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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5lph | ||||||
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タイトル | Structure of the TOG domain of human Cep104 | ||||||
![]() | Centrosomal protein of 104 kDa | ||||||
![]() | CELL CYCLE / TOG domain / HEAT repeat / Tubulin binding / Cep104 / Basal body / Centriole / Cilia | ||||||
機能・相同性 | ![]() thienylcyclohexylpiperidine binding / glutamate binding / glycine binding / centriole / cilium / spindle pole / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | van Breugel, M. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The Ciliopathy-Associated Cep104 Protein Interacts with Tubulin and Nek1 Kinase. 著者: Al-Jassar, C. / Andreeva, A. / Barnabas, D.D. / McLaughlin, S.H. / Johnson, C.M. / Yu, M. / van Breugel, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 113.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 92.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 291.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 293.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32590.248 Da / 分子数: 2 / 断片: TOG domain, UNP residues 392-676 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.58 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.0 11 % PEG 20K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月7日 |
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.94 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.25→49.5 Å / Num. obs: 40229 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 10.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.25→2.37 Å / 冗長度: 7.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / CC1/2: 0.667 / % possible all: 99.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 51.39 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.25→49.5 Å
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拘束条件 |
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