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- PDB-5lqf: CDK1/CyclinB1/CKS2 in complex with NU6102 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lqf
タイトルCDK1/CyclinB1/CKS2 in complex with NU6102
要素
  • Cyclin-dependent kinase 1
  • Cyclin-dependent kinases regulatory subunit 2
  • G2/mitotic-specific cyclin-B1
キーワードTRANSFERASE / CDK1 CYCLIN B CKS2 CELL CYCLE NU6102
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of Schwann cell differentiation / pronuclear fusion / cyclin B1-CDK1 complex / positive regulation of mitochondrial ATP synthesis coupled electron transport / Mitotic Prophase / positive regulation of mitotic sister chromatid segregation / histone kinase activity / Golgi disassembly / microtubule cytoskeleton organization involved in mitosis / G2/M DNA replication checkpoint ...regulation of Schwann cell differentiation / pronuclear fusion / cyclin B1-CDK1 complex / positive regulation of mitochondrial ATP synthesis coupled electron transport / Mitotic Prophase / positive regulation of mitotic sister chromatid segregation / histone kinase activity / Golgi disassembly / microtubule cytoskeleton organization involved in mitosis / G2/M DNA replication checkpoint / E2F-enabled inhibition of pre-replication complex formation / ventricular cardiac muscle cell development / Depolymerization of the Nuclear Lamina / positive regulation of attachment of spindle microtubules to kinetochore / MASTL Facilitates Mitotic Progression / regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / Activation of NIMA Kinases NEK9, NEK6, NEK7 / mitotic nuclear membrane disassembly / Phosphorylation of Emi1 / Phosphorylation of proteins involved in the G2/M transition by Cyclin A:Cdc2 complexes / cyclin A2-CDK1 complex / patched binding / Nuclear Pore Complex (NPC) Disassembly / Transcriptional regulation by RUNX2 / Phosphorylation of the APC/C / outer kinetochore / meiosis I / mitotic cell cycle phase transition / Transcription of E2F targets under negative control by p107 (RBL1) and p130 (RBL2) in complex with HDAC1 / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / protein localization to kinetochore / Polo-like kinase mediated events / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / Condensation of Prometaphase Chromosomes / response to copper ion / chromosome condensation / centrosome cycle / [RNA-polymerase]-subunit kinase / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase regulator activity / SCF ubiquitin ligase complex / mitotic metaphase chromosome alignment / G1/S-Specific Transcription / cyclin-dependent protein kinase activity / MAPK3 (ERK1) activation / response to amine / ubiquitin-like protein ligase binding / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / Regulation of APC/C activators between G1/S and early anaphase / regulation of embryonic development / cellular response to organic cyclic compound / response to axon injury / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / cyclin-dependent kinase / animal organ regeneration / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / response to cadmium ion / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / epithelial cell differentiation / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / regulation of mitotic cell cycle / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / Hsp70 protein binding / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of mitotic cell cycle / AURKA Activation by TPX2 / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / cyclin binding / Condensation of Prophase Chromosomes / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / mitotic spindle organization / positive regulation of DNA replication / ubiquitin binding / response to activity / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / peptidyl-threonine phosphorylation / MAPK6/MAPK4 signaling / PKR-mediated signaling / spindle microtubule / regulation of circadian rhythm / response to toxic substance / mitotic spindle / spindle pole / positive regulation of protein import into nucleus / microtubule cytoskeleton organization / cellular response to hydrogen peroxide / positive regulation of protein localization to nucleus / G1/S transition of mitotic cell cycle / G2/M transition of mitotic cell cycle / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition
類似検索 - 分子機能
: / Cyclin-Dependent Kinase Subunit Type 2 / Cyclin-dependent kinase, regulatory subunit / Cyclin-dependent kinase, regulatory subunit / Cyclin-dependent kinase, regulatory subunit superfamily / Cyclin-dependent kinase regulatory subunit / Cyclin-dependent kinases regulatory subunits signature 1. / Cyclin-dependent kinases regulatory subunits signature 2. / Cyclin-dependent kinase regulatory subunit / : ...: / Cyclin-Dependent Kinase Subunit Type 2 / Cyclin-dependent kinase, regulatory subunit / Cyclin-dependent kinase, regulatory subunit / Cyclin-dependent kinase, regulatory subunit superfamily / Cyclin-dependent kinase regulatory subunit / Cyclin-dependent kinases regulatory subunits signature 1. / Cyclin-dependent kinases regulatory subunits signature 2. / Cyclin-dependent kinase regulatory subunit / : / Cyclin, C-terminal domain / : / Cyclins signature. / Cyclin / Cyclin, C-terminal domain / Cyclin_C / Cyclin-like / Cyclin A; domain 1 / Cyclin, N-terminal / Cyclin, N-terminal domain / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4SP / Cyclin-dependent kinase 1 / G2/mitotic-specific cyclin-B1 / Cyclin-dependent kinases regulatory subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.06 Å
データ登録者Coxon, C.R. / Anscombe, E. / Harnor, S.J. / Martin, M.P. / Carbain, B.J. / Hardcastle, I.R. / Harlow, L.K. / Korolchuk, S. / Matheson, C.J. / Noble, M.E. ...Coxon, C.R. / Anscombe, E. / Harnor, S.J. / Martin, M.P. / Carbain, B.J. / Hardcastle, I.R. / Harlow, L.K. / Korolchuk, S. / Matheson, C.J. / Noble, M.E. / Newell, D.R. / Turner, D.M. / Sivaprakasam, M. / Wang, L.Z. / Wong, C. / Golding, B.T. / Griffin, R.J. / Endicott, J.A. / Cano, C.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2017
タイトル: Cyclin-Dependent Kinase (CDK) Inhibitors: Structure-Activity Relationships and Insights into the CDK-2 Selectivity of 6-Substituted 2-Arylaminopurines.
著者: Coxon, C.R. / Anscombe, E. / Harnor, S.J. / Martin, M.P. / Carbain, B. / Golding, B.T. / Hardcastle, I.R. / Harlow, L.K. / Korolchuk, S. / Matheson, C.J. / Newell, D.R. / Noble, M.E. / ...著者: Coxon, C.R. / Anscombe, E. / Harnor, S.J. / Martin, M.P. / Carbain, B. / Golding, B.T. / Hardcastle, I.R. / Harlow, L.K. / Korolchuk, S. / Matheson, C.J. / Newell, D.R. / Noble, M.E. / Sivaprakasam, M. / Tudhope, S.J. / Turner, D.M. / Wang, L.Z. / Wedge, S.R. / Wong, C. / Griffin, R.J. / Endicott, J.A. / Cano, C.
履歴
登録2016年8月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年2月22日Group: Database references
改定 1.22017年3月22日Group: Database references
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclin-dependent kinase 1
B: G2/mitotic-specific cyclin-B1
C: Cyclin-dependent kinases regulatory subunit 2
D: Cyclin-dependent kinase 1
E: G2/mitotic-specific cyclin-B1
F: Cyclin-dependent kinases regulatory subunit 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)153,2348
ポリマ－152,4296
非ポリマー8052
水5,242291
1
A: Cyclin-dependent kinase 1
B: G2/mitotic-specific cyclin-B1
C: Cyclin-dependent kinases regulatory subunit 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,6174
ポリマ－76,2143
非ポリマー4021
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5240 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area28660 Å2
手法PISA
2
D: Cyclin-dependent kinase 1
E: G2/mitotic-specific cyclin-B1
F: Cyclin-dependent kinases regulatory subunit 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,6174
ポリマ－76,2143
非ポリマー4021
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5020 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area28290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.040, 67.750, 85.060
Angle α, β, γ (deg.)103.88, 90.89, 90.42
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Cyclin-dependent kinase 1 / CDK1 / Cell division control protein 2 homolog / Cell division protein kinase 1 / p34 protein kinase


分子量: 34553.883 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDK1, CDC2, CDC28A, CDKN1, P34CDC2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P06493, cyclin-dependent kinase, [RNA-polymerase]-subunit kinase
#2: タンパク質 G2/mitotic-specific cyclin-B1


分子量: 31369.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCNB1, CCNB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P14635
#3: タンパク質 Cyclin-dependent kinases regulatory subunit 2 / CKS-2


分子量: 10290.819 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CKS2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P33552
#4: 化合物 ChemComp-4SP / O6-CYCLOHEXYLMETHOXY-2-(4'-SULPHAMOYLANILINO) PURINE / NU-6102


分子量: 402.471 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H22N6O3S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 291 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.46 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.7
詳細: 0.1M MES/IMIDAZOLE BUFFER (PH6.7), 6.5% MPD, 5% PEG4K, 10% PEG1K PROTEIN AT 10-12 MG/ML

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.989 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.989 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.06→65.7 Å / Num. obs: 84841 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 6.2
反射 シェル解像度: 2.06→2.1 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 1.16 / % possible all: 95.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4YC3

4yc3


解像度: 2.06→65.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 16.73 / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.219 / ESU R Free: 0.194 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25385 4136 4.9 %RANDOM
Rwork0.19764 ---
obs0.20037 80705 97.31 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 47.072 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.67 Å2-0.34 Å2-3.14 Å2
2--2.62 Å2-0.1 Å2
3----1.6 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.06→65.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10174 0 56 291 10521
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.01910543
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0210260
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2331.9714264
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2012.99423638
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.72251252
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.25423.697476
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.353151937
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.0421565
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1360.21558
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.02111620
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022411
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8381.1225011
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.8381.1225010
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.41.6756259
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.41.6756260
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.9651.2535532
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.9611.2535531
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.4851.8418005
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.59313.4611978
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.58613.32211940
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.06→2.113 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.318 313 -
Rwork0.303 5925 -
obs--95.82 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4321-0.4877-0.15083.0917-0.69692.0724-0.00660.09740.083-0.00340.07810.0855-0.08150.1359-0.07150.1579-0.03310.28230.12-0.05150.525822.966-60.936182.405
22.7298-1.0389-0.28582.28940.05181.8656-0.02370.0631-0.05730.2053-0.02740.10640.02140.03870.05110.2628-0.06290.35030.0188-0.08830.48522.402-66.45211.177
33.98081.9707-0.80326.11372.00967.39080.064-0.01650.1096-0.06980.1854-0.4049-0.16120.6647-0.24940.2920.01620.34180.2742-0.02970.470430.808-30.053179.633
41.38130.3067-0.48213.54840.38752.0103-0.0937-0.0580.04410.13470.160.0481-0.0141-0.1053-0.06620.20210.050.29650.16640.0010.4953-15.959-94.727236.608
52.68221.0806-0.37042.3391-0.36132.196-0.1121-0.0322-0.0322-0.16740.0296-0.06510.0137-0.02950.08250.25090.0090.33160.00280.01180.45444.688-100.328207.842
64.5813-1.669-1.26147.9544-3.06547.42730.08910.22220.180.39610.73261.0205-0.5097-1.198-0.82170.42030.14110.45330.4110.13020.6207-24.553-64.189239.146
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-2 - 289
2X-RAY DIFFRACTION2B166 - 429
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 74
4X-RAY DIFFRACTION4D-2 - 289
5X-RAY DIFFRACTION5E166 - 429
6X-RAY DIFFRACTION6F1 - 74

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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