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- PDB-5m02: Crystal structure of murine P14 TCR / H-2Db with PF, modified gp3... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5m02
タイトルCrystal structure of murine P14 TCR / H-2Db with PF, modified gp33 peptide from LCMV
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
  • LCMV-DERIVED GP33 ALTERED PEPTIDE LIGAND PF
  • Protein Trav14-1,T-cell receptor alpha chain C region
  • T-cell receptor beta chain V region C5,T-cell receptor beta-2 chain C region
キーワードIMMUNE SYSTEM / MHC class I / TCR / H-2Db / gp33 / LCMV
機能・相同性
機能・相同性情報


Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / PD-1 signaling / Generation of second messenger molecules / Downstream TCR signaling / alpha-beta T cell receptor complex / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway ...Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / PD-1 signaling / Generation of second messenger molecules / Downstream TCR signaling / alpha-beta T cell receptor complex / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / T cell receptor complex / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / beta-2-microglobulin binding / cellular defense response / Neutrophil degranulation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / response to bacterium / peptide binding / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / MHC class I protein complex / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of cellular senescence / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / negative regulation of epithelial cell proliferation / positive regulation of immune response / positive regulation of T cell activation / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / adaptive immune response / amyloid fibril formation / learning or memory / cell surface receptor signaling pathway / immune response / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / protein-containing complex binding / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / : / T-cell receptor alpha chain, constant domain / Domain of unknown function (DUF1968) / : / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains ...: / : / T-cell receptor alpha chain, constant domain / Domain of unknown function (DUF1968) / : / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Immunoglobulin V-Type / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Immunoglobulin V-set domain / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin V-set domain / : / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
T cell receptor alpha variable 14-1 / T-cell receptor alpha chain constant / T-cell receptor beta-2 chain C region / Beta-2-microglobulin / H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain / T-cell receptor beta chain V region C5
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Lymphocytic choriomeningitis virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Achour, A. / Sandalova, T. / Sun, R.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Thernary complexes of TCR P14 give insights into the mechanisms behind reestablishment of CTL responses against a viral escape mutant
著者: Allerbring, E. / Duru, A. / Sun, R. / Han, X. / Uchtenhagen, H. / Madhurantakam, C. / Popov, A. / Markova, N. / Talyzina, A. / Nygren, P.A. / Sandalova, T. / Achour, A.
履歴
登録2016年10月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
G: Protein Trav14-1,T-cell receptor alpha chain C region
H: T-cell receptor beta chain V region C5,T-cell receptor beta-2 chain C region
P: LCMV-DERIVED GP33 ALTERED PEPTIDE LIGAND PF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,9078
ポリマ－96,6305
非ポリマー2763
水7,062392
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11750 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area37790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)255.110, 46.500, 89.020
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.60, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

-
タンパク質 , 4種, 4分子 ABGH

#1: タンパク質 H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain / H-2D(B)


分子量: 32087.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: H2-D1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01899
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 13794.978 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: B2m / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01887
#3: タンパク質 Protein Trav14-1,T-cell receptor alpha chain C region


分子量: 23072.697 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Trav14-1, Tcra / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0G2JF94, UniProt: P01849
#4: タンパク質 T-cell receptor beta chain V region C5,T-cell receptor beta-2 chain C region


分子量: 26647.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04213, UniProt: P01851

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 P

#5: タンパク質・ペプチド LCMV-DERIVED GP33 ALTERED PEPTIDE LIGAND PF


分子量: 1027.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: KAPFNFATM
由来: (合成) Lymphocytic choriomeningitis virus (ウイルス)

-
非ポリマー , 2種, 395分子

#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 392 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 19% PEG 6000, 0.1M Tris HCl pH 8.0 / PH範囲: 8

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.972 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.972 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→128 Å / Num. obs: 103816 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 5042 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1s7u

1s7u


解像度: 1.75→127.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 4.736 / SU ML: 0.076 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.106 / ESU R Free: 0.102 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21386 5198 5 %RANDOM
Rwork0.18794 ---
obs0.18926 98616 98.13 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 35.395 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.15 Å2-0 Å20.45 Å2
2---0.39 Å2-0 Å2
3---0.17 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.75→127.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6503 0 18 392 6913
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0196803
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026196
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5221.9389243
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.935314315
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4845827
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.88723.894339
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.506151124
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.2051544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2959
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0217733
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021649
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.042.0063254
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.042.0063253
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.75734063
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.75734064
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.3532.1643549
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.3382.1633549
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.1773.1775169
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.75516.3337504
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.66815.9777379
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.319 390 -
Rwork0.289 7185 -
obs--96.77 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5127-0.1152-0.19131.48960.20921.1435-0.0306-0.01350.05820.00880.0187-0.03860.0175-0.04540.0120.07380.0046-0.01180.1370.02540.076265.246-24.19524.723
23.26991.0089-0.57491.46860.0531.396-0.0287-0.0753-0.03690.0365-0.00890.15660.077-0.18440.03760.03440.0548-0.00850.20320.00740.0788228.926-19.71331.502
32.9727-0.95190.73811.378-0.21751.53810.03170.294-0.0429-0.1456-0.05790.1519-0.0813-0.22020.02630.0322-0.0064-0.02940.23690.010.0291239.849-21.93911.811
43.623-0.6151-0.33260.45720.29120.1966-0.0312-0.64870.11950.03380.0831-0.08690.03320.0925-0.05190.01550.05930.00040.41090.04360.0394302.806-23.65430.614
54.84951.81750.34997.9677-2.80835.7492-0.4372-0.40890.30540.01320.1604-0.3237-0.47990.22160.27680.15850.0914-0.05030.1944-0.09190.104328.201-24.41925.5
61.3131-0.1819-0.18310.25610.18910.1725-0.00970.08710.02260.03750.02570.04280.0165-0.0047-0.0160.03160.02850.01450.19410.04830.0777300.128-26.7510.274
72.1068-0.90911.93712.0264-1.80493.65360.0255-0.0436-0.0652-0.03280.11930.0314-0.0079-0.0341-0.14480.04640.0381-0.00590.2029-0.00550.0652319.866-35.40112.476
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 181
2X-RAY DIFFRACTION2A182 - 276
3X-RAY DIFFRACTION3B2 - 99
4X-RAY DIFFRACTION4G10 - 147
5X-RAY DIFFRACTION5G148 - 196
6X-RAY DIFFRACTION6H1 - 142
7X-RAY DIFFRACTION7H143 - 237

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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