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万見
- PDB-5lu1: Human 14-3-3 sigma CLU3 mutant complexed with short HSPB6 phospho... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lu1
タイトルHuman 14-3-3 sigma CLU3 mutant complexed with short HSPB6 phosphopeptide
要素
  • 14-3-3 protein sigma
  • Heat shock protein beta-6
キーワードSIGNALING PROTEIN / protein-peptide complex / intrinsically disordered protein region(s)
機能・相同性
機能・相同性情報


structural constituent of eye lens / regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / keratinization / regulation of cell-cell adhesion / cAMP/PKA signal transduction / Regulation of localization of FOXO transcription factors / keratinocyte proliferation ...structural constituent of eye lens / regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / keratinization / regulation of cell-cell adhesion / cAMP/PKA signal transduction / Regulation of localization of FOXO transcription factors / keratinocyte proliferation / phosphoserine residue binding / Activation of BAD and translocation to mitochondria / negative regulation of keratinocyte proliferation / establishment of skin barrier / negative regulation of protein localization to plasma membrane / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / negative regulation of stem cell proliferation / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / RHO GTPases activate PKNs / positive regulation of protein localization / : / protein folding chaperone / positive regulation of cell adhesion / protein sequestering activity / negative regulation of innate immune response / protein export from nucleus / release of cytochrome c from mitochondria / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / positive regulation of protein export from nucleus / negative regulation of protein kinase activity / stem cell proliferation / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / TP53 Regulates Metabolic Genes / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / positive regulation of angiogenesis / unfolded protein binding / intracellular protein localization / regulation of protein localization / protein-folding chaperone binding / response to heat / protein refolding / positive regulation of cell growth / regulation of cell cycle / nuclear speck / cadherin binding / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / protein homodimerization activity / mitochondrion / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alpha-crystallin, N-terminal / Alpha crystallin A chain, N terminal / Alpha crystallin/Small heat shock protein, animal type / Hsp20/alpha crystallin family / Small heat shock protein (sHSP) domain profile. / Alpha crystallin/Hsp20 domain / HSP20-like chaperone / 14-3-3 domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / 14-3-3 protein sigma ...Alpha-crystallin, N-terminal / Alpha crystallin A chain, N terminal / Alpha crystallin/Small heat shock protein, animal type / Hsp20/alpha crystallin family / Small heat shock protein (sHSP) domain profile. / Alpha crystallin/Hsp20 domain / HSP20-like chaperone / 14-3-3 domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / 14-3-3 protein sigma / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Heat shock protein beta-6 / 14-3-3 protein sigma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Sluchanko, N.N. / Beelen, S. / Kulikova, A.A. / Weeks, S.D. / Antson, A.A. / Gusev, N.B. / Strelkov, S.V.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: Structural Basis for the Interaction of a Human Small Heat Shock Protein with the 14-3-3 Universal Signaling Regulator.
著者: Sluchanko, N.N. / Beelen, S. / Kulikova, A.A. / Weeks, S.D. / Antson, A.A. / Gusev, N.B. / Strelkov, S.V.
履歴
登録2016年9月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年2月15日Group: Database references
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 14-3-3 protein sigma
B: 14-3-3 protein sigma
C: Heat shock protein beta-6
D: Heat shock protein beta-6
E: 14-3-3 protein sigma
F: 14-3-3 protein sigma
G: Heat shock protein beta-6
H: Heat shock protein beta-6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,31512
ポリマ－108,8268
非ポリマー4894
水6,503361
1
A: 14-3-3 protein sigma
B: 14-3-3 protein sigma
C: Heat shock protein beta-6
D: Heat shock protein beta-6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,6576
ポリマ－54,4134
非ポリマー2442
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4840 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area22080 Å2
手法PISA
2
E: 14-3-3 protein sigma
F: 14-3-3 protein sigma
G: Heat shock protein beta-6
H: Heat shock protein beta-6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,6576
ポリマ－54,4134
非ポリマー2442
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4960 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area22260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.610, 104.010, 123.070
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.890, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
14-3-3 protein sigma / Epithelial cell marker protein 1 / Stratifin


分子量: 26257.600 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 1-231 / 変異: CLU3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SFN, HME1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31947
#2: タンパク質・ペプチド
Heat shock protein beta-6 / HspB6 / Heat shock 20 kDa-like protein p20


分子量: 949.003 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 13-20 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O14558
#3: 化合物
ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 361 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M Bis-Tris propane (pH 6.5), 0.2 M NaNO3 and 20% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9801 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→48 Å / Num. obs: 54513 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 66.17 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 8.61
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
2.4-2.461.5330.90.311199.9
2.46-2.531.2891.120.4061100
2.53-2.61.0541.40.561199.8
2.6-2.680.8481.80.654199.8
2.68-2.770.6362.330.745199.9
2.77-2.870.4993.020.834199.8
2.87-2.980.383.880.899199.9
2.98-3.10.2725.250.942199.8
3.1-3.240.1987.140.962199.8
3.24-3.390.1519.070.978199.5
3.39-3.580.10911.770.986199.1
3.58-3.790.08714.150.991199.4
3.79-4.060.06816.860.993198.8
4.06-4.380.06118.620.994199.1
4.38-4.80.05320.230.995199.1
4.8-5.370.05320.040.995199.5
5.37-6.20.05319.790.995199.3
6.2-7.590.04422.810.996199.7
7.59-10.730.03525.630.998199.7
10.730.03225.940.997196.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
BUSTER-TNT2.10.3精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3IQJ

3iqj


解像度: 2.4→47.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.257 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.255 / SU Rfree Blow DPI: 0.192 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.195
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.214 2718 4.99 %RANDOM
Rwork0.184 ---
obs0.186 54511 99.6 %-
原子変位パラメータBiso max: 201.42 Å2 / Biso mean: 72.11 Å2 / Biso min: 33.26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.0067 Å20 Å26.6428 Å2
2--6.0125 Å20 Å2
3----7.0193 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.31 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→47.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7449 0 32 361 7842
Biso mean--124.99 70.53 -
残基数----941
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2761SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes219HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1072HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7587HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion975SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact9093SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d7587HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg10217HARMONIC21.64
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.9
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.81
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.276 201 5.01 %
Rwork0.229 3808 -
all-4009 -
obs--99.97 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.05390.60270.53.28391.00661.38750.16620.1033-0.24610.20240.0625-0.16780.32320.0411-0.22870.03050.0517-0.0701-0.04670.0285-0.006918.012-18.62114.7127
21.9633-0.69150.46392.6202-0.27181.3173-0.1696-0.0630.20650.17920.00730.0939-0.1197-0.00210.1623-0.1151-0.0293-0.0003-0.052-0.0414-0.040511.75219.11718.767
32.331-0.34690.53352.77781.11232.62210.0528-0.42940.37820.06770.1391-0.2671-0.39240.2297-0.1920.031-0.09720.05950.1292-0.1011-0.015241.888-27.3749.029
41.95180.84620.32052.40240.21321.7841-0.0554-0.2493-0.30080.00060.10980.03240.1495-0.0319-0.0544-0.08940.02670.0080.02040.0277-0.024633.358-63.23838.999
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* C|* }A2 - 231
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|* C|* }C13 - 20
3X-RAY DIFFRACTION2{ B|* D|* }B-2 - 231
4X-RAY DIFFRACTION2{ B|* D|* }D13 - 20
5X-RAY DIFFRACTION3{ E|* G|* }E-1 - 231
6X-RAY DIFFRACTION3{ E|* G|* }G13 - 20
7X-RAY DIFFRACTION4{ F|* H|* }F-2 - 231
8X-RAY DIFFRACTION4{ F|* H|* }H13 - 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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