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- PDB-5lvp: Human PDK1 Kinase Domain in Complex with an HM-Peptide Bound to t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lvp
タイトルHuman PDK1 Kinase Domain in Complex with an HM-Peptide Bound to the PIF-Pocket
要素
  • 3-phosphoinositide-dependent protein kinase 1
  • hydrophobic-motif peptide of PKB/Akt
キーワードTRANSFERASE / protein kinase / allosteric regulation / small compounds / PIF-pocket
機能・相同性
機能・相同性情報


3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / Activation of AKT2 / regulation of mast cell degranulation / negative regulation of toll-like receptor signaling pathway / type B pancreatic cell development / positive regulation of phospholipase activity / RSK activation / hyperosmotic response / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of vascular endothelial cell proliferation ...3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / Activation of AKT2 / regulation of mast cell degranulation / negative regulation of toll-like receptor signaling pathway / type B pancreatic cell development / positive regulation of phospholipase activity / RSK activation / hyperosmotic response / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of vascular endothelial cell proliferation / negative regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / phospholipase activator activity / positive regulation of sprouting angiogenesis / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / phospholipase binding / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / extrinsic apoptotic signaling pathway / RHO GTPases activate PKNs / cellular response to epidermal growth factor stimulus / GPVI-mediated activation cascade / T cell costimulation / activation of protein kinase B activity / Integrin signaling / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / VEGFR2 mediated vascular permeability / VEGFR2 mediated cell proliferation / cell projection / calcium-mediated signaling / positive regulation of protein localization to plasma membrane / peptidyl-threonine phosphorylation / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / negative regulation of protein kinase activity / epidermal growth factor receptor signaling pathway / CLEC7A (Dectin-1) signaling / FCERI mediated NF-kB activation / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / cellular response to insulin stimulus / positive regulation of angiogenesis / Regulation of TP53 Degradation / cell migration / Downstream TCR signaling / insulin receptor signaling pathway / PIP3 activates AKT signaling / cytoplasmic vesicle / actin cytoskeleton organization / protein autophosphorylation / postsynaptic density / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / focal adhesion / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
PDK1-type, PH domain / PDPK1 family / PH domain / PH-like domain superfamily / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. ...PDK1-type, PH domain / PDPK1 family / PH domain / PH-like domain superfamily / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Schulze, J.O. / Saladino, G. / Busschots, K. / Neimanis, S. / Suess, E. / Odadzic, D. / Zeuzem, S. / Hindie, V. / Herbrand, A.K. / Lisa, M.N. ...Schulze, J.O. / Saladino, G. / Busschots, K. / Neimanis, S. / Suess, E. / Odadzic, D. / Zeuzem, S. / Hindie, V. / Herbrand, A.K. / Lisa, M.N. / Alzari, P.M. / Gervasio, F.L. / Biondi, R.M.
資金援助 ドイツ, 3件
組織認可番号国
BMBF GO-Bio0315102 ドイツ
German Research FoundationBI 1044/2-3 ドイツ
German Research FoundationBI 1044/12-1 ドイツ
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2016
タイトル: Bidirectional Allosteric Communication between the ATP-Binding Site and the Regulatory PIF Pocket in PDK1 Protein Kinase.
著者: Schulze, J.O. / Saladino, G. / Busschots, K. / Neimanis, S. / Su, E. / Odadzic, D. / Zeuzem, S. / Hindie, V. / Herbrand, A.K. / Lisa, M.N. / Alzari, P.M. / Gervasio, F.L. / Biondi, R.M.
履歴
登録2016年9月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月2日Group: Database references
改定 1.22019年10月16日Group: Advisory / Author supporting evidence / Data collection
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / reflns_shell
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-phosphoinositide-dependent protein kinase 1
B: 3-phosphoinositide-dependent protein kinase 1
C: 3-phosphoinositide-dependent protein kinase 1
D: 3-phosphoinositide-dependent protein kinase 1
E: hydrophobic-motif peptide of PKB/Akt
F: hydrophobic-motif peptide of PKB/Akt
G: hydrophobic-motif peptide of PKB/Akt
H: hydrophobic-motif peptide of PKB/Akt
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,71614
ポリマ－147,6168
非ポリマー2,1006
水5,152286
1
A: 3-phosphoinositide-dependent protein kinase 1
F: hydrophobic-motif peptide of PKB/Akt
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4113
ポリマ－36,9042
非ポリマー5071
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 3-phosphoinositide-dependent protein kinase 1
G: hydrophobic-motif peptide of PKB/Akt
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4474
ポリマ－36,9042
非ポリマー5432
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: 3-phosphoinositide-dependent protein kinase 1
E: hydrophobic-motif peptide of PKB/Akt
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4474
ポリマ－36,9042
非ポリマー5432
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: 3-phosphoinositide-dependent protein kinase 1
H: hydrophobic-motif peptide of PKB/Akt
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4113
ポリマ－36,9042
非ポリマー5071
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.830, 168.510, 94.880
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.06, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
3-phosphoinositide-dependent protein kinase 1 / hPDK1


分子量: 35392.566 Da / 分子数: 4 / 変異: Y288G, Q292A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDPK1, PDK1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O15530, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質・ペプチド
hydrophobic-motif peptide of PKB/Akt


分子量: 1511.509 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物
ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 286 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.7
詳細: 1.65 M Ammonium Sulfate, 1 M Na Citrate pH 5.7, 0.01 M DTT

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→95 Å / Num. obs: 51591 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.2 % / Net I/σ(I): 12.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化解像度: 2.5→94.745 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 26.75
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2257 2575 5 %
Rwork0.1737 --
obs0.1764 51496 99.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→94.745 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9126 0 126 286 9538
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0079481
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9712847
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1485623
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0561394
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061601
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.58940.3292510.26834771X-RAY DIFFRACTION97
2.5894-2.6930.30782590.23854912X-RAY DIFFRACTION100
2.693-2.81560.32662590.23534925X-RAY DIFFRACTION100
2.8156-2.96410.27232570.21444882X-RAY DIFFRACTION100
2.9641-3.14980.26812580.20484892X-RAY DIFFRACTION100
3.1498-3.3930.27172600.19784936X-RAY DIFFRACTION100
3.393-3.73450.21542570.15194890X-RAY DIFFRACTION100
3.7345-4.27480.16952580.1224911X-RAY DIFFRACTION100
4.2748-5.38580.16122600.12094923X-RAY DIFFRACTION100
5.3858-94.81310.19692560.18154879X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.0540.2145-0.45833.3981-0.18994.14890.15140.66110.0857-0.2473-0.07020.3042-0.30990.1607-0.10070.27030.046-0.0420.40320.00130.325-31.543924.53-53.3638
23.06680.0131.36651.40490.09721.90160.080.0373-0.1418-0.08-0.05190.0577-0.1869-0.2208-0.00510.26520.07180.02430.32410.03290.2921-18.211626.6468-44.7734
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54.36640.8123-1.0491.1881-0.76451.9746-0.02260.6624-0.0161-0.20610.0472-0.21640.34470.0931-0.07330.3350.0636-0.0250.3376-0.09210.3934-16.6378-3.1417-49.9662
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83.15571.5036-0.66866.45634.01936.0953-0.1776-0.3693-0.23250.98360.23070.25711.03210.22080.09370.3150.0214-0.05050.36780.03630.4642-38.31950.1132.0215
93.1396-1.20050.67423.14370.04832.63130.138-0.38250.08490.1504-0.24220.3910.3793-0.13550.03620.2739-0.05220.08130.37440.08430.3789-36.151-0.1283.1114
103.4474-1.0746-1.7181.75310.47072.0268-0.0266-0.41630.00050.11830.15480.0550.3495-0.1482-0.17820.225-0.076-0.02630.35110.07450.2701-25.9425-2.80320.8287
113.6936-0.04490.62742.77560.65383.97250.026-0.2631-0.01120.0953-0.05080.1168-0.0355-0.2150.05190.2248-0.05250.00090.25140.07290.266-15.5409-5.1311-3.2283
122.889-0.27271.67292.6365-0.57114.16760.27810.1719-0.373-0.1545-0.1314-0.02840.39380.5476-0.01350.32280.0106-0.06040.32760.08620.404-7.1102-13.1491-7.7046
134.51-0.0234-0.60996.9813-3.30993.3972-0.0305-0.3728-0.08821.40830.3679-0.2242-1.2792-0.033-0.23230.4427-0.01890.06220.4150.02210.3748-9.625422.93662.4267
143.6269-1.67640.23812.70540.07363.41540.1402-0.57520.01770.2038-0.228-0.2487-0.52150.1339-0.00250.2729-0.120.01330.3651-0.04490.3183-11.465724.26673.1603
156.07720.23914.27934.24441.87224.49810.6933-1.77270.90370.5577-0.03880.0017-0.3094-0.4576-0.15290.506-0.10860.13760.8083-0.11740.3929-23.1629.334911.8599
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172.2047-0.3833-0.36931.40170.18585.25830.0042-0.0995-0.04950.0571-0.0350.12380.26590.0590.00710.2399-0.03760.04610.2271-0.00910.2878-32.727726.9347-6.6423
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217.28022.3781-5.49777.4919-4.48075.22520.6777-0.8207-0.65520.72721.19080.3687-0.15260.3611-1.01461.0624-0.2015-0.27991.13810.16010.5624-31.13111.943615.585
220.6364-0.8165-0.93674.55970.04031.76040.09350.9599-0.0358-1.2748-0.08820.45470.6718-0.3448-0.22840.9927-0.0969-0.08571.1589-0.05010.302-28.850321.0924-63.4148
235.2739-3.1386-1.82282.50493.01816.73380.98261.5374-0.2041-1.26870.218-0.5323-0.78970.1617-1.04610.9084-0.10390.1121.0512-0.15340.8215-14.90291.2735-63.5998
240.6570.20050.32924.23976.21559.23780.0604-1.220.02810.6340.3647-0.50970.73270.2062-0.12311.027-0.30680.07551.1036-0.02090.5265-16.51321.274815.0302
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6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 179 through 245 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 246 through 359 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 75 through 94 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 95 through 120 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 121 through 178 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 179 through 245 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 246 through 359 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 74 through 94 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 95 through 120 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 121 through 136 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 137 through 178 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 179 through 221 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 222 through 260 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 261 through 327 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 328 through 359 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'E' and (resid 8 through 14 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'F' and (resid 8 through 15 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'G' and (resid 8 through 15 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'H' and (resid 8 through 14 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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