPHA-1,3-GALACTOSYLTRANSFERASE / GALACTOSYLTRANSFERASE / UDP-GALACTOSE / BETA-D-GALACTOSYL-1 / 4-N-ACETYL-D-GLUCOSAMINIDE ALPHA-1 / ...GALACTOSYLTRANSFERASE / UDP-GALACTOSE / BETA-D-GALACTOSYL-1 / 4-N-ACETYL-D-GLUCOSAMINIDE ALPHA-1 / 3-GALACTOSYLTRANSFERASE


分子量: 34089.180 Da / 分子数: 2 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 80-368 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BOS TAURUS (ウシ) / プラスミド: PSV-SPORT / 発現宿主: Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌) / 参照: UniProt: P14769, EC: 2.4.1.151
#2: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-lactose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-lactose
記述子タイププログラム
DGalpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5][a2112h-1b_1-5]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物 ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / コメント: UDP*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 594 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED MUTATION GLU A 317 GLN, GLU B 1317 GLN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.9 %
結晶化pH: 8 / 詳細: PEG6000, TRIS/HCL, pH 8.00
結晶化
*PLUS
温度: 16 ℃ / pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
15 mg/mlprotein1drop
220 mMMES/NaOH1droppH6.0
310 %glycerol1drop
410 mMUDP1drop
50.1 mM1dropMnCl2
65 %PEG60001reservoir
70.1 MTris-HCl1reservoirpH8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2002年4月15日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→50 Å / Num. obs: 55393 / % possible obs: 99.4 % / Biso Wilson estimate: 16.07 Å2 / Net I/σ(I): 18.08
反射 シェル解像度: 1.97→2.09 Å / Mean I/σ(I) obs: 10.8 / % possible all: 99.1
反射
*PLUS
最高解像度: 1.97 Å / 最低解像度: 50 Å / Num. measured all: 281132 / Rmerge(I) obs: 0.056
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.7 % / Rmerge(I) obs: 0.105 / Mean I/σ(I) obs: 10.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1K4V

1k4v


解像度: 1.97→50 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 1594285.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.206 5574 10.1 %RANDOM
Rwork0.181 ---
obs0.181 55110 0 %-
溶媒の処理Bsol: 54.9784 Å2 / ksol: 0.389279 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 54.94 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.28 Å20 Å2-0.01 Å2
2--2.55 Å20 Å2
3----2.83 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.23 Å0.19 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.11 Å0.04 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.97→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4786 0 98 594 5478
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.76
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.97→2.09 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.222 907 10 %
Rwork0.177 8165 -
obs--99.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN_REP.TOP
X-RAY DIFFRACTION2UDP.PARUDP.TOP
X-RAY DIFFRACTION3LAT.PARLAT.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
精密化
*PLUS
最低解像度: 50 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.201
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.76

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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