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万見
- PDB-5mll: Structure of HpDprA at 1.9 Angstroms resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mll
タイトルStructure of HpDprA at 1.9 Angstroms resolution
要素DNA processing chain A (DprA)
キーワードDNA BINDING PROTEIN / HpDprA
機能・相同性DNA recombination-mediator protein A / DNA recombination-mediator protein A / DNA-mediated transformation / Rossmann fold - #450 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / DNA processing chain A (DprA)
機能・相同性情報
生物種Helicobacter pylori 26695 (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Lisboa, J. / Quevillon-Cheruel, S.
引用ジャーナル: FEBS J. / 年: 2019
タイトル: The C-terminal domain of HpDprA is a DNA-binding Winged Helix domain that does not bind double-stranded DNA.
著者: Lisboa, J. / Celma, L. / Sanchez, D. / Marquis, M. / Andreani, J. / Guerois, R. / Ochsenbein, F. / Durand, D. / Marsin, S. / Cuniasse, P. / Radicella, J.P. / Quevillon-Cheruel, S.
履歴
登録2016年12月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月6日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA processing chain A (DprA)
B: DNA processing chain A (DprA)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,0875
ポリマ－48,9012
非ポリマー1863
水2,594144
1
A: DNA processing chain A (DprA)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,5753
ポリマ－24,4501
非ポリマー1242
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: DNA processing chain A (DprA)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,5122
ポリマ－24,4501
非ポリマー621
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.380, 67.580, 159.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 DNA processing chain A (DprA)


分子量: 24450.414 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Helicobacter pylori 26695 (ピロリ菌)
遺伝子: HP_0333 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O25100
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.38 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 3350, 200mM di-ammonium tartrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98011 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年9月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98011 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 35234 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.35 % / Biso Wilson estimate: 29.3 Å2 / Net I/σ(I): 3.2
反射 シェル解像度: 1.9→1.966 Å / 冗長度: 4.35 % / % possible all: 96.98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3UQZ

3uqz


解像度: 1.9→41.753 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.05
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2472 1760 5 %
Rwork0.1953 --
obs0.1979 35196 99.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→41.753 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3418 0 12 144 3574
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073517
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d14758
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3581353
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041553
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005611
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8986-1.950.35571290.27032449X-RAY DIFFRACTION96
1.95-2.00730.26461330.24342515X-RAY DIFFRACTION99
2.0073-2.07210.27921320.22352530X-RAY DIFFRACTION100
2.0721-2.14620.27421330.21712538X-RAY DIFFRACTION100
2.1462-2.23210.30491340.20732554X-RAY DIFFRACTION100
2.2321-2.33370.26631350.21382562X-RAY DIFFRACTION100
2.3337-2.45670.28321340.22032542X-RAY DIFFRACTION100
2.4567-2.61060.26461360.21342570X-RAY DIFFRACTION100
2.6106-2.81210.26451350.21742574X-RAY DIFFRACTION100
2.8121-3.0950.26741370.21532594X-RAY DIFFRACTION100
3.095-3.54270.25961370.20052597X-RAY DIFFRACTION100
3.5427-4.46260.21271390.16472645X-RAY DIFFRACTION100
4.4626-41.76320.20061460.16222766X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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