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万見
- PDB-5lsd: recombinant mouse Nerve Growth Factor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lsd
タイトルrecombinant mouse Nerve Growth Factor
要素Beta-nerve growth factor
キーワードCELL CYCLE / NGF / homodimer / cystin-knot / dimerfit_1
機能・相同性
機能・相同性情報


TRKA activation by NGF / NFG and proNGF binds to p75NTR / NADE modulates death signalling / NGF processing / Axonal growth stimulation / Frs2-mediated activation / positive regulation of neurotrophin TRK receptor signaling pathway / PI3K/AKT activation / ARMS-mediated activation / nerve growth factor receptor binding ...TRKA activation by NGF / NFG and proNGF binds to p75NTR / NADE modulates death signalling / NGF processing / Axonal growth stimulation / Frs2-mediated activation / positive regulation of neurotrophin TRK receptor signaling pathway / PI3K/AKT activation / ARMS-mediated activation / nerve growth factor receptor binding / NRIF signals cell death from the nucleus / p75NTR recruits signalling complexes / positive regulation of neuron maturation / Retrograde neurotrophin signalling / NF-kB is activated and signals survival / metalloendopeptidase inhibitor activity / nerve growth factor signaling pathway / regulation of neurotransmitter secretion / positive regulation of collateral sprouting / peripheral nervous system development / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activator activity / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / axon extension / positive regulation of Ras protein signal transduction / regulation of neuron differentiation / neurotrophin TRK receptor signaling pathway / neuron projection morphogenesis / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / positive regulation of axon extension / positive regulation of protein ubiquitination / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / sensory perception of pain / endosome lumen / growth factor activity / circadian rhythm / positive regulation of neuron projection development / neuron projection development / neuron apoptotic process / negative regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / endoplasmic reticulum lumen / lipid binding / positive regulation of gene expression / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Nerve growth factor, beta subunit, mammalian / Nerve growth factor, beta subunit / Nerve growth factor-related / Nerve growth factor conserved site / Nerve growth factor-like / Nerve growth factor family / Nerve growth factor family signature. / Nerve growth factor family profile. / Nerve growth factor (NGF or beta-NGF) / Cystine Knot Cytokines, subunit B ...Nerve growth factor, beta subunit, mammalian / Nerve growth factor, beta subunit / Nerve growth factor-related / Nerve growth factor conserved site / Nerve growth factor-like / Nerve growth factor family / Nerve growth factor family signature. / Nerve growth factor family profile. / Nerve growth factor (NGF or beta-NGF) / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Cystine-knot cytokine / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-nerve growth factor
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Paoletti, F. / de Chiara, C. / Kelly, G. / Lamba, D. / Cattaneo, A. / Pastore, A.
資金援助 イタリア, 2件
組織認可番号国
European Community Seventh Framework ProgramPaincage Grant number 603191 イタリア
MIURPRIN #2010N8PBAA_006 イタリア
引用ジャーナル: Front Mol Biosci / 年: 2016
タイトル: Conformational Rigidity within Plasticity Promotes Differential Target Recognition of Nerve Growth Factor.
著者: Paoletti, F. / de Chiara, C. / Kelly, G. / Covaceuszach, S. / Malerba, F. / Yan, R. / Lamba, D. / Cattaneo, A. / Pastore, A.
履歴
登録2016年8月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月3日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-nerve growth factor
B: Beta-nerve growth factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5542
ポリマ－26,5542
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area3300 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area13990 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Beta-nerve growth factor / Beta-NGF


分子量: 13277.009 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: NGF is a homodimer / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ngf, Ngfb / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01139
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic43D HNCA
1111isotropic42D 1H-15N HSQC
121isotropic43D HNCO
131isotropic43D HN(CA)CB
141isotropic43D 1H-15N NOESY
251isotropic23D 1H-15N NOESY
1121isotropic22D 1H-13C HSQC aliphatic
161isotropic23D 1H-13C NOESY aliphatic
271isotropic53D 1H-13C NOESY aliphatic
2131isotropic52D 1H-13C HSQC aliphatic
181isotropic43D CBCA(CO)NH
191isotropic23D (H)CCH-TOCSY
1101isotropic22D 1H-13C HSQC aromatic
1141isotropic23D 1H-13C NOESY aromatic

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 0.1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Nerve Growth Factor, 50 mM sodium phosphate, 1 mM EDTA, 93% H2O/7% D2O
Label: 15N_13C-NGF / 溶媒系: 93% H2O/7% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.1 mMNerve Growth Factor[U-99% 13C; U-99% 15N]1
50 mMsodium phosphatenatural abundance1
1 mMEDTAnatural abundance1
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
150 mM15N_13C-NGF_30deg71 atm303 K
250 mM15N_13C-NGF_35deg71 atm308 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA8002
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6003
Bruker AVANCEBrukerAVANCE7004
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8005

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CARAKeller and Wuthrichデータ解析
CARAKeller and Wuthrichpeak picking
ARIA2.3.2Rieping W., Habeck M., Bardiaux B., Bernard A., Malliavin T.E., Nilges M. (2007) ARIA2: automated NOE assignment and data integration in NMR structure calculation Bioinformatics 23:381-382精密化
ARIA2.3.2Rieping W., Habeck M., Bardiaux B., Bernard A., Malliavin T.E., Nilges M. (2007) ARIA2: automated NOE assignment and data integration in NMR structure calculation Bioinformatics 23:381-382structure calculation
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 5
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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