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- PDB-2fb3: Structure of MoaA in complex with 5'-GTP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fb3
タイトルStructure of MoaA in complex with 5'-GTP
要素Molybdenum cofactor biosynthesis protein A
キーワードLigand Binding Protein / S-adenosylmethionine / TIM barrel / [4Fe-4S] clusters / 5'-GTP / 5'-deoxyadenosine
機能・相同性
機能・相同性情報


GTP 3',8-cyclase / GTP 3',8'-cyclase activity / cyclic pyranopterin monophosphate synthase activity / Mo-molybdopterin cofactor biosynthetic process / S-adenosyl-L-methionine binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / GTP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Molybdenum cofactor synthesis C-terminal / Molybdenum cofactor biosynthesis protein A / Molybdenum Cofactor Synthesis C / MoaA/NifB/PqqE, iron-sulphur binding, conserved site / moaA / nifB / pqqE family signature. / : / : / Elp3/MiaB/NifB / Elongator protein 3, MiaB family, Radical SAM / Radical SAM superfamily ...Molybdenum cofactor synthesis C-terminal / Molybdenum cofactor biosynthesis protein A / Molybdenum Cofactor Synthesis C / MoaA/NifB/PqqE, iron-sulphur binding, conserved site / moaA / nifB / pqqE family signature. / : / : / Elp3/MiaB/NifB / Elongator protein 3, MiaB family, Radical SAM / Radical SAM superfamily / Radical SAM core domain profile. / Radical SAM / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5'-DEOXYADENOSINE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / METHIONINE / PYROPHOSPHATE 2- / IRON/SULFUR CLUSTER / GTP 3',8-cyclase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.349 Å
データ登録者Haenzelmann, P. / Schindelin, H.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2006
タイトル: Binding of 5'-GTP to the C-terminal FeS cluster of the radical S-adenosylmethionine enzyme MoaA provides insights into its mechanism
著者: Haenzelmann, P. / Schindelin, H.
履歴
登録2005年12月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Molybdenum cofactor biosynthesis protein A
B: Molybdenum cofactor biosynthesis protein A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,10913
ポリマ－78,2622
非ポリマー2,84711
水2,288127
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6330 Å2
ΔGint-130 kcal/mol
Surface area28370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.015, 103.449, 191.217
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / End auth comp-ID: GLN / End label comp-ID: GLN / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 4 - 329 / Label seq-ID: 4 - 329

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
詳細The biological assembly is a dimer

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Molybdenum cofactor biosynthesis protein A / MoaA


分子量: 39130.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: MoaA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P69848

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非ポリマー , 7種, 138分子

#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-MET / METHIONINE / メチオニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 149.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H11NO2S
#4: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#5: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物 ChemComp-5AD / 5'-DEOXYADENOSINE / 5′-デオキシアデノシン


分子量: 251.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N5O3
#7: 化合物 ChemComp-POP / PYROPHOSPHATE 2-


分子量: 175.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O7P2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.3 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 3.15 M Na formate, 90 mM HEPES, 3% (v/v) DMSO, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X26C / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.349→50 Å / Num. obs: 37116 / % possible obs: 91.4 %
反射 シェル解像度: 2.349→2.43 Å / % possible all: 76.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
SCALEPACKデータスケーリング
FFTモデル構築
REFMAC5.2精密化
FFT位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.349→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 14.275 / SU ML: 0.197 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.352 / ESU R Free: 0.265 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27143 1859 5 %RANDOM
Rwork0.22025 ---
all0.2286 ---
obs0.2286 35176 91.08 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 64.097 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.86 Å20 Å20 Å2
2--4.47 Å20 Å2
3----1.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.349→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5273 0 118 127 5518
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0225511
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.4342.017585
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8635651
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.91924.359273
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.604151014
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.1921542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1880.2828
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.024055
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2450.22533
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.23662
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1890.2250
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1550.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2430.236
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1350.29
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7181.53344
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.16625252
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.08132437
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0594.52129
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 2632 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
medium positional0.50.5
medium thermal1.022
LS精密化 シェル解像度: 2.349→2.409 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.342 95 -
Rwork0.294 1909 -
obs--68.19 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.2860.82511.12491.67940.64974.87870.2185-0.3824-0.4770.3041-0.0745-0.12030.72480.0253-0.144-0.22320.0171-0.0208-0.23010.0603-0.232122.66770.30615.948
22.7366-0.48430.61053.962-2.27083.0145-0.04360.85240.3237-0.3477-0.4913-0.5115-0.25820.93290.53490.122-0.0448-0.01140.58530.5533-0.039334.31651.35248.6
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA3 - 3293 - 329
2X-RAY DIFFRACTION2BB - K4 - 4014

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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