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- PDB-5m41: Crystal structure of nigritoxine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5m41
タイトルCrystal structure of nigritoxine
要素Nigritoxine
キーワードTOXIN / new fold / arthropod
機能・相同性Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Vibrio nigripulchritudo (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Czjzek, M. / Labreuche, L. / Jeudy, A. / Le Roux, F.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Nigritoxin is a bacterial toxin for crustaceans and insects.
著者: Labreuche, Y. / Chenivesse, S. / Jeudy, A. / Le Panse, S. / Boulo, V. / Ansquer, D. / Pages, S. / Givaudan, A. / Czjzek, M. / Le Roux, F.
履歴
登録2016年10月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nigritoxine
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,0262
ポリマ－83,0011
非ポリマー241
水4,089227
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area100 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area32950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)185.160, 185.160, 185.160
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23

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要素

#1: タンパク質 Nigritoxine


分子量: 83001.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio nigripulchritudo (バクテリア)
遺伝子: VIBNI_0175 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F0V195
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 227 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.65 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 2 microL of protein with 1 microL of reservoir solution, containing 100 mM Bis-Tris propane buffer at pH 8.5, 24 % (w/v) PEG 3350, 0.1 M Sodium Fluorate

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSOLEIL PROXIMA 210.979
シンクロトロンESRF ID2921.0332
検出器
タイプID検出器日付
DECTRIS PILATUS3 6M1PIXEL2014年3月28日
DECTRIS PILATUS 6M2PIXEL2014年9月12日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9791
21.03321
反射解像度: 2.1→58 Å / Num. obs: 57805 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rpim(I) all: 0.032 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル解像度: 2.1→2.2 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / Rpim(I) all: 0.21 / % possible all: 97.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHELXDE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 7.783 / SU ML: 0.107 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.169 / ESU R Free: 0.153 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22647 3069 5 %RANDOM
Rwork0.19333 ---
obs0.19501 57805 99.17 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 56.336 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.1→58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5520 0 1 227 5748
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0195637
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.0244
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2831.9537624
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.91398
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6315714
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.2125.018277
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.0415971
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.8991535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2840
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0214348
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.0214
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.253 234 -
Rwork0.231 4120 -
obs--99.86 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.35140.09540.20640.70170.4160.5972-0.04050.03780.1084-0.08910.00090.0483-0.0164-0.00770.03960.06160.0497-0.01760.13630.02610.0395-4.05108.152-40.391
21.79571.38750.99371.12470.94151.32770.1116-0.0551-0.1380.0503-0.079-0.104-0.0434-0.0193-0.03260.04330.0293-0.02850.11380.02660.053520.612121.78-15.606
30.55530.2529-0.28710.4474-0.50831.28930.0228-0.0103-0.00190.0566-0.01330.0319-0.16440.1552-0.00950.0926-0.11260.02540.1449-0.02750.049634.344135.48514.083
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A18 - 267
2X-RAY DIFFRACTION2A274 - 460
3X-RAY DIFFRACTION3A461 - 753

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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