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- PDB-5lhy: PB3 Domain of Human PLK4 (apo) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lhy
タイトルPB3 Domain of Human PLK4 (apo)
要素Serine/threonine-protein kinase PLK4
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Polo box domain / Centriole / transferase
機能・相同性
機能・相同性情報


de novo centriole assembly involved in multi-ciliated epithelial cell differentiation / procentriole / deuterosome / procentriole replication complex / positive regulation of centriole replication / trophoblast giant cell differentiation / polo kinase / XY body / centriole replication / cleavage furrow ...de novo centriole assembly involved in multi-ciliated epithelial cell differentiation / procentriole / deuterosome / procentriole replication complex / positive regulation of centriole replication / trophoblast giant cell differentiation / polo kinase / XY body / centriole replication / cleavage furrow / cilium assembly / centriole / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / AURKA Activation by TPX2 / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / nucleolus / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #930 / Plk4, C-terminal polo-box domain / Plk4, second cryptic polo-box domain / Plk4, first cryptic polo-box domain / Polo-like Kinase 4 Polo Box 1 / Polo-like Kinase 4 Polo Box 2 / Cryptic Polo-Box 1 (CPB1) domain profile. / Cryptic Polo-Box 2 (CPB2) domain profile. / Serine/threonine-protein kinase, first cryptic polo-box domain superfamily / : ...OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #930 / Plk4, C-terminal polo-box domain / Plk4, second cryptic polo-box domain / Plk4, first cryptic polo-box domain / Polo-like Kinase 4 Polo Box 1 / Polo-like Kinase 4 Polo Box 2 / Cryptic Polo-Box 1 (CPB1) domain profile. / Cryptic Polo-Box 2 (CPB2) domain profile. / Serine/threonine-protein kinase, first cryptic polo-box domain superfamily / : / POLO box domain / POLO box domain profile. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein kinase domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine/threonine-protein kinase PLK4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.31 Å
データ登録者Cottee, M.A. / Johnson, S. / Lea, S.M.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Wellcome Trust100298 英国
Wellcome Trust104575 英国
引用ジャーナル: Biol Open / 年: 2017
タイトル: A key centriole assembly interaction interface between human PLK4 and STIL appears to not be conserved in flies.
著者: Cottee, M.A. / Johnson, S. / Raff, J.W. / Lea, S.M.
履歴
登録2016年7月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月8日Group: Database references
改定 1.22017年3月29日Group: Database references
改定 1.32017年5月10日Group: Database references
改定 1.42024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase PLK4
B: Serine/threonine-protein kinase PLK4
C: Serine/threonine-protein kinase PLK4
D: Serine/threonine-protein kinase PLK4
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s: Serine/threonine-protein kinase PLK4
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x: Serine/threonine-protein kinase PLK4
y: Serine/threonine-protein kinase PLK4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)594,91160
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非ポリマー00
水00
1
A: Serine/threonine-protein kinase PLK4
B: Serine/threonine-protein kinase PLK4


分子量 (理論値)分子数
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手法PISA
2
C: Serine/threonine-protein kinase PLK4
D: Serine/threonine-protein kinase PLK4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8302
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手法PISA
3
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F: Serine/threonine-protein kinase PLK4


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G: Serine/threonine-protein kinase PLK4
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分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8302
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タイプ名称対称操作数
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手法PISA
5
I: Serine/threonine-protein kinase PLK4
J: Serine/threonine-protein kinase PLK4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8302
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非ポリマー00
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タイプ名称対称操作数
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K: Serine/threonine-protein kinase PLK4
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タイプ名称対称操作数
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合計 (水以外)19,8302
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タイプ名称対称操作数
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タイプ名称対称操作数
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分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8302
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タイプ名称対称操作数
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タイプ名称対称操作数
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手法PISA
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合計 (水以外)19,8302
ポリマ－19,8302
非ポリマー00
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タイプ名称対称操作数
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ΔGint-23 kcal/mol
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手法PISA
13
Y: Serine/threonine-protein kinase PLK4
Z: Serine/threonine-protein kinase PLK4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8302
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水0
タイプ名称対称操作数
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Surface area9610 Å2
手法PISA
14
1: Serine/threonine-protein kinase PLK4
2: Serine/threonine-protein kinase PLK4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8302
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非ポリマー00
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手法PISA
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3: Serine/threonine-protein kinase PLK4
4: Serine/threonine-protein kinase PLK4


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合計 (水以外)19,8302
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非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
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16
5: Serine/threonine-protein kinase PLK4
6: Serine/threonine-protein kinase PLK4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8302
ポリマ－19,8302
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
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ΔGint-23 kcal/mol
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手法PISA
17
7: Serine/threonine-protein kinase PLK4
8: Serine/threonine-protein kinase PLK4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8302
ポリマ－19,8302
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
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手法PISA
18
9: Serine/threonine-protein kinase PLK4
a: Serine/threonine-protein kinase PLK4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8302
ポリマ－19,8302
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
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タイプ名称対称操作数
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手法PISA
20
d: Serine/threonine-protein kinase PLK4
e: Serine/threonine-protein kinase PLK4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8302
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ΔGint-23 kcal/mol
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分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8302
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非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
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ΔGint-22 kcal/mol
Surface area9620 Å2
手法PISA
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i: Serine/threonine-protein kinase PLK4


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合計 (水以外)19,8302
ポリマ－19,8302
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
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ΔGint-23 kcal/mol
Surface area9590 Å2
手法PISA
23
j: Serine/threonine-protein kinase PLK4
k: Serine/threonine-protein kinase PLK4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8302
ポリマ－19,8302
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2520 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area9560 Å2
手法PISA
24
l: Serine/threonine-protein kinase PLK4
m: Serine/threonine-protein kinase PLK4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8302
ポリマ－19,8302
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
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Buried area2540 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area9650 Å2
手法PISA
25
n: Serine/threonine-protein kinase PLK4
o: Serine/threonine-protein kinase PLK4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8302
ポリマ－19,8302
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
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ΔGint-23 kcal/mol
Surface area9560 Å2
手法PISA
26
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q: Serine/threonine-protein kinase PLK4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8302
ポリマ－19,8302
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
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Buried area2560 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area9640 Å2
手法PISA
27
r: Serine/threonine-protein kinase PLK4
s: Serine/threonine-protein kinase PLK4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8302
ポリマ－19,8302
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2540 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area9530 Å2
手法PISA
28
t: Serine/threonine-protein kinase PLK4
u: Serine/threonine-protein kinase PLK4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8302
ポリマ－19,8302
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2550 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area9620 Å2
手法PISA
29
v: Serine/threonine-protein kinase PLK4
w: Serine/threonine-protein kinase PLK4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8302
ポリマ－19,8302
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2520 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area9540 Å2
手法PISA
30
x: Serine/threonine-protein kinase PLK4
y: Serine/threonine-protein kinase PLK4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8302
ポリマ－19,8302
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2530 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area9650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)220.350, 220.350, 325.730
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

-
要素

#1: タンパク質 ...
Serine/threonine-protein kinase PLK4 / Polo-like kinase 4 / PLK-4 / Serine/threonine-protein kinase 18 / Serine/threonine-protein kinase Sak


分子量: 9915.191 Da / 分子数: 60 / 断片: UNP residues 884-970 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLK4, SAK, STK18 / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: O00444, polo kinase

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.99 % / 解説: cubes
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100 nl protein solution (52.3 mg/ml protein in 20 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT) and 100 nl mother liquor (32.27% v/v PPG400, 100 mM NaCl, 50 mM MgCl2, unbuffered)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.31→110.18 Å / Num. obs: 119458 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.7 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 16.6
反射 シェル最高解像度: 3.31 Å / Rmerge(I) obs: 1.353

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Chainsaw model based on 1MBY

1mby


解像度: 3.31→104.367 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.41
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2952 5936 4.98 %
Rwork0.2692 --
obs0.2705 119305 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.31→104.367 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数35580 0 0 0 35580
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00236300
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.52849380
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.86521360
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0445700
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0056240
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.7226-0.43741.19137.354-0.06255.80340.1213-0.25730.78020.52030.22041.12970.0028-0.5307-0.49760.76760.0951-0.13090.69840.01241.453-50.7535-73.011315.3301
25.9580.4499-0.44034.4033-0.15026.12050.36470.2798-0.257-0.0210.16140.5578-0.1623-0.3892-0.48760.77280.034-0.18190.75660.07451.3501-51.7381-75.25798.9668
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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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