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- PDB-6ncg: Crystal Structure of Human Vaccinia-related kinase 2 (VRK-2) boun... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ncg
タイトルCrystal Structure of Human Vaccinia-related kinase 2 (VRK-2) bound to pyridin-benzenesulfonamide inhibitor
要素Serine/threonine-protein kinase VRK2
キーワードTRANSFERASE / protein kinase domain / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / Transferase-Transferase Inhibitor Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of interleukin-1-mediated signaling pathway / Nuclear Envelope Breakdown / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / RHOD GTPase cycle / regulation of MAPK cascade / RHOG GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / RAC1 GTPase cycle / mitochondrial membrane ...regulation of interleukin-1-mediated signaling pathway / Nuclear Envelope Breakdown / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / RHOD GTPase cycle / regulation of MAPK cascade / RHOG GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / RAC1 GTPase cycle / mitochondrial membrane / nuclear envelope / cellular response to oxidative stress / protein autophosphorylation / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein phosphorylation / protein domain specific binding / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / DNA damage response / endoplasmic reticulum membrane / protein kinase binding / endoplasmic reticulum / signal transduction / protein-containing complex / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily ...: / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-KJD / Serine/threonine-protein kinase VRK2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者dos Reis, C.V. / Chiodi, C.G. / de Souza, G.P. / Guimaraes, C. / Mascarello, A. / Gama, F. / Ferreira, M. / Counago, R.M. / Massirer, K.B. / Elkins, J.M. ...dos Reis, C.V. / Chiodi, C.G. / de Souza, G.P. / Guimaraes, C. / Mascarello, A. / Gama, F. / Ferreira, M. / Counago, R.M. / Massirer, K.B. / Elkins, J.M. / Arruda, P. / Edwards, A.M. / Structural Genomics Consortium (SGC)
資金援助 ブラジル, 1件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)13/50724-5 ブラジル
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Human Vaccinia-related kinase 2 (VRK-2) bound to pyridin-benzenesulfonamide inhibitor
著者: dos Reis, C.V. / Chiodi, C.G. / de Souza, G.P. / Azevedo, H. / Guimaraes, C. / Mascarello, A. / Gama, F. / Ferreira, M. / Counago, R.M. / Massirer, K.B. / Arruda, P. / Elkins, J.M. / Edwards, ...著者: dos Reis, C.V. / Chiodi, C.G. / de Souza, G.P. / Azevedo, H. / Guimaraes, C. / Mascarello, A. / Gama, F. / Ferreira, M. / Counago, R.M. / Massirer, K.B. / Arruda, P. / Elkins, J.M. / Edwards, A.M. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2018年12月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase VRK2
B: Serine/threonine-protein kinase VRK2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,4275
ポリマ－73,5762
非ポリマー8513
水73941
1
A: Serine/threonine-protein kinase VRK2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,2623
ポリマ－36,7881
非ポリマー4732
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Serine/threonine-protein kinase VRK2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,1662
ポリマ－36,7881
非ポリマー3771
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.528, 67.625, 171.346
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase VRK2 / Vaccinia-related kinase 2


分子量: 36788.230 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 14-335 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VRK2 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q86Y07, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-KJD / 4-[6-amino-5-(3,5-difluoro-4-hydroxyphenyl)pyridin-3-yl]benzene-1-sulfonamide


分子量: 377.365 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H13F2N3O3S
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6
詳細: 27.5% PEG3350; 200 mM LiSO4; 0.1M SBG (each Sodium-tartrate + Bis-Tris + Glycylglycine) pH 6.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→29.1 Å / Num. obs: 24095 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.6 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.137 / Rpim(I) all: 0.061 / Rrim(I) all: 0.15 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 2.45→2.55 Å / 冗長度: 10.3 % / Rmerge(I) obs: 1.773 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 2679 / CC1/2: 0.707 / Rpim(I) all: 0.824 / Rrim(I) all: 1.96 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0218精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5UU1

5uu1


解像度: 2.45→29.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 19.89 / SU ML: 0.393 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.553 / ESU R Free: 0.332 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29694 1241 5.2 %RANDOM
Rwork0.22061 ---
obs0.22443 22794 99.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 65.063 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.63 Å20 Å20 Å2
2--11.7 Å2-0 Å2
3----7.08 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.45→29.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4466 0 57 41 4564
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0194631
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024116
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1991.9656305
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7792.9959466
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0435586
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.99624.022184
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.57515683
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.4011520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.2696
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0215191
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02943
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.9256.9182374
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.9256.9172373
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.33710.3472950
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.33610.3492951
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.86.9822257
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.86.9622254
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.08610.373350
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined11.29918759
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other11.29818760
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.45→2.513 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.394 81 -
Rwork0.368 1680 -
obs--99.89 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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