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- PDB-5lw0: Oryza sativa APL macrodomain in complex with ADP-ribose -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lw0
タイトルOryza sativa APL macrodomain in complex with ADP-ribose
要素Basic helix-loop-helix, putative, expressed
キーワードADP-RIBOSE-BINDING PROTEIN / ADP-ribosyltransferase / Interstrand crosslink repair
機能・相同性
機能・相同性情報


Aprataxin, C2HE/C2H2/C2HC zinc finger / C2HE / C2H2 / C2HC zinc-binding finger / Scavenger mRNA decapping enzyme C-term binding / AAA domain / Histidine triad, conserved site / HIT domain signature. / HIT-like superfamily / Macro domain / Appr-1"-p processing enzyme / Macro domain ...Aprataxin, C2HE/C2H2/C2HC zinc finger / C2HE / C2H2 / C2HC zinc-binding finger / Scavenger mRNA decapping enzyme C-term binding / AAA domain / Histidine triad, conserved site / HIT domain signature. / HIT-like superfamily / Macro domain / Appr-1"-p processing enzyme / Macro domain / Macro domain profile. / Macro domain-like / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AR6 / GLYCINE / PHOSPHATE ION / Macro domain-containing protein / Basic helix-loop-helix, putative, expressed
類似検索 - 構成要素
生物種Oryza sativa subsp. japonica (イネ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Ariza, A.
資金援助 英国, 5件
組織認可番号国
Cancer Research UKC1521/A12353 英国
Medical Research Council (United Kingdom)MR/L000164/1 英国
NC3RsNC/K00137X/1 英国
Wellcome Trust101794 英国
European Research Council281739 英国
引用ジャーナル: J.Cell.Sci. / 年: 2016
タイトル: The role of ADP-ribosylation in regulating DNA interstrand crosslink repair.
著者: Gunn, A.R. / Banos-Pinero, B. / Paschke, P. / Sanchez-Pulido, L. / Ariza, A. / Day, J. / Emrich, M. / Leys, D. / Ponting, C.P. / Ahel, I. / Lakin, N.D.
履歴
登録2016年9月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02017年9月13日Group: Atomic model / Author supporting evidence / カテゴリ: atom_site / pdbx_audit_support
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月6日Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_contact_author / pdbx_entry_details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Basic helix-loop-helix, putative, expressed
B: Basic helix-loop-helix, putative, expressed
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,3279
ポリマ－50,7742
非ポリマー1,5547
水6,575365
1
A: Basic helix-loop-helix, putative, expressed
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1364
ポリマ－25,3871
非ポリマー7493
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Basic helix-loop-helix, putative, expressed
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1915
ポリマ－25,3871
非ポリマー8044
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)73.496, 91.318, 62.882
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.32, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-589-

HOH

21B-590-

HOH

31B-592-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010A29 - 229
2010B29 - 229

-
要素

#1: タンパク質 Basic helix-loop-helix, putative, expressed / APL


分子量: 25386.852 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 78-296 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Oryza sativa subsp. japonica (イネ)
遺伝子: LOC_Os03g18210 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q10MW4, UniProt: B8ALM5*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-AR6 / [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL [HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE / Adenosine-5-Diphosphoribose


分子量: 559.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H23N5O14P2
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-GLY / GLYCINE / グリシン


タイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5NO2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 365 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.91 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4
詳細: 25% PEG 1500 + 0.1 M SPG buffer (succinic acid, sodium phosphate monobasic monohydrate and glycine)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月7日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→56.31 Å / Num. obs: 47191 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 1.65→1.68 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.406 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / CC1/2: 0.875 / % possible all: 77.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0071精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5LW6

5lw6


解像度: 1.65→56.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 1.788 / SU ML: 0.06 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.091 / ESU R Free: 0.091 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18727 2344 5 %RANDOM
Rwork0.15477 ---
obs0.1564 44846 97.16 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 24.533 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.37 Å20 Å20.31 Å2
2--0.14 Å2-0 Å2
3---0.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→56.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3113 0 97 365 3575
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0193373
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.023248
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5641.9944613
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.95837497
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9655440
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.80123.916143
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.55315575
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.2141525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2538
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0213800
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.02761
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3192.0751666
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2772.061659
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.3553.0932085
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.3573.0852082
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.9572.5841707
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.9572.5841707
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.9393.6762510
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.9418.854173
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.87118.2983994
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 12699 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.1 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.222 120 -
Rwork0.224 2734 -
obs--79.68 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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