PDB-5ltp: Structure of the Yellow-Green Fluorescent Protein mNeonGreen from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ltp

タイトル

Structure of the Yellow-Green Fluorescent Protein mNeonGreen from Branchiostoma lanceolatum at the acidic pH 4.5

要素

mNeonGreen

キーワード

FLUORESCENT PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

bioluminescence
類似検索 - 分子機能

生物種

Branchiostoma lanceolatum (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Clavel, D. / Gotthard, G. / Royant, A.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2016
タイトル: Structural analysis of the bright monomeric yellow-green fluorescent protein mNeonGreen obtained by directed evolution.
著者: Clavel, D. / Gotthard, G. / von Stetten, D. / De Sanctis, D. / Pasquier, H. / Lambert, G.G. / Shaner, N.C. / Royant, A.

履歴

登録	2016年9月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年12月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ltp.cif.gz	554.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ltp.ent.gz	457.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ltp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ltp_validation.pdf.gz	498 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ltp_full_validation.pdf.gz	516.4 KB	表示
XML形式データ	5ltp_validation.xml.gz	61.2 KB	表示
CIF形式データ	5ltp_validation.cif.gz	85 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lt/5ltp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lt/5ltp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ltqC 5ltrC 4jf9S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6myc-1 5b61-3 3wck-6 5b61-6 2okw-2 2awj-d 4w74-2 4kf4-5 5yr3-d 4w74-1 4lw5-4 6yls-d 1ema-d 2gx0-3 2okw-1 2gx2-6 6ogc-2 1c4f-d 4emq-4 3evp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (3) #42 - 2003年6月緑色蛍光タンパク質 (Green Fluorescent Protein) 類似性 (3) #129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1) #215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#174 - 2014年6月
GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins)
類似性 (3)
#42 - 2003年6月
緑色蛍光タンパク質 (Green Fluorescent Protein)
類似性 (3)
#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#191 - 2015年11月
グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors)
類似性 (1)
#215 - 2017年11月
アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase)
類似性 (1)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)

登録構造単位

A: mNeonGreen

B: mNeonGreen

C: mNeonGreen

D: mNeonGreen

E: mNeonGreen

F: mNeonGreen

ヘテロ分子

185 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: mNeonGreen

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
31.1 kDa, 1 ポリマー
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2

B: mNeonGreen

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
30.9 kDa, 1 ポリマー
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3

C: mNeonGreen

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
30.7 kDa, 1 ポリマー
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4

D: mNeonGreen

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
30.7 kDa, 1 ポリマー
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5

E: mNeonGreen

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
30.7 kDa, 1 ポリマー
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6

F: mNeonGreen

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
30.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.870, 127.600, 146.840
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	mNeonGreen 分子量: 30653.230 Da / 分子数: 6 / 断片: Yellow-Green Fluorescent Protein mNeonGreen / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: mNeonGreen was engineered from lanYFP 由来: (組換発現) Branchiostoma lanceolatum (無脊椎動物) 遺伝子: blFP-Y3 / Variant: mNeonGreen / プラスミド: pNCS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A1S4NYF2*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-FLC / CITRATE ANION 分子量: 189.100 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₅O₇
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 910 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.9 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 6.8mM CYMAL-7, 14% PEG 20,000, 100mM Sodium Citrate Tribasic Dihydrate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID29 / 波長: 0.97625 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月18日

放射

モノクロメーター: Si [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97625 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→46.34 Å / Num. obs: 291629 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.3 % / B_iso Wilson estimate: 29.915 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 13.78

反射シェル

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	CC_1/2	Diffraction-ID	% possible all
1.7-1.8		0.582	1.58	0.632	1	96
1.8-1.9		0.335	2.72	0.828	1	96.7
1.9-2		0.201	4.48	0.931	1	96.8
2-2.5		0.093	8.93	0.984	1	96.7
2.5-3		0.041	19.14	0.997	1	96.7
3-3.5		0.023	31.81	0.999	1	93.9
3.5-4.21		0.018	44.56	0.999	1	96.1
4.21-5.15		0.016	50.57	0.999	1	95.2
	5.15	0.016	49.34	0.999	1	94.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4JF9

4jf9

解像度: 1.7→46.34 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / SU B: 4.761 / SU ML: 0.083 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.112 / ESU R Free: 0.104 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21113	7754	5 %	RANDOM
R_work	0.18587	-	-	-
obs	0.18715	147297	98.86 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.384 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.12 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.35 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.23 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.7→46.34 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10684	0	45	910	11639

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.019	11402
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	10279
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.499	1.946	15473
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.863	3	23785
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.857	5	1414
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.242	24.137	527
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.431	15	1859
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.201	15	43
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	1579
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	12995
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	2780
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.64	1.687	5453
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.64	1.686	5452
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.15	2.523	6825
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.15	2.524	6826
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.587	1.726	5949
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.587	1.725	5947
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.027	2.568	8609
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.212	14.215	13162
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.212	14.218	13163
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.317	567	-
R_work	0.287	10776	-
obs	-	-	99.01 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.009	-0.7587	0.1496	1.1156	0.0532	0.6882	-0.0349	0.0119	0.1141	0.0463	0.0068	-0.0917	-0.0486	0.0245	0.0281	0.0528	0.0094	0.0071	0.0121	0.0081	0.1348	23.322	-21.499	-26.934
2	1.4463	-0.636	-0.8956	0.9295	0.543	1.8798	-0.1398	-0.0071	-0.318	0.0769	-0.03	0.1992	0.1839	-0.0787	0.1699	0.0548	-0.0279	0.0463	0.0209	-0.0062	0.1688	35.437	14.236	-27.403
3	0.6395	-0.1703	-0.0273	1.3752	0.1025	1.5481	0.0215	0.0057	-0.0075	0.0581	0.0506	0.1044	-0.0268	-0.0362	-0.0722	0.0268	0.0259	0.0176	0.0262	0.011	0.1008	-0.703	7.124	-27.32
4	0.81	-0.0131	-0.0571	1.271	-0.0419	0.8739	0.0145	0.0311	0.0379	-0.0386	-0.0499	0.0206	0.0422	0.0056	0.0353	0.0421	-0.0017	0.0202	0.0443	0.0127	0.0573	5.515	15.527	9.076
5	1.2962	-0.167	-0.1389	1.0276	0.0665	0.7724	-0.0206	0.0099	-0.1296	-0.1009	0.104	-0.2033	0.0029	0.0003	-0.0834	0.0574	-0.0215	0.0458	0.0139	-0.0232	0.1546	12.55	-20.087	9.194
6	2.4501	0.1921	-0.4182	1.1877	-0.1998	0.9829	-0.0559	0.2123	-0.2914	0.0378	0.0124	-0.0161	-0.0923	0.0039	0.0436	0.0212	-0.0106	0.0348	0.0835	-0.0466	0.1313	40.225	4.253	10.963

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	7 - 227
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	7 - 234
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	10 - 234
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	10 - 235
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	11 - 234
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	9 - 235

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