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- PDB-5m00: Crystal structure of murine P14 TCR complex with H-2Db and Y4A, m... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5m00
タイトルCrystal structure of murine P14 TCR complex with H-2Db and Y4A, modified gp33 peptide from LCMV
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
  • LCMV-DERIVED GP33 ALTERED PEPTIDE LIGAND Y4A
  • Protein Trav14-1,Uncharacterized protein
  • T-cell receptor beta chain V region C5,Uncharacterized protein
キーワードIMMUNE SYSTEM / MHC class I / TCR / H-2Db / gp33 / LCMV
機能・相同性
機能・相同性情報


Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / T cell receptor complex / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / beta-2-microglobulin binding / cellular defense response ...Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / T cell receptor complex / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / beta-2-microglobulin binding / cellular defense response / Neutrophil degranulation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / peptide binding / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / peptide antigen binding / negative regulation of epithelial cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / sensory perception of smell / positive regulation of T cell activation / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / adaptive immune response / amyloid fibril formation / membrane => GO:0016020 / learning or memory / cell surface receptor signaling pathway / immune response / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / protein-containing complex binding / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
T-cell receptor alpha chain, constant domain / Domain of unknown function (DUF1968) / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Immunoglobulin V-Type / Beta-2-Microglobulin ...T-cell receptor alpha chain, constant domain / Domain of unknown function (DUF1968) / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Immunoglobulin V-Type / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Immunoglobulin V-set domain / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
T cell receptor alpha variable 14-1 / Beta-2-microglobulin / H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain / T-cell receptor beta chain V region C5 / Ig-like domain-containing protein / Ig-like domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Achour, A. / Sandalova, T. / Sun, R. / Han, X.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Thernary complexes of TCR P14 give insights into the mechanisms behind reestablishment of CTL responses against a viral escape mutant
著者: Allerbring, E. / Duru, A. / Sun, R. / Han, X. / Uchtenhagen, H. / Madhurantakam, C. / Popov, A. / Markova, N. / Talyzina, A. / Nygren, P.A. / Sandalova, T. / Achour, A.
履歴
登録2016年10月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月14日Group: Database references / カテゴリ: struct_ref_seq_dif / Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
G: Protein Trav14-1,Uncharacterized protein
H: T-cell receptor beta chain V region C5,Uncharacterized protein
P: LCMV-DERIVED GP33 ALTERED PEPTIDE LIGAND Y4A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,5565
ポリマ－96,5565
非ポリマー00
水6,864381
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10690 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area38030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)258.455, 46.941, 90.253
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.24, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 ABH

#1: タンパク質 H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain / H-2D(B)


分子量: 32087.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: H2-D1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01899
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 13794.978 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: B2m / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01887
#4: タンパク質 T-cell receptor beta chain V region C5,Uncharacterized protein


分子量: 26647.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04213, UniProt: Q7TND8

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抗体 / タンパク質・ペプチド / 非ポリマー , 3種, 383分子 GP

#3: 抗体 Protein Trav14-1,Uncharacterized protein


分子量: 23072.697 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Trav14-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0G2JF94, UniProt: Q6PIR9
#5: タンパク質・ペプチド LCMV-DERIVED GP33 ALTERED PEPTIDE LIGAND Y4A


分子量: 953.135 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 381 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 19% PEG 6000, 0.1M Tris HCl pH 8.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.972 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.972 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→128.9 Å / Num. obs: 77777 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 1.95→1.99 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.548 / Num. unique all: 4274 / % possible all: 96

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1s7u

1s7u


解像度: 1.95→128.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 7.914 / SU ML: 0.114 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.154 / ESU R Free: 0.145 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23715 3894 5 %RANDOM
Rwork0.19958 ---
obs0.20148 73882 97.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 42.426 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å2-0 Å2-0.12 Å2
2---0.34 Å20 Å2
3---0.35 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.95→128.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6504 0 0 381 6885
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0196716
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026094
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6671.9369116
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.988314069
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.115809
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.36724.073329
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.253151096
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1011539
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2950
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0217634
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021615
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1122.1733251
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1122.1723250
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8263.2494054
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.8263.2494055
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.3382.3293465
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.3382.3293465
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.1653.4285063
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.1717.6857423
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.16917.6847423
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.949→1.999 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.314 265 -
Rwork0.285 5299 -
obs--95.96 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1154-0.0569-0.39431.89290.43061.5619-0.0489-0.01040.05210.0370.0463-0.12060.0402-0.04890.00260.1280.02150.02720.16360.0290.0999263.006-19.902114.442
24.2681.09-1.14111.6441-0.38993.09870.03150.042-0.13370.0698-0.03510.0329-0.1501-0.38970.00360.07680.0770.00710.3195-0.02070.065226.848-14.438122.632
33.6049-0.68030.64631.58230.02972.6478-0.03490.35930.0887-0.1655-0.09120.1297-0.0889-0.55660.12610.06030.01110.00770.35190.00230.0448236.702-17.191102.549
43.28470.1349-0.61141.6935-0.26861.9345-0.0322-0.67470.14380.0456-0.0731-0.20510.10450.63510.10530.02490.06530.02440.43230.01360.091292.1-17.315121.971
52.7554-0.22850.76632.52440.84924.0304-0.2152-0.62610.25330.35260.3968-0.0405-0.4085-0.0814-0.18160.1470.1664-0.01970.398-0.14780.0854325.125-23.322116.723
62.64610.2180.708910.51830.05030.20670.10060.24131.28410.0374-0.4363-1.3829-0.01760.17770.33570.3186-0.13240.00970.863-0.08630.9404334.957-17.152111.341
72.88910.0429-1.69590.17030.42562.3142-0.12550.22530.08410.0150.08230.06820.0668-0.05720.04320.03110.04830.04840.2360.09030.1391290.285-20.08398.821
81.7269-0.78721.66861.4996-1.17993.5961-0.0854-0.2470.08650.23360.2688-0.0538-0.03360.0185-0.18330.05510.0946-0.0120.3104-0.02890.0636320.426-28.829106.933
93.3774-3.42593.54036.5589-4.73146.99360.13880.0296-0.0654-0.19590.0789-0.03150.34230.053-0.21770.08060.0116-0.00460.3028-0.02450.1248316.958-34.29496.378
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 175
2X-RAY DIFFRACTION2A176 - 276
3X-RAY DIFFRACTION3B2 - 99
4X-RAY DIFFRACTION4G9 - 116
5X-RAY DIFFRACTION5G117 - 184
6X-RAY DIFFRACTION6G185 - 196
7X-RAY DIFFRACTION7H1 - 112
8X-RAY DIFFRACTION8H113 - 195
9X-RAY DIFFRACTION9H196 - 237

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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