PDB-5mfi: Designed armadillo repeat protein YIII(Dq.V2)4CqI in complex with...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5mfi

タイトル

Designed armadillo repeat protein YIII(Dq.V2)4CqI in complex with peptide (KR)4

要素

(KR)4
YIII(Dq.V2)4CqI

キーワード

DE NOVO PROTEIN / Designed armadillo repeat protein / peptide binding / de novo proein

機能・相同性

Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Hansen, S. / Ernst, P. / Reichen, C. / Ewald, C. / Mittl, P. / Plueckthun, A.

引用

ジャーナル: J. Struct. Biol. / 年: 2018
タイトル: Curvature of designed armadillo repeat proteins allows modular peptide binding.
著者: Hansen, S. / Ernst, P. / Konig, S.L.B. / Reichen, C. / Ewald, C. / Nettels, D. / Mittl, P.R.E. / Schuler, B. / Pluckthun, A.

履歴

登録	2016年11月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年9月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年2月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5mfi.cif.gz	223.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5mfi.ent.gz	182.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5mfi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5mfi_validation.pdf.gz	446.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5mfi_full_validation.pdf.gz	449.7 KB	表示
XML形式データ	5mfi_validation.xml.gz	24.7 KB	表示
CIF形式データ	5mfi_validation.cif.gz	38.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mf/5mfi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mf/5mfi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5mfbC 5mfeC 5mffC 5mfgC 5mfhC 5mfjC 5mfkC 5mflC 5mfmC 5mfnC 5mfoC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4d49-2 5mjk-1 4gcm-d 3itj-2 2qi8-d 1trb-1 3ish-1 5n1x-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: YIII(Dq.V2)4CqI

B: YIII(Dq.V2)4CqI

C: (KR)4

D: (KR)4

53.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.800, 89.250, 107.500
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	YIII(Dq.V2)4CqI 分子量: 25784.658 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
#2: タンパク質・ペプチド	(KR)4 分子量: 1163.510 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 580 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.59 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 25% PEG 2000 MME, 0.3 M Na Acetate, 0.1M Na Acetate, pH5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.45→46.04 Å / Num. obs: 87337 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.1 % / B_iso Wilson estimate: 24.21 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.117 / Net I/σ(I): 15.1
反射シェル	解像度: 1.45→1.49 Å / 冗長度: 12.5 % / R_merge(I) obs: 5.435 / Mean I/σ(I) obs: 0.52 / CC_1/2: 0.12 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.2	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.45→46.04 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / SU R Cruickshank DPI: 0.077 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.083 / SU R_free Blow DPI: 0.081 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.077

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.228	4375	5.01 %	RANDOM
R_work	0.202	-	-	-
obs	0.203	87276	100 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.92 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.4091 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.387 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.7961 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.24 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.45→46.04 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3726	0	0	580	4306

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.009	4221	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.04	5779	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		1604	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		182	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		603	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		4221	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.36
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	19.36
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		563	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		5796	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 1.45→1.49 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.231	298	4.67 %
R_work	0.236	6086	-
all	0.236	6384	-
obs	-	-	99.94 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4043	0.6544	-0.2737	2.0003	-0.8667	1.3208	-0.0713	-0.0066	-0.101	-0.1526	-0.0886	-0.1904	0.0726	0.0837	0.1599	-0.0338	0.0221	0.0259	-0.0205	0.0037	-0.0294	2.6884	1.2059	124.976
2	1.9784	-0.8123	0.7199	0.6035	-0.445	0.7498	-0.1367	0.0707	0.0801	0.0452	-0.0273	-0.0974	-0.0978	0.0426	0.1641	-0.0143	-0.0132	-0.0068	0.0082	0.0188	-0.0272	9.512	-9.8105	94.8255
3	0.4778	0.6279	-0.8636	0	-0.1521	0	0.004	0.0216	-0.0377	0.001	0.0144	-0.0792	0.0162	0.0163	-0.0184	0.0017	-0.0059	0.036	0.0272	0.0066	-0.0384	10.8512	1.6588	133.128
4	0	0.4406	0.0186	0	-0.3405	0.002	0.0003	-0.0181	0.0649	0.0176	0.0153	-0.0212	0.0004	0.0106	-0.0155	0.0232	0.0335	-0.0187	-0.0093	-0.0136	-0.026	12.4018	-2.2784	109.256

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C\|* }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ D\|* }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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