PDB-5lpt: tRNA guanine Transglycosylase (TGT) in co-crystallized complex (s...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5lpt

タイトル

tRNA guanine Transglycosylase (TGT) in co-crystallized complex (space group P21) with 6-amino-2-(methylamino)-4-(2-((2R,3R,4S,5R,6S)-3,4,5,6-tetramethoxytetrahydro-2H-pyran-2-yl)ethyl)-1H-imidazo[4,5-g]quinazolin-8(7H)-one

要素

Queuine tRNA-ribosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) / Carbohydrate-based Inhibitors /

homodimer /

shigellosis / TRANSFERASE INHIBITOR

機能・相同性

機能・相同性情報

tRNA-guanosine34 preQ1 transglycosylase / tRNA-guanosine(34) queuine transglycosylase activity / tRNA-guanine transglycosylation / queuosine biosynthetic process /

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Zymomonas mobilis subsp. mobilis ZM4 = ATCC 31821 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.36 Å

データ登録者

Ehrmann, F.R. / Heine, A. / Klebe, G.

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Carbohydrate-based Inhibitors targeting the Ribose-34 pocket of Z.mobilis TGT and changing the oligomeric state of the homodimer
著者: Ehrmann, F.R. / Botzanowski, T. / Pfaffender, T. / Heine, A. / Diederich, F. / Sanglier-Cianferani, S. / Klebe, G.

履歴

登録	2016年8月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年8月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5lpt.cif.gz	286.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5lpt.ent.gz	231.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5lpt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lp/5lpt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lp/5lpt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5lpoC 5lppC 5lpqC 5lpsC 1p0dS 4kwo 4leq 4puk 5i00 5i02 5i06 5i07 C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5lpq-d 5i07-d 1lld-d 3vcm-d 3iau-d 6q1i-d 6ryl-d 6ncg-d 2fb3-d 5d4y-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Queuine tRNA-ribosyltransferase

B: Queuine tRNA-ribosyltransferase

ヘテロ分子

87.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.745, 78.866, 84.891
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 108.72, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Queuine tRNA-ribosyltransferase / / Guanine insertion enzyme / tRNA-guanine transglycosylase 分子量: 42925.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Zymomonas mobilis subsp. mobilis ZM4 = ATCC 31821 (バクテリア) 遺伝子: tgt, ZMO0363 / Variant: ATCC 31821 / ZM4 / CP4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P28720, tRNA-guanosine34 preQ1 transglycosylase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-726 / 6-azanyl-2-(methylamino)-4-[2-[(2~{R},3~{R},4~{S},5~{R},6~{S})-3,4,5,6-tetramethoxyoxan-2-yl]ethyl]-1,7-dihydroimidazo[4,5-g]quinazolin-8-one 分子量: 462.500 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₀N₆O₆
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.45 %
結晶化	温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 13% PEG 8000, 100mM MES, 1mM DTT, 10% DMSO

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918409 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.918409 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.36→48.29 Å / Num. obs: 35384 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.4 % / R_sym value: 0.118 / Net I/σ(I): 8.1
反射シェル	解像度: 2.36→2.5 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.495 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 96.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: 1492)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1P0D

1p0d

解像度: 2.36→40.51 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.57

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2334	1769	5 %	5% random selection
R_work	0.201	-	-	-
obs	0.2026	35371	99.12 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.36→40.51 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5486	0	86	197	5769

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	5701
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.702	7689
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.308	3407
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	815
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1059

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.36-2.4196	0.3083	127	0.2517	2405	X-RAY DIFFRACTION	93
2.4196-2.4908	0.283	137	0.2474	2605	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4908-2.5712	0.2821	136	0.2337	2573	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5712-2.6631	0.2572	135	0.2279	2583	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6631-2.7697	0.2675	136	0.2196	2573	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7697-2.8957	0.2593	137	0.2219	2614	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8957-3.0483	0.2387	136	0.2245	2576	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0483-3.2393	0.2607	137	0.2064	2605	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2393-3.4892	0.2369	136	0.2063	2588	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4892-3.8401	0.2117	137	0.1804	2599	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8401-4.3952	0.2009	138	0.1666	2612	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3952-5.5353	0.1885	137	0.1725	2615	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5353-40.51	0.2274	140	0.2005	2654	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1696	-0.2606	-0.017	0.6978	0.4834	0.6361	0.1347	0.0003	-0.0309	-0.029	0.0413	-0.2795	0.0503	0.0489	-0.0001	0.165	-0.0022	-0.0081	0.2059	0.0008	0.2687	4.1923	-10.451	78.7063
2	0.6731	-0.3489	-0.6373	0.9662	0.1652	1.4048	0.2622	-0.0149	-0.2685	0.4272	-0.3323	-0.2891	0.1181	-0.2962	0.0492	0.2569	-0.0272	-0.0684	0.2301	0.0005	0.4155	-6.9273	-32.1648	80.8685
3	0.0772	0.119	0.1369	0.205	0.2553	0.3337	-0.002	-0.2647	-0.2059	0.1248	0.0409	-0.265	0.0997	0.1799	0.0007	0.154	-0.0017	-0.0294	0.1846	-0.0319	0.3523	3.571	-23.1054	82.7122
4	0.5187	0.3984	0.1876	1.6766	-0.023	0.991	0.0415	-0.3128	-0.1015	0.3523	0.0655	-0.0243	0.1098	-0.0351	0.0242	0.2277	-0.0199	-0.0727	0.2463	0.0235	0.2119	-2.6872	-14.9033	92.7431
5	0.2602	0.0193	0.3733	0.6494	-0.0477	0.7744	0.0055	0.0792	0.0719	-0.0748	0.0268	-0.0334	-0.0822	-0.0342	0	0.1556	0.0222	0.0187	0.2181	-0.0147	0.2196	-14.3984	4.5728	75.4578
6	0.7092	0.4825	0.3939	1.0445	-0.4234	0.8724	-0.0128	0.1454	-0.114	-0.1444	0.0702	-0.2276	-0.0116	0.1565	0.0001	0.3151	-0.0002	0.0552	0.2629	-0.0247	0.2388	-13.9418	-15.5962	43.7231
7	0.1301	0.1694	-0.0897	0.2488	-0.0405	0.2267	0.1887	0.0235	0.0995	-0.1531	-0.1251	0.1806	0.0834	0.1359	-0.0001	0.4647	0.0811	0.0249	0.2946	-0.0271	0.2813	-22.4188	6.4299	51.6029
8	0.0855	-0.0222	0.0489	0.1378	-0.0426	0.22	-0.214	0.2852	0.065	-0.1335	0.0853	0.0185	-0.3201	-0.0536	-0.0002	0.4205	-0.0225	0.0244	0.247	-0.0206	0.2427	-17.5166	-2.3239	41.7889
9	0.585	0.2584	-0.0787	1.4179	0.4257	0.3695	-0.078	0.1715	0.0695	-0.1883	-0.0006	0.2363	-0.1981	-0.2442	-0.0303	0.3893	0.0349	-0.0494	0.2724	-0.0073	0.1831	-29.6308	-10.6585	41.2046
10	0.1768	-0.0002	0.2321	0.5452	-0.2899	0.5904	0.062	-0.12	-0.1818	-0.0458	0.0485	-0.0119	0.2487	-0.1553	0.0001	0.2286	-0.0188	0.0179	0.2317	0.0038	0.2242	-21.9214	-30.2713	60.7684

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 11:105)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 106:135)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 136:159)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 160:289)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 290:382)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 11:105)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 106:135)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 136:159)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 160:289)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 290:382)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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