PDB-5lxt: Tubulin-Discodermolide complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5lxt

タイトル

Tubulin-Discodermolide complex

要素

Stathmin-4
TUBULIN-TYROSINE LIGASE
Tubulin alpha-1B chain
Tubulin beta-2B chain

キーワード

CELL CYCLE / TUBULIN FOLD / CYTOSKELETON / MICROTUBULE / DISCODERMOLIDE

機能・相同性

機能・相同性情報

tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / microtubule-based process / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / tubulin binding / spindle microtubule / protein modification process / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

Gallus gallus (ニワトリ)

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Prota, A.E. / Steinmetz, M.O.

資金援助

スイス,

スペイン,

米国, 4件

組織	認可番号	国
Swiss National Science Foundation	310030B_138659 and 31003A_166608	スイス
Spanish Ministry of Economy and Competitiveness	BIO2013-42984-R and S2010/BMD-2457 BIPEDD2	スペイン
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)	CA077263	米国
Breast Cancer Research Foundation		米国

引用

ジャーナル: Chembiochem / 年: 2017
タイトル: Structural Basis of Microtubule Stabilization by Discodermolide.
著者: Prota, A.E. / Bargsten, K. / Redondo-Horcajo, M. / Smith, A.B. / Yang, C.H. / McDaid, H.M. / Paterson, I. / Horwitz, S.B. / Fernando Diaz, J. / Steinmetz, M.O.

履歴

登録	2016年9月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年3月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年6月7日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月13日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2022年3月30日	Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support ...database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.4	2024年1月17日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5lxt.cif.gz	957.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5lxt.ent.gz	784.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5lxt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5lxt_validation.pdf.gz	3.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5lxt_full_validation.pdf.gz	3.3 MB	表示
XML形式データ	5lxt_validation.xml.gz	98.2 KB	表示
CIF形式データ	5lxt_validation.cif.gz	140.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lx/5lxt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lx/5lxt	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5lxsC 4i4tS 4i50 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ezy-d 6o5m-d 5nfz-d 5h7o-d 5iyz-d 4zhq-d 5yls-d 5xke-d 4i4t-d 4tv9-d 5jvd-d 5j2u-d 5yl2-d 5xlt-d 5yz3-d 5cb4-d 6fkl-d 5m8g-d 5xp3-d 5xi7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (28) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (19) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (19) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#175 - 2014年7月
微小管 (Microtubules)
類似性 (28)
#176 - 2014年8月
ダイニン (Dynein)
類似性 (19)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (19)
#118 - 2009年10月
ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Tubulin alpha-1B chain

B: Tubulin beta-2B chain

C: Tubulin alpha-1B chain

D: Tubulin beta-2B chain

E: Stathmin-4

F: TUBULIN-TYROSINE LIGASE

ヘテロ分子

266 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.500, 157.790, 180.230
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

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タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

#1: タンパク質	Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain 分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P81947
#2: タンパク質	Tubulin beta-2B chain 分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q6B856
#3: タンパク質	Stathmin-4 / Stathmin-like protein B3 / RB3 分子量: 16844.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stmn4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63043
#4: タンパク質	TUBULIN-TYROSINE LIGASE 分子量: 44378.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1BQ43

-
非ポリマー , 8種, 1584分子

#5: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP 分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#9: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#10: 化合物	ChemComp-7AK / (+)-Discodermolide 分子量: 593.792 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₃H₅₅NO₈
#11: 化合物	ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP 分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₁₂P₃ コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#12: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1567 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.61 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 0-3% PEG, 1-6% glycerol, 30 mM magnesium chloride, 30 mM calcium chloride, 0.1M MES/0.1M imidazole PH範囲: 6.7

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年9月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→52.25 Å / Num. obs: 233651 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.3 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 18.7
反射シェル	解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 12.5 % / R_merge(I) obs: 3.209 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / CC_1/2: 0.33 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 4I4T

4i4t

解像度: 1.9→52.25 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 22.37

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.208	11712	5.01 %
R_work	0.1729	-	-
obs	0.1747	233651	99.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→52.25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17497	0	256	1567	19320

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	18460
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.912	25122
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.096	6902
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.037	2769
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	3260

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8999-1.9215	0.3471	368	0.342	7292	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9215-1.9441	0.3491	389	0.3269	7308	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9441-1.9679	0.3449	364	0.3089	7389	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9679-1.9928	0.3191	396	0.2934	7281	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9928-2.019	0.2934	403	0.2767	7337	X-RAY DIFFRACTION	100
2.019-2.0467	0.2959	413	0.261	7344	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0467-2.0759	0.2811	406	0.2492	7324	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0759-2.1069	0.2663	416	0.2401	7302	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1069-2.1398	0.2613	361	0.2232	7379	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1398-2.1749	0.2614	391	0.2154	7349	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1749-2.2124	0.2553	408	0.2126	7292	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2124-2.2526	0.2327	369	0.2	7413	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2526-2.2959	0.2249	394	0.1919	7299	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2959-2.3428	0.2274	385	0.1916	7400	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3428-2.3937	0.2268	370	0.185	7409	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3937-2.4494	0.2257	408	0.1732	7320	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4494-2.5107	0.2241	401	0.1758	7365	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5107-2.5786	0.2354	368	0.1726	7409	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5786-2.6544	0.2243	385	0.1702	7347	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6544-2.7401	0.2104	366	0.1726	7461	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7401-2.838	0.2149	355	0.1698	7406	X-RAY DIFFRACTION	100
2.838-2.9517	0.2184	409	0.1708	7370	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9517-3.086	0.2068	383	0.1649	7434	X-RAY DIFFRACTION	100
3.086-3.2487	0.2198	388	0.1681	7433	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2487-3.4522	0.1943	408	0.1599	7426	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4522-3.7186	0.1834	409	0.15	7438	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7186-4.0927	0.1654	399	0.1351	7475	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0927-4.6846	0.1583	391	0.1271	7526	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6846-5.9008	0.1701	400	0.1475	7580	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9008-52.2697	0.1977	409	0.1725	7831	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2182	-0.5466	-0.1218	3.6459	1.1391	2.2244	0.0551	0.1473	0.2148	-0.3586	0.1243	-0.3039	-0.6134	0.2892	-0.1636	0.4481	-0.0896	0.1006	0.3566	-0.0936	0.3159	31.8195	88.332	51.7332
2	1.0229	-0.1782	-0.3264	2.676	1.0256	2.6458	0.0884	-0.0076	0.0649	0.1908	-0.0478	0.1887	-0.1896	-0.1063	-0.0395	0.3164	0.0002	0.0529	0.2536	-0.0836	0.2628	19.2355	82.4658	65.5976
3	0.8702	-0.3375	-0.0582	4.0315	1.3935	2.1982	-0.0204	-0.148	0.1552	0.5466	0.0512	0.1462	-0.1556	-0.0076	-0.0365	0.3733	-0.0171	0.0823	0.3132	-0.0804	0.2985	18.7221	83.4963	73.1545
4	1.8297	-0.2774	-0.7162	3.5392	2.6305	4.3144	-0.0175	-0.1074	-0.1515	0.5704	0.2618	-0.2872	0.6355	0.694	-0.1916	0.3044	0.0885	-0.0418	0.2851	-0.1123	0.3558	32.8321	61.8961	60.4302
5	4.7367	-2.807	-0.577	1.7092	0.6664	2.3567	0.1714	-0.3302	-0.7899	0.1134	0.397	0.6802	0.5941	0.7577	-0.4966	1.891	-0.0233	0.5424	0.7964	0.0575	1.1065	15.0337	55.1674	86.3168
6	4.166	-1.7057	-0.9628	6.4358	1.7647	3.5924	0.1339	0.241	0.7277	-0.3629	-0.1436	0.1419	-0.795	-0.1933	0.0395	0.3532	0.04	0.0033	0.2746	-0.0133	0.4009	16.2601	69.9882	19.1554
7	2.0315	-0.07	-0.6282	5.8345	0.2784	1.8413	0.0017	0.3119	0.0859	-0.3694	0.1732	-0.3976	-0.2984	0.2058	-0.1659	0.262	-0.0248	0.0396	0.4203	-0.0684	0.2615	29.0567	56.1647	14.3873
8	1.3343	0.8511	0.3974	4.0727	1.5175	2.8339	0.0051	-0.1696	0.1461	0.0241	0.004	-0.0642	-0.1686	0.1431	-0.0159	0.1634	0.0057	0.0406	0.2658	-0.1078	0.2577	24.3502	53.1363	25.9396
9	1.6212	-1.0837	1.1298	0.7904	-0.9997	1.6685	-0.1119	-0.3329	-0.097	-0.0466	-0.1559	0.497	0.142	-0.6577	0.2524	0.2752	-0.0569	0.0751	0.5346	-0.2657	0.5035	5.1884	51.0883	28.0538
10	1.7724	-0.5658	0.187	1.0688	0.7283	1.9871	-0.0574	-0.1033	0.1121	-0.0698	-0.0654	0.2779	-0.2651	-0.5117	0.0784	0.2668	0.0207	0.0259	0.3825	-0.1286	0.3999	9.4769	61.9577	35.2227
11	2.7452	-1.2135	0.8254	2.2656	-0.4074	2.635	-0.2478	-0.3081	-0.0015	0.3302	-0.0515	0.4183	-0.1396	-1.1317	0.2618	0.4137	0.0686	0.0509	0.6887	-0.2243	0.488	6.4893	60.9403	44.5806
12	1.6182	-1.8921	-1.4024	3.8628	3.6818	4.1558	-0.109	-0.0889	-0.0945	0.5066	0.0012	0.3512	0.592	-0.1157	0.1517	0.3032	-0.046	0.0515	0.2757	-0.0751	0.2722	15.3981	42.1105	34.0751
13	1.1842	-0.8461	-0.5768	3.8845	3.2834	2.8244	-0.0686	-0.211	-0.175	0.7439	0.0476	-0.0873	0.829	0.5438	0.0051	0.321	-0.0199	-0.0341	0.3267	-0.0317	0.2685	25.6675	37.9682	30.8992
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21	0.1739	0.033	-0.0827	-0.0439	-0.0018	0.4168	-0.1011	0.0596	-0.0766	0.2368	0.6486	-0.4955	0.3702	0.9209	-0.5946	0.328	0.0764	0.0098	0.6336	-0.273	0.5561	42.8418	27.7225	3.8164
22	1.3543	1.7805	-0.0318	4.2478	0.4563	0.8188	-0.4124	0.5076	-0.6399	-0.3151	0.0558	-0.2614	1.3271	-0.2141	-0.09	0.9161	-0.1405	0.1797	0.4522	-0.1953	0.4936	6.2687	54.7332	69.6779
23	2.2016	0.0802	0.3034	3.382	-0.8613	2.852	-0.1045	-0.8748	-0.4005	0.7555	-0.3491	-1.0713	0.3121	1.7289	0.3933	0.7574	0.154	-0.1434	1.1408	0.2597	0.7764	15.7248	58.2872	105.0389
24	2.6184	0.7289	-2.1579	1.7503	-0.6029	4.1517	-0.3872	-0.0579	-0.6927	0.2094	0.1297	-0.0711	0.741	-0.0767	-0.1024	0.6638	0.0168	0.1007	0.2298	0.0408	0.497	-1.7818	54.5946	93.5573

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 1:180)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 181:311)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 312:401)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 402:436)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 437:450)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resseq 1:88)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resseq 89:127)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resseq 128:197)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resseq 198:223)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resseq 224:295)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resseq 296:373)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resseq 374:401)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resseq 402:438)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resseq 1:197)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resseq 198:440)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resseq 1:88)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resseq 89:295)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resseq 296:401)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resseq 402:441)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'E' and (resseq 6:46)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'E' and (resseq 47:143)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'F' and (resseq 1:66)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'F' and (resseq 67:198)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'F' and (resseq 199:384)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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