[日本語] English
万見
- PDB-5mes: MCL1 FAB COMPLEX IN COMPLEX WITH COMPOUND 29 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mes
タイトルMCL1 FAB COMPLEX IN COMPLEX WITH COMPOUND 29
要素
  • Heavy Chain
  • Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 homolog,Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
  • Light Chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / MCL1 / FAB / macrocycle / MCL1-FAB_55_C6HIS
機能・相同性
機能・相同性情報


BH domain binding / positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / cell fate determination / cellular homeostasis / Bcl-2 family protein complex / mitochondrial fusion / apoptotic mitochondrial changes / negative regulation of anoikis / BH3 domain binding / transmembrane protein transporter activity ...BH domain binding / positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / cell fate determination / cellular homeostasis / Bcl-2 family protein complex / mitochondrial fusion / apoptotic mitochondrial changes / negative regulation of anoikis / BH3 domain binding / transmembrane protein transporter activity / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / response to cytokine / release of cytochrome c from mitochondria / negative regulation of autophagy / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / positive regulation of neuron apoptotic process / channel activity / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / regulation of apoptotic process / cell differentiation / mitochondrial outer membrane / protein dimerization activity / positive regulation of apoptotic process / protein heterodimerization activity / DNA damage response / negative regulation of apoptotic process / protein-containing complex binding / mitochondrion / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Apoptosis regulator, Mcl-1 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family ...Apoptosis regulator, Mcl-1 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7LT / Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 homolog / Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.24 Å
データ登録者Hargreaves, D.
引用ジャーナル: ACS Med Chem Lett / 年: 2017
タイトル: Structure Based Design of Non-Natural Peptidic Macrocyclic Mcl-1 Inhibitors.
著者: Johannes, J.W. / Bates, S. / Beigie, C. / Belmonte, M.A. / Breen, J. / Cao, S. / Centrella, P.A. / Clark, M.A. / Cuozzo, J.W. / Dumelin, C.E. / Ferguson, A.D. / Habeshian, S. / Hargreaves, D. ...著者: Johannes, J.W. / Bates, S. / Beigie, C. / Belmonte, M.A. / Breen, J. / Cao, S. / Centrella, P.A. / Clark, M.A. / Cuozzo, J.W. / Dumelin, C.E. / Ferguson, A.D. / Habeshian, S. / Hargreaves, D. / Joubran, C. / Kazmirski, S. / Keefe, A.D. / Lamb, M.L. / Lan, H. / Li, Y. / Ma, H. / Mlynarski, S. / Packer, M.J. / Rawlins, P.B. / Robbins, D.W. / Shen, H. / Sigel, E.A. / Soutter, H.H. / Su, N. / Troast, D.M. / Wang, H. / Wickson, K.F. / Wu, C. / Zhang, Y. / Zhao, Q. / Zheng, X. / Hird, A.W.
履歴
登録2016年11月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月1日Group: Database references
改定 1.22017年3月8日Group: Database references
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 homolog,Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
H: Heavy Chain
L: Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,6564
ポリマ－66,8743
非ポリマー7831
水3,639202
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4940 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area25930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)168.470, 40.330, 102.840
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 126.11, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11L-345-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 homolog,Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 / Bcl-2-related protein EAT/mcl1 / Bcl-2-like protein 3 / Bcl2-L-3 / Bcl-2-related protein EAT/mcl1 / mcl1/EAT


分子量: 18227.592 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: Mcl1, MCL1, BCL2L3 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P97287, UniProt: Q07820
#2: 抗体 Heavy Chain


分子量: 24488.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類)
#3: 抗体 Light Chain


分子量: 24157.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類)
#4: 化合物 ChemComp-7LT / (5~{R},13~{S},17~{S})-5-[[4-chloranyl-3-(2-phenylethyl)phenyl]methyl]-13-[(4-chlorophenyl)methyl]-8-methyl-1,4,8,12,16-pentazatricyclo[15.8.1.0^{20,25}]hexacosa-20(25),21,23-triene-3,7,15,26-tetrone


分子量: 782.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H49Cl2N5O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 202 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.36 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 8K 10%w/v, PEG 1500 10%w/v

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97626 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 1M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97626 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.24→81.02 Å / Num. obs: 27132 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 49.23 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rpim(I) all: 0.057 / Rrim(I) all: 0.083 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 2.24→2.3 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.709 / CC1/2: 0.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.6精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.24→81.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.301 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.308 / SU Rfree Blow DPI: 0.213 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.214
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23 1326 4.89 %RANDOM
Rwork0.18 ---
obs0.182 27131 99 %-
原子変位パラメータBiso mean: 52.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.4043 Å20 Å20.4612 Å2
2---0.4902 Å20 Å2
3---0.0859 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.27 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.24→81.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4404 0 55 202 4661
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014583HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.116235HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1553SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes92HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes674HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4583HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.21
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.6
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion604SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5284SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.24→2.32 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
Rfactor反射数%反射
Rfree0.299 131 4.68 %
Rwork0.23 2670 -
all0.234 2801 -
obs--99.07 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る