PDB-5xru: Crystal structure of Notothenia coriiceps adenylate kinase variant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5xru

タイトル

Crystal structure of Notothenia coriiceps adenylate kinase variant

要素

adenylate kinase

キーワード

TRANSFERASE / phosphorylation

機能・相同性

機能・相同性情報

dAMP kinase activity / AMP metabolic process / ADP biosynthetic process / nucleoside triphosphate biosynthetic process / adenylate kinase / AMP kinase activity / nucleoside-diphosphate kinase / nucleoside diphosphate kinase activity / ATP metabolic process / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Notothenia coriiceps (魚類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Bae, E. / Kim, J. / Moon, S.

資金援助

韓国, 2件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Structural analyses of adenylate kinases from Antarctic and tropical fishes for understanding cold adaptation of enzymes
著者: Moon, S. / Kim, J. / Bae, E.

履歴

登録	2017年6月9日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年6月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年1月30日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5xru.cif.gz	158.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5xru.ent.gz	124.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5xru.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5xru_validation.pdf.gz	957.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5xru_full_validation.pdf.gz	963.2 KB	表示
XML形式データ	5xru_validation.xml.gz	17.5 KB	表示
CIF形式データ	5xru_validation.cif.gz	24.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xr/5xru ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xr/5xru	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5x6kSC 5xz2C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5x6l-1 5x6l-2 5ycd-1 5x6k-1 5ycc-1 5ycf-2 5ycb-1 5ycd-2 5ycb-2 1uky-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: adenylate kinase

B: adenylate kinase

ヘテロ分子

44.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: adenylate kinase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, monomeric
22.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: adenylate kinase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
22.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.435, 105.435, 83.753
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	adenylate kinase 分子量: 21341.717 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Notothenia coriiceps (魚類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2R2JFU6*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-AP5 / BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE 分子量: 916.367 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₉N₁₀O₂₂P₅
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.48 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 200mM lithium sulfate, 100mM acetate pH4.0, 41% PEG 400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97933 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2017年5月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 37833 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 24.9
反射シェル	解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 0.781 / Num. unique obs: 3703 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0073	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5X6K

5x6k

解像度: 1.9→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / SU B: 4.728 / SU ML: 0.077 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.124 / ESU R Free: 0.121 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21138	1841	4.9 %	RANDOM
R_work	0.17489	-	-	-
obs	0.17663	35880	99.88 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.778 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.13 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.13 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.25 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.9→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2876	0	119	129	3124

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.022	0.019	3040
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.02	2966
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.421	2.054	4103
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.951	3	6878
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.831	5	370
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.606	24.655	116
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.821	15	582
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.52	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.129	0.2	455
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	3260
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	594
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.434	2.11	1486
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.421	2.108	1485
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.246	3.142	1854
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.251	3.143	1855
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.134	2.543	1554
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.132	2.542	1555
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.279	3.608	2250
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.307	17.268	3466
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.273	17.173	3443
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.319	150	-
R_work	0.234	2595	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5814	-0.3974	-0.1616	0.4438	-0.0225	0.2739	0.0779	-0.0022	0.0063	-0.0434	-0.0562	0.0012	-0.0241	0.0169	-0.0217	0.0163	-0.0017	0.0073	0.0304	0.0031	0.0133	-30.087	-10.4134	-21.4221
2	0.8422	0.0374	0.0167	0.4298	-0.0092	0.0264	0.0622	-0.0286	-0.0522	-0.0031	-0.043	-0.024	-0.0111	-0.0169	-0.0193	0.0143	-0.0029	0.0007	0.0431	0.026	0.02	-53.5089	-23.9168	-1.2307

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	8 - 193
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	8 - 193

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)