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万見
- PDB-5mp5: Crystal structure of DC8E8 Fab in the complex with a 14-mer tau p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mp5
タイトルCrystal structure of DC8E8 Fab in the complex with a 14-mer tau peptide at pH 6.5
要素
  • Microtubule-associated protein tau
  • antibody Fab heavy chain
  • antibody Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Antibody Fab / complex / tau protein
機能・相同性
機能・相同性情報


plus-end-directed organelle transport along microtubule / histone-dependent DNA binding / negative regulation of establishment of protein localization to mitochondrion / neurofibrillary tangle / microtubule lateral binding / axonal transport / tubulin complex / positive regulation of protein localization to synapse / phosphatidylinositol bisphosphate binding / negative regulation of tubulin deacetylation ...plus-end-directed organelle transport along microtubule / histone-dependent DNA binding / negative regulation of establishment of protein localization to mitochondrion / neurofibrillary tangle / microtubule lateral binding / axonal transport / tubulin complex / positive regulation of protein localization to synapse / phosphatidylinositol bisphosphate binding / negative regulation of tubulin deacetylation / generation of neurons / rRNA metabolic process / axonal transport of mitochondrion / regulation of chromosome organization / regulation of mitochondrial fission / axon development / central nervous system neuron development / intracellular distribution of mitochondria / minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding / lipoprotein particle binding / microtubule polymerization / negative regulation of mitochondrial membrane potential / regulation of microtubule polymerization / dynactin binding / apolipoprotein binding / main axon / protein polymerization / glial cell projection / axolemma / negative regulation of mitochondrial fission / Caspase-mediated cleavage of cytoskeletal proteins / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / neurofibrillary tangle assembly / positive regulation of axon extension / Activation of AMPK downstream of NMDARs / regulation of cellular response to heat / positive regulation of superoxide anion generation / supramolecular fiber organization / synapse assembly / regulation of long-term synaptic depression / positive regulation of protein localization / cellular response to brain-derived neurotrophic factor stimulus / regulation of calcium-mediated signaling / cytoplasmic microtubule organization / positive regulation of microtubule polymerization / somatodendritic compartment / axon cytoplasm / astrocyte activation / stress granule assembly / phosphatidylinositol binding / nuclear periphery / regulation of microtubule cytoskeleton organization / protein phosphatase 2A binding / cellular response to reactive oxygen species / Hsp90 protein binding / microglial cell activation / synapse organization / PKR-mediated signaling / cellular response to nerve growth factor stimulus / protein homooligomerization / regulation of synaptic plasticity / SH3 domain binding / response to lead ion / microtubule cytoskeleton organization / memory / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / neuron projection development / cell-cell signaling / single-stranded DNA binding / protein-folding chaperone binding / actin binding / cellular response to heat / growth cone / microtubule cytoskeleton / cell body / double-stranded DNA binding / protein-macromolecule adaptor activity / microtubule binding / dendritic spine / sequence-specific DNA binding / amyloid fibril formation / microtubule / learning or memory / neuron projection / regulation of autophagy / membrane raft / axon / negative regulation of gene expression / neuronal cell body / dendrite / DNA damage response / protein kinase binding / enzyme binding / mitochondrion / DNA binding / RNA binding / extracellular region / identical protein binding / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Microtubule-associated protein Tau / Microtubule associated protein, tubulin-binding repeat / Tau and MAP protein, tubulin-binding repeat / Tau and MAP proteins tubulin-binding repeat signature. / Tau and MAP proteins tubulin-binding repeat profile. / : / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Microtubule-associated protein tau
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.31 Å
データ登録者Skrabana, R. / Novak, M.
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of DC8E8 Fab in the complex with a 14-mer tau peptide at pH 6.5
著者: Skrabana, R. / Novak, M.
履歴
登録2016年12月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月23日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_data_processing_status / struct_conn
改定 2.02020年3月11日Group: Polymer sequence / カテゴリ: entity_poly / Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can
改定 2.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 2.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: antibody Fab heavy chain
B: antibody Fab light chain
C: antibody Fab heavy chain
D: antibody Fab light chain
E: antibody Fab heavy chain
F: antibody Fab light chain
H: antibody Fab heavy chain
I: Microtubule-associated protein tau
J: Microtubule-associated protein tau
K: Microtubule-associated protein tau
L: antibody Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)195,84811
ポリマ－195,84811
非ポリマー00
水2,216123
1
A: antibody Fab heavy chain
B: antibody Fab light chain
K: Microtubule-associated protein tau


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,3303
ポリマ－49,3303
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4340 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area19550 Å2
手法PISA
2
C: antibody Fab heavy chain
D: antibody Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,8582
ポリマ－47,8582
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3490 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area19520 Å2
手法PISA
3
E: antibody Fab heavy chain
F: antibody Fab light chain
I: Microtubule-associated protein tau


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,3303
ポリマ－49,3303
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4370 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area19450 Å2
手法PISA
4
H: antibody Fab heavy chain
J: Microtubule-associated protein tau
L: antibody Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,3303
ポリマ－49,3303
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4450 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area19440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.750, 82.120, 89.040
Angle α, β, γ (deg.)92.350, 95.360, 89.860
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12A
22E
13A
23H
14B
24D
15B
25F
16B
26L
17C
27E
18C
28H
19D
29F
110D
210L
111E
211H
112F
212L

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PCAPCAARGARGAA1 - 2201 - 220
21PCAPCAARGARGCC1 - 2201 - 220
12PCAPCAPROPROAA1 - 2191 - 219
22PCAPCAPROPROEE1 - 2191 - 219
13PCAPCAARGARGAA1 - 2201 - 220
23PCAPCAARGARGHG1 - 2201 - 220
14ASPASPARGARGBB1 - 2161 - 216
24ASPASPARGARGDD1 - 2161 - 216
15ASPASPASNASNBB1 - 2151 - 215
25ASPASPASNASNFF1 - 2151 - 215
16ASPASPARGARGBB1 - 2161 - 216
26ASPASPARGARGLK1 - 2161 - 216
17PCAPCAPROPROCC1 - 2191 - 219
27PCAPCAPROPROEE1 - 2191 - 219
18PCAPCAARGARGCC1 - 2201 - 220
28PCAPCAARGARGHG1 - 2201 - 220
19ASPASPASNASNDD1 - 2151 - 215
29ASPASPASNASNFF1 - 2151 - 215
110ASPASPGLUGLUDD1 - 2181 - 218
210ASPASPGLUGLULK1 - 2181 - 218
111PCAPCAVALVALEE1 - 2181 - 218
211PCAPCAVALVALHG1 - 2181 - 218
112ASPASPASNASNFF1 - 2151 - 215
212ASPASPASNASNLK1 - 2151 - 215

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12

-
要素

#1: 抗体
antibody Fab heavy chain


分子量: 23685.529 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体
antibody Fab light chain


分子量: 24172.787 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: タンパク質・ペプチド Microtubule-associated protein tau / Neurofibrillary tangle protein / Paired helical filament-tau / PHF-tau


分子量: 1471.722 Da / 分子数: 3 / Fragment: UNP Residues 615-628 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P10636
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.49 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 20% PEG 8000, 0.1 M Na-cacodylate, 0.2 M Mg-acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.849
11-H, K, -L20.151
反射解像度: 2.31→34.5 Å / Num. obs: 64648 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.095 % / Biso Wilson estimate: 39.915 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 14.86
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
2.4-2.462.0470.3382.540.706196.4
2.46-2.532.1080.2853.060.773196.8
2.53-2.62.10.2383.680.837197.1
2.6-2.682.110.2014.40.87196.6
2.68-2.772.1060.1575.620.912197
2.77-2.872.1040.1236.930.945197.2
2.87-2.982.1010.0988.590.967197.3
2.98-3.12.1060.07611.080.981196.8
3.1-3.242.0990.06313.680.986196.6
3.24-3.392.0960.04517.440.992196.8
3.39-3.582.0990.03621.650.995196.6
3.58-3.792.0910.03223.60.996197.1
3.79-4.062.0950.0325.70.997196.7
4.06-4.382.0930.02430.330.998196.8
4.38-4.82.1010.02132.790.998196
4.8-5.372.1010.02233.170.998196.3
5.37-6.22.090.02629.510.997194.6
6.2-7.592.0850.02528.810.998195.8
7.59-10.732.0730.01640.920.999195.9
10.73-34.52.0550.01843.580.999187.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdbid 4OZ4

4oz4
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.31→34.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.895 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.849 / SU B: 9.804 / SU ML: 0.246 / SU R Cruickshank DPI: 0.1658 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.166 / ESU R Free: 0.068
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2765 3165 4.9 %RANDOM
Rwork0.2348 ---
obs0.2368 61485 85.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 104.73 Å2 / Biso mean: 37.366 Å2 / Biso min: 5.29 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.74 Å26.2 Å2-3.88 Å2
2---7.12 Å2-1.54 Å2
3---1.38 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.31→34.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13382 0 0 123 13505
Biso mean---28.58 -
残基数----1764
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0213739
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.0212401
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5211.94618703
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.314328740
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.94651752
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.57624.241514
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.98152152
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.6131546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.22108
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02115443
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.023037
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A217000.07
12C217000.07
21A215940.08
22E215940.08
31A218000.07
32H218000.07
41B218680.08
42D218680.08
51B218480.08
52F218480.08
61B221680.07
62L221680.07
71C217320.07
72E217320.07
81C218140.07
82H218140.07
91D217480.07
92F217480.07
101D226340.06
102L226340.06
111E215740.07
112H215740.07
121F220580.06
122L220580.06
LS精密化 シェル解像度: 2.307→2.367 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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