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万見
- PDB-2x03: The X-ray structure of the Streptomyces coelicolor A3 Chondroitin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2x03
タイトルThe X-ray structure of the Streptomyces coelicolor A3 Chondroitin AC Lyase Y253A mutant
要素PUTATIVE SECRETED LYASE
キーワードLYASE / HYALURONATE LYASE / CHONDROITIN LYASE / FAMILY 8
機能・相同性
機能・相同性情報


carbon-oxygen lyase activity, acting on polysaccharides / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Polysaccharide lyase 8 / Polysaccharide lyase 8, N-terminal alpha-helical / Polysaccharide lyase family 8, N terminal alpha-helical domain / Polysaccharide lyase family 8, C-terminal / Polysaccharide lyase family 8, C-terminal beta-sandwich domain / Polysaccharide lyase family 8, central domain / Polysaccharide lyase family 8, super-sandwich domain / Polysaccharide lyase family 8-like, C-terminal / Polysaccharide lyase family 8-like, C-terminal / Chondroitinase Ac; Chain A, domain 3 ...Polysaccharide lyase 8 / Polysaccharide lyase 8, N-terminal alpha-helical / Polysaccharide lyase family 8, N terminal alpha-helical domain / Polysaccharide lyase family 8, C-terminal / Polysaccharide lyase family 8, C-terminal beta-sandwich domain / Polysaccharide lyase family 8, central domain / Polysaccharide lyase family 8, super-sandwich domain / Polysaccharide lyase family 8-like, C-terminal / Polysaccharide lyase family 8-like, C-terminal / Chondroitinase Ac; Chain A, domain 3 / Chondroitin AC/alginate lyase / Chondroitin AC/alginate lyase / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 - #10 / Glycoside hydrolase-type carbohydrate-binding / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 / Galactose mutarotase-like domain superfamily / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Distorted Sandwich / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種STREPTOMYCES COELICOLOR (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Elmabrouk, Z.H. / Taylor, E.J. / Vincent, F. / Smith, N.L. / Turkenburg, J.P. / Davies, G.J. / Black, G.W.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2011
タイトル: Crystal Structures of a Family 8 Polysaccharide Lyase Reveal Open and Highly Occluded Substrate-Binding Cleft Conformations.
著者: Elmabrouk, Z.H. / Vincent, F. / Zhang, M. / Smith, N.L. / Turkenburg, J.P. / Charnock, S.J. / Black, G.W. / Taylor, E.J.
履歴
登録2009年12月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月29日Group: Structure summary
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PUTATIVE SECRETED LYASE
B: PUTATIVE SECRETED LYASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,8853
ポリマ－165,8602
非ポリマー241
水15,151841
1
A: PUTATIVE SECRETED LYASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,9301
ポリマ－82,9301
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: PUTATIVE SECRETED LYASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,9542
ポリマ－82,9301
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)317.095, 317.095, 82.976
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 PUTATIVE SECRETED LYASE / PL8


分子量: 82930.141 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 33-776 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) STREPTOMYCES COELICOLOR (バクテリア)
株: A3(2)
解説: GERMAN COLLECTION OF MICROORGANISMS (DSM) DSM NO. 40783
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O86516, hyaluronate lyase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 841 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, TYR 264 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, TYR 264 TO ALA
配列の詳細THE CLONED SEQUENCE CONTAINS AN N-TERMINAL VECTOR DERIVED TAG FROM PET 28A, HOWEVER THIS IS NOT ...THE CLONED SEQUENCE CONTAINS AN N-TERMINAL VECTOR DERIVED TAG FROM PET 28A, HOWEVER THIS IS NOT ORDERED IN THE STRUCTURE. THERE IS ALSO A SINGLE RESIDUE MUTATION Y253A.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.6 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 4.0M NA FORMATE WITH 20% GLYCEROL AS A CRYOPROTECTANT

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.931
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→59.8 Å / Num. obs: 138108 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 0 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 13.2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WDA

2wda


解像度: 2.3→158.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 4.16 / SU ML: 0.104 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.176 / ESU R Free: 0.163 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22757 6933 5 %RANDOM
Rwork0.19447 ---
obs0.19612 131167 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.11 Å20.05 Å20 Å2
2--0.11 Å20 Å2
3----0.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→158.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11349 0 1 841 12191
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.02111743
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9321.92916062
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.68251497
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.08721.562525
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.227151682
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.47215132
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1650.21751
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0219222
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1111.57387
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.943211794
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.28734356
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.0434.54268
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.27 516 -
Rwork0.236 9681 -
obs--99.97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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