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万見
- PDB-3uqz: X-ray structure of DNA processing protein A (DprA) from Streptoco... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3uqz
タイトルX-ray structure of DNA processing protein A (DprA) from Streptococcus pneumoniae
要素DNA processing protein DprA
キーワードDNA BINDING PROTEIN / SAM and Rossmann Fold / DNA processing protein A
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-mediated transformation
類似検索 - 分子機能
DNA processing protein A, sterile alpha motif domain / DNA processing protein A sterile alpha motif domain / DNA recombination-mediator protein A / DNA recombination-mediator protein A / Rossmann fold - #450 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative DNA processing protein DprA / Putative DNA processing protein DprA
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Quevillon-Cheruel, S. / Brooks, M.A. / Li de la Sierra-Gallay, I.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Structure-function analysis of pneumococcal DprA protein reveals that dimerization is crucial for loading RecA recombinase onto DNA during transformation.
著者: Quevillon-Cheruel, S. / Campo, N. / Mirouze, N. / Mortier-Barriere, I. / Brooks, M.A. / Boudes, M. / Durand, D. / Soulet, A.L. / Lisboa, J. / Noirot, P. / Martin, B. / van Tilbeurgh, H. / ...著者: Quevillon-Cheruel, S. / Campo, N. / Mirouze, N. / Mortier-Barriere, I. / Brooks, M.A. / Boudes, M. / Durand, D. / Soulet, A.L. / Lisboa, J. / Noirot, P. / Martin, B. / van Tilbeurgh, H. / Noirot-Gros, M.F. / Claverys, J.P. / Polard, P.
履歴
登録2011年11月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年9月26日Group: Database references
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA processing protein DprA
B: DNA processing protein DprA
C: DNA processing protein DprA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,8707
ポリマ－96,4863
非ポリマー3844
水2,972165
1
A: DNA processing protein DprA
ヘテロ分子

B: DNA processing protein DprA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,6125
ポリマ－64,3242
非ポリマー2883
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_553-x+1/2,y,-z-5/41
Buried area2060 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area25340 Å2
手法PISA
2
C: DNA processing protein DprA
ヘテロ分子

C: DNA processing protein DprA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,5164
ポリマ－64,3242
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_553-x+1/2,y,-z-5/41
Buried area1880 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area24790 Å2
手法PISA
3
B: DNA processing protein DprA
ヘテロ分子

A: DNA processing protein DprA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,6125
ポリマ－64,3242
非ポリマー2883
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_553-x+1/2,y,-z-5/41
単位格子
Length a, b, c (Å)300.240, 300.240, 78.340
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122

-
要素

#1: タンパク質 DNA processing protein DprA


分子量: 32162.021 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
遺伝子: SP_1266 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q97QF0, UniProt: A0A0H2UQA6*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.11 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M MES pH 6.5, 1M LiSO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSOLEIL PROXIMA 110.933
シンクロトロンSOLEIL PROXIMA 120.9796
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 315r1CCD2008年2月29日
ADSC QUANTUM 315r2CCD2010年5月10日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si 111 CHANNELSADMx-ray1
2Si 111 CHANNELSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9331
20.97961
反射解像度: 2.7→41.8 Å / Num. all: 49479 / Num. obs: 47450 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 67.24 Å2
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Rsym value: 0.464 / % possible all: 92.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SHELXS位相決定
BUSTER2.8.0精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.7→41.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9161 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8921 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2451 2421 5.11 %RANDOM
Rwork0.2193 ---
obs0.2206 47388 --
all-48729 --
原子変位パラメータBiso mean: 58.42 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.1161 Å20 Å20 Å2
2--2.1161 Å20 Å2
3----4.2323 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.402 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→41.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6542 0 20 165 6727
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0096682HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.139017HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2357SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes176HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes962HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6682HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.46
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.25
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion851SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7663SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3008 180 5.54 %
Rwork0.2591 3072 -
all0.2614 3252 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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