PDB-5ltr: Structure of the Yellow-Green Fluorescent Protein mNeonGreen from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ltr

タイトル

Structure of the Yellow-Green Fluorescent Protein mNeonGreen from Branchiostoma lanceolatum at the near physiological pH 8.0

要素

mNeonGreen

キーワード

FLUORESCENT PROTEIN

機能・相同性

Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / bioluminescence / Beta Barrel / Mainly Beta / Green fluorescent protein blFP-Y3

機能・相同性情報

生物種

Branchiostoma lanceolatum (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.21 Å

データ登録者

Clavel, D. / Gotthard, G. / Royant, A.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2016
タイトル: Structural analysis of the bright monomeric yellow-green fluorescent protein mNeonGreen obtained by directed evolution.
著者: Clavel, D. / Gotthard, G. / von Stetten, D. / De Sanctis, D. / Pasquier, H. / Lambert, G.G. / Shaner, N.C. / Royant, A.

履歴

登録	2016年9月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年12月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年12月21日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ltr.cif.gz	116.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ltr.ent.gz	88.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ltr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lt/5ltr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lt/5ltr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ltpSC 5ltqC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2zmu-d 2z6z-1 3mgf-3 5hzs-4 2gx2-4 4ppl-1 2gx2-7 5maj-d 2zmw-4 4eds-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (3) #42 - 2003年6月緑色蛍光タンパク質 (Green Fluorescent Protein) 類似性 (3)

登録構造単位

A: mNeonGreen

ヘテロ分子

30.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.270, 72.270, 153.970
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

#1: タンパク質	mNeonGreen 分子量: 30696.234 Da / 分子数: 1 / 断片: Yellow-Green Fluorescent Protein mNeonGreen / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: mNeonGreen was engineered from lanYFP 由来: (組換発現) Branchiostoma lanceolatum (無脊椎動物) 遺伝子: blFP-Y3 / Variant: mNeonGreen / プラスミド: pNCS / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B1PNC0*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 228 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.49 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 20% PEG 8,000, 100mM HEPES

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID29 / 波長: 0.953724 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月28日

放射

モノクロメーター: Si [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.953724 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.21→48.56 Å / Num. obs: 72944 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 18.2 % / B_iso Wilson estimate: 18.302 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 18.84

反射シェル

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	CC_1/2	Diffraction-ID	% possible all
1.21-1.24		1.739	1.98	0.699	1	99.9
1.24-1.28		1.185	2.6	0.794	1	100
1.28-1.31		1.491	2.58	0.798	1	99.1
1.31-1.35		0.841	3.78	0.893	1	100
1.35-1.4		0.703	4.6	0.921	1	100
1.4-1.45		0.583	5.63	0.951	1	100
1.45-1.5		0.492	7.23	0.967	1	100
1.5-1.56		0.332	9.6	0.983	1	100
1.56-1.63		0.258	12.7	0.99	1	100
1.63-1.71		0.206	15.75	0.994	1	100
1.71-1.8		0.157	20.39	0.996	1	100
1.8-1.91		0.122	24.89	0.997	1	99.7
1.91-2.05		0.091	33.62	0.998	1	99.3
2.05-2.21		0.074	40.53	0.999	1	100
2.21-2.42		0.067	41.02	0.999	1	99.5
2.42-2.71		0.057	46.92	0.999	1	100
2.71-3.12		0.047	56.42	0.999	1	100
3.12-3.83		0.042	63.89	0.999	1	100
3.83-5.41		0.038	64.14	0.999	1	99.9
	5.41	0.036	66.09	0.999	1	99.7

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.8.0135	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5LTP

5ltp

解像度: 1.21→48.56 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.962 / SU B: 1.291 / SU ML: 0.025 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.04 / ESU R Free: 0.04 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18415	3648	5 %	RANDOM
R_work	0.15798	-	-	-
obs	0.15931	69296	99.86 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.704 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.5 Å²	0.25 Å²	0 Å²
2-	-	0.5 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.63 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.21→48.56 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1745	0	1	228	1974

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	1949
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1747
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.593	1.939	2669
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.938	3	4059
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.161	5	255
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.349	24.375	96
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.203	15	310
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.397	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	273
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	2273
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	489
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.038	1.379	922
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.033	1.377	921
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.432	2.074	1160
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.435	2.076	1161
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.312	1.538	1027
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.31	1.534	1025
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.576	2.228	1492
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	2.545	12.309	2344
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	2.197	11.567	2211
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.09	3	3693
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	25.135	5	57
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	6.573	5	3796

LS精密化シェル

解像度: 1.21→1.241 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.346	265	-
R_work	0.316	5031	-
obs	-	-	99.89 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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