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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5mqo | |||||||||||||||
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タイトル | Glycoside hydrolase BT_1003 | |||||||||||||||
要素 | Non-reducing end beta-L-arabinofuranosidase | |||||||||||||||
キーワード | HYDROLASE / glycoside hydrolase / aceric acidase / plant pectin / CAZy family GH127 | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 beta-L-arabinofuranosidase activity / hydrolase activity, acting on glycosyl bonds / carbohydrate metabolic process 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア) | |||||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Basle, A. / Ndeh, D. / Rogowski, A. / Cartmell, A. / Luis, A.S. / Venditto, I. / Labourel, A. / Gilbert, H.J. | |||||||||||||||
資金援助 | 英国, 4件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2017 タイトル: Complex pectin metabolism by gut bacteria reveals novel catalytic functions. 著者: Ndeh, D. / Rogowski, A. / Cartmell, A. / Luis, A.S. / Basle, A. / Gray, J. / Venditto, I. / Briggs, J. / Zhang, X. / Labourel, A. / Terrapon, N. / Buffetto, F. / Nepogodiev, S. / Xiao, Y. / ...著者: Ndeh, D. / Rogowski, A. / Cartmell, A. / Luis, A.S. / Basle, A. / Gray, J. / Venditto, I. / Briggs, J. / Zhang, X. / Labourel, A. / Terrapon, N. / Buffetto, F. / Nepogodiev, S. / Xiao, Y. / Field, R.A. / Zhu, Y. / O'Neill, M.A. / Urbanowicz, B.R. / York, W.S. / Davies, G.J. / Abbott, D.W. / Ralet, M.C. / Martens, E.C. / Henrissat, B. / Gilbert, H.J. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5mqo.cif.gz | 247.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5mqo.ent.gz | 200.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5mqo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5mqo_validation.pdf.gz | 428.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5mqo_full_validation.pdf.gz | 431 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5mqo_validation.xml.gz | 21.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5mqo_validation.cif.gz | 29 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mq/5mqo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mq/5mqo | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 5mqmC 5mqnC 5mqrC 5mqsC 5msxC 5msyC 5mt2C 5muiC 5mujC 5mwkC 3wkxS 4qjyS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 78164.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア) 遺伝子: hypBA1_2, Btheta7330_02619 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0P0FFP9, UniProt: Q8A914*PLUS, non-reducing end beta-L-arabinofuranosidase |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.8 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% (w/v) PEG 3350 and 0.2 M potassium acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.775 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.775 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→109.72 Å / Num. all: 143341 / Num. obs: 29265 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 4.9 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.133 / Net I/σ(I): 5.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.954 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique all: 3300 / CC1/2: 0.339 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3WKX, 4QJY 解像度: 2.5→109.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 31.661 / SU ML: 0.282 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.368 / ESU R Free: 0.252 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 67.308 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.5→109.72 Å
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拘束条件 |
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