[日本語] English
万見
- PDB-5lgf: Solution structure of the N-terminal domain of Ogataea polymorpha... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lgf
タイトルSolution structure of the N-terminal domain of Ogataea polymorpha telomerase reverse transcriptase
要素Telomerase reverse transcriptase
キーワードTRANSCRIPTION / Telomerase / TERT / TEN domain
機能・相同性
機能・相同性情報


telomerase catalytic core complex / : / telomerase RNA binding / telomeric DNA binding / telomere maintenance via telomerase / RNA-directed DNA polymerase / chromosome, telomeric region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Telomerase ribonucleoprotein complex - RNA binding domain / Telomerase reverse transcriptase / Telomerase ribonucleoprotein complex - RNA-binding domain / Telomerase ribonucleoprotein complex - RNA binding domain / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Telomerase reverse transcriptase
類似検索 - 構成要素
生物種Ogataea polymorpha (菌類)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Polshakov, V.I. / Mantsyzov, A.B. / Efimov, S.V.
資金援助 ロシア, 1件
組織認可番号国
Russian Science Foundation14-14-00598 ロシア
引用
ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2018
タイトル: Structure and function of the N-terminal domain of the yeast telomerase reverse transcriptase.
著者: Petrova, O.A. / Mantsyzov, A.B. / Rodina, E.V. / Efimov, S.V. / Hackenberg, C. / Hakanpaa, J. / Klochkov, V.V. / Lebedev, A.A. / Chugunova, A.A. / Malyavko, A.N. / Zatsepin, T.S. / Mishin, A. ...著者: Petrova, O.A. / Mantsyzov, A.B. / Rodina, E.V. / Efimov, S.V. / Hackenberg, C. / Hakanpaa, J. / Klochkov, V.V. / Lebedev, A.A. / Chugunova, A.A. / Malyavko, A.N. / Zatsepin, T.S. / Mishin, A.V. / Zvereva, M.I. / Lamzin, V.S. / Dontsova, O.A. / Polshakov, V.I.
#1: ジャーナル: Biomol NMR Assign / 年: 2016
タイトル: NMR assignments of the N-terminal domain of Ogataea polymorpha telomerase reverse transcriptase.
著者: Polshakov, V.I. / Petrova, O.A. / Parfenova, Y.Y. / Efimov, S.V. / Klochkov, V.V. / Zvereva, M.I. / Dontsova, O.A.
履歴
登録2016年7月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月26日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related
改定 1.22017年12月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.32018年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.year
改定 1.42018年2月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.52019年5月8日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 1.62024年5月15日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Telomerase reverse transcriptase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5851
ポリマ－18,5851
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area12380 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1closest to the average

-
要素

#1: タンパク質 Telomerase reverse transcriptase


分子量: 18584.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ogataea polymorpha (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: R4IT35

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
112isotropic12D 1H-15N HSQC
123isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
133isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
142isotropic13D HNCO
152isotropic13D HCACO
162isotropic13D HNCA
172isotropic13D HN(CO)CA
182isotropic13D HN(CA)CB
192isotropic13D CBCA(CO)NH
1102isotropic13D HBHA(CO)NH
1112isotropic13D HBHANH
1121isotropic13D HNHA
1131isotropic13D HNHB
1141isotropic13D 1H-15N TOCSY
1151isotropic13D 1H-15N NOESY
1163isotropic13D 1H-13C NOESY
1171isotropic12D 1H-15N HSQC
1183isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1204isotropic22D DQF-COSY
1214isotropic22D 1H-1H NOESY
1221isotropic11H-15N NOE
1231isotropic115N T1
1241anisotropic115N T2

-
試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.8 mM [U-99% 15N] N-terminal domain of Ogataea polymorpha telomerase reverse transcriptase, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 0.02 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O15N_sample90% H2O/10% D2O
solution20.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] N-terminal domain of Ogataea polymorpha telomerase reverse transcriptase, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 0.02 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O13C_15N_sample90% H2O/10% D2O
solution30.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] N-terminal domain of Ogataea polymorpha telomerase reverse transcriptase, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 0.02 % sodium azide, 100% D2O13C_15N_sample_D2O100% D2O
solution41.0 mM N-terminal domain of Ogataea polymorpha telomerase reverse transcriptase, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 0.02 % sodium azide, 100% D2Ounlabled_sample_D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.8 mMN-terminal domain of Ogataea polymorpha telomerase reverse transcriptase[U-99% 15N]1
20 mMsodium phosphatenatural abundance1
50 mMsodium chloridenatural abundance1
1 mMDTTnatural abundance1
0.02 %sodium azidenatural abundance1
0.5 mMN-terminal domain of Ogataea polymorpha telomerase reverse transcriptase[U-99% 13C; U-99% 15N]2
20 mMsodium phosphatenatural abundance2
50 mMsodium chloridenatural abundance2
1 mMDTTnatural abundance2
0.02 %sodium azidenatural abundance2
0.5 mMN-terminal domain of Ogataea polymorpha telomerase reverse transcriptase[U-99% 13C; U-99% 15N]3
20 mMsodium phosphatenatural abundance3
50 mMsodium chloridenatural abundance3
1 mMDTTnatural abundance3
0.02 %sodium azidenatural abundance3
1.0 mMN-terminal domain of Ogataea polymorpha telomerase reverse transcriptasenatural abundance4
20 mMsodium phosphatenatural abundance4
50 mMsodium chloridenatural abundance4
1 mMDTTnatural abundance4
0.02 %sodium azidenatural abundance4
試料状態イオン強度: 0.05 M / Label: conditions_1 / pH: 7 / PH err: 0.02 / 圧: 1 atm / 温度: 303 K / Temperature err: 0.2

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Bruker AVANCEBrukerAVANCE7001Cryo quadro resonance (1H, 13C, 15N, 31P) probe
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6002Triple resonance (1H, 13C, 15N) probe

-
解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
SparkyGoddardデータ解析
AutoAssignZimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelioneデータ解析
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
NMRestPolshakovデータ解析
ARIALinge, O'Donoghue and Nilgesstructure calculation
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readstructure calculation
RelaxFitPolshakovデータ解析
Insight IIAccelrys Software Inc.データ解析
PROCHECK / PROCHECK-NMRLaskowski and MacArthurデータ解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 8
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る