PDB-5m7f: Human porphobilinogen deaminase in complex with DPM cofactor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5m7f

タイトル

Human porphobilinogen deaminase in complex with DPM cofactor

要素

Porphobilinogen deaminase

キーワード

TRANSFERASE / Porphobilinogen deaminase / heme biosynthesis / porphyria / HMBS

機能・相同性

機能・相同性情報

hydroxymethylbilane synthase / hydroxymethylbilane synthase activity / heme B biosynthetic process / heme O biosynthetic process / heme A biosynthetic process / protoporphyrinogen IX biosynthetic process / Heme biosynthesis / heme biosynthetic process / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.78 Å

データ登録者

Pluta, P. / Millet, O. / Roversi, P. / Rojas, A.L. / Gu, S.

資金援助

スペイン, 1件

引用

ジャーナル: Biochim Biophys Acta Gen Subj / 年: 2018
タイトル: Structural basis of pyrrole polymerization in human porphobilinogen deaminase.
著者: Pluta, P. / Roversi, P. / Bernardo-Seisdedos, G. / Rojas, A.L. / Cooper, J.B. / Gu, S. / Pickersgill, R.W. / Millet, O.

履歴

登録	2016年10月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年11月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年5月29日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5m7f.cif.gz	501.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5m7f.ent.gz	412.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5m7f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m7/5m7f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m7/5m7f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5m6rC 3ecrS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7ccx-1 3q70-d 7aaj-1 3eq1-1 3ecr-1 7ccz-2 7aaj-2 7cd0-2 2r01-1 7aak-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (1) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Porphobilinogen deaminase

B: Porphobilinogen deaminase

ヘテロ分子

82 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Porphobilinogen deaminase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
41 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Porphobilinogen deaminase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
41 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.420, 80.950, 76.220
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.70, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Porphobilinogen deaminase / PBG-D / Hydroxymethylbilane synthase / HMBS / Pre-uroporphyrinogen synthase 分子量: 40285.043 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HMBS, PBGD, UPS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P08397, hydroxymethylbilane synthase
#2: 化合物	ChemComp-DPM / 3-[5-{[3-(2-carboxyethyl)-4-(carboxymethyl)-5-methyl-1H-pyrrol-2-yl]methyl}-4-(carboxymethyl)-1H-pyrrol-3-yl]propanoic acid / DIPYRROMETHANE COFACTOR 分子量: 420.413 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₄N₂O₈
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 56 % / 解説: Plates
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 0.2 M sodium chloride, 2 M ammonium sulphate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.972422 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.972422 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.78→80.95 Å / Num. obs: 21353 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.3 % / B_iso Wilson estimate: 39.43 Å² / CC_1/2: 0.946 / R_merge(I) obs: 0.247 / Net I/σ(I): 3.1
反射シェル	解像度: 2.78→2.83 Å / 冗長度: 2.6 % / R_merge(I) obs: 1.265 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / CC_1/2: 0.477 / % possible all: 83.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.3	精密化
XDS	VERSION May 1, 2016	データ削減
Aimless	version 0.5.23	データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3ecr

3ecr

解像度: 2.78→29.77 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.856 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.848 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.986 / SU R_free Blow DPI: 0.34

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26	1112	5.23 %	RANDOM
R_work	0.22	-	-	-
obs	0.222	21279	98.5 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.78 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-6.3483 Å²	0 Å²	-19.3686 Å²
2-	-	21.049 Å²	0 Å²
3-	-	-	-14.7008 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.46 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.78→29.77 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4878	0	90	51	5019

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	10067	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.16	18272	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		2250	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		126	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		1533	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		10067	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.23
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	16.4
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		653	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		11301	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.78→2.92 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 11

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.301	112	4.27 %
R_work	0.25	2509	-
all	0.252	2621	-
obs	-	-	91.77 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4368	0.4354	-1.1094	2.2999	-0.0527	2.2895	0.1441	0.1125	0.1469	0.0989	0.029	0.1859	-0.2125	-0.1479	-0.1731	0.0067	0.0834	0.1916	-0.0997	0.0284	-0.0069	1.4876	-0.87	24.3874
2	1.7654	0.3031	-1.0007	3.7019	-0.0875	1.5846	-0.0764	-0.0929	-0.2129	-0.0383	0.0599	-0.3085	-0.0739	0.1607	0.0164	-0.063	0.0006	0.1441	-0.0555	0.0193	0.0284	-20.9142	14.2536	-2.4437

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)