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- PDB-5m6a: Crystal structure of cardiotoxic Bence-Jones light chain dimer H9 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5m6a
タイトルCrystal structure of cardiotoxic Bence-Jones light chain dimer H9
要素Bence-Jones light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / light chain dimer / light chain amyloidosis / immunoglobulin fold / protein aggregation
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / PHOSPHATE ION
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.64 Å
データ登録者Oberti, L. / Rognoni, P. / Bacarizo, J. / Bolognesi, M. / Ricagno, S.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Concurrent structural and biophysical traits link with immunoglobulin light chains amyloid propensity.
著者: Oberti, L. / Rognoni, P. / Barbiroli, A. / Lavatelli, F. / Russo, R. / Maritan, M. / Palladini, G. / Bolognesi, M. / Merlini, G. / Ricagno, S.
履歴
登録2016年10月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22024年1月17日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bence-Jones light chain
B: Bence-Jones light chain
C: Bence-Jones light chain
D: Bence-Jones light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,85211
ポリマ－90,1994
非ポリマー6537
水15,889882
1
A: Bence-Jones light chain
B: Bence-Jones light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4736
ポリマ－45,0992
非ポリマー3744
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3930 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area19610 Å2
手法PISA
2
C: Bence-Jones light chain
D: Bence-Jones light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3785
ポリマ－45,0992
非ポリマー2793
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3940 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area19200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.492, 63.429, 86.637
Angle α, β, γ (deg.)95.32, 85.84, 99.58
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: 抗体
Bence-Jones light chain


分子量: 22549.658 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / Plasmid details: Urine
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 882 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M Sodium citrate, 16 % w/v PEG 4000, 10 % v/v 2-Propanol

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月20日
放射モノクロメーター: Si(111) and Si(311) liquid nitrogen cooled channel-cut silicon monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.64→45.77 Å / Num. obs: 113757 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 22.59 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 1.64→1.7 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 94.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1JVK

1jvk


解像度: 1.64→45.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU R Cruickshank DPI: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.094 / SU Rfree Blow DPI: 0.088 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.086
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.203 5715 5.02 %RANDOM
Rwork0.183 ---
obs0.184 113747 95.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 25.75 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.1756 Å2-0.1579 Å20.4902 Å2
2--0.0102 Å2-0.2228 Å2
3----0.1858 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.21 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.64→45.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6235 0 39 882 7156
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.016663HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.149138HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2164SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes140HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1000HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6663HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.04
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.06
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion897SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8286SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.64→1.68 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2649 406 4.91 %
Rwork0.2172 7857 -
all0.2195 8263 -
obs--94.08 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.30390.0787-0.2710.16880.36870.830.0765-0.039-0.0205-0.0167-0.0550.0189-0.0701-0.0909-0.0214-0.01590.03170.0119-0.03240.0216-0.010219.59680.09745.8651
20.16120.0221-0.29120.33590.34611.88650.057-0.01710.03480.01010.002-0.03430.0541-0.0058-0.059-0.04120.023-0.0124-0.01650.0055-0.037334.3905-5.71798.7551
30.20690.0281-0.11440.492-0.1261.41790.010.0245-0.0030.06350.00650.05440.0722-0.0227-0.0165-0.0032-0.01860.0107-0.0621-0.0263-0.054435.864726.7579-32.5617
40.39410.3557-0.26890.7359-0.70181.731-0.01620.052-0.12940.0375-0.0821-0.10270.0760.17720.0983-0.03840.01760.0459-0.0832-0.027-0.014847.957338.0187-29.9827
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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