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- PDB-5swm: BACILLUS HALODURANS RNASE H MUTANT D132N IN COMPLEX WITH 12-MER F... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5swm
タイトルBACILLUS HALODURANS RNASE H MUTANT D132N IN COMPLEX WITH 12-MER FRNA/DNA HYBRID
要素
  • DNA (12-MER)
  • RNA (12-MER)
  • Ribonuclease H
キーワードHYDROLASE/RNA/DNA / RNASE H / RNA/DNA HYBRID / HYDROLASE-RNA-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA replication, removal of RNA primer / ribonuclease H / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / nucleic acid binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribonuclease H, Bacteroides-type / Ribonuclease H1, N-terminal / Ribonuclease H1, N-terminal domain superfamily / Ribonuclease H1 N-terminal domain / : / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 ...Ribonuclease H, Bacteroides-type / Ribonuclease H1, N-terminal / Ribonuclease H1, N-terminal domain superfamily / Ribonuclease H1 N-terminal domain / : / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / Ribonuclease H
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus halodurans (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Pallan, P.S. / Egli, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM055237 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: Limits of RNA 2'-OH Mimicry by Fluorine: Crystal Structure of Bacillus halodurans RNase H Bound to a 2'-FRNA:DNA Hybrid.
著者: Pallan, P.S. / Prakash, T.P. / de Leon, A.R. / Egli, M.
履歴
登録2016年8月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月12日Group: Database references
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease H
B: Ribonuclease H
C: RNA (12-MER)
D: DNA (12-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,4798
ポリマ－40,2224
非ポリマー2574
水4,954275
1
A: Ribonuclease H
C: RNA (12-MER)
D: DNA (12-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1507
ポリマ－23,8933
非ポリマー2574
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ribonuclease H
C: RNA (12-MER)
D: DNA (12-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9854
ポリマ－23,8933
非ポリマー921
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)37.474, 44.500, 62.174
Angle α, β, γ (deg.)84.42, 89.90, 65.10
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 / RNA鎖 / DNA鎖 , 3種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Ribonuclease H / RNase H


分子量: 16329.478 Da / 分子数: 2 / 変異: D132N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus halodurans (バクテリア)
遺伝子: rnhA / プラスミド: PET15B / 発現宿主: BACILLUS HALODURANS (バクテリア) / 株 (発現宿主): BL21 PLYSS / 参照: UniProt: Q9KEI9, ribonuclease H
#2: RNA鎖 RNA (12-MER)


分子量: 3796.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (12-MER)


分子量: 3767.298 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 5種, 279分子

#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C4H10O3
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 275 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.84 % / 解説: Crystals with medium thickness
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.4 M ammonium phosphate monobasic

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.91836 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91836 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→26.6 Å / Num. obs: 55661 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 46
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Mean I/σ(I) obs: 10.6 / % possible all: 79.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0151精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ID: 1ZBI

1zbi


解像度: 1.5→26.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 2.194 / SU ML: 0.041 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.08 / ESU R Free: 0.078
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.185 2680 4.8 %RANDOM
Rwork0.161 ---
obs0.162 52981 95.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 17.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.77 Å2-0.16 Å2-0.04 Å2
2--0.21 Å20.18 Å2
3----1.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→26.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2133 495 15 275 2918
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0183853
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022855
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0581.9955531
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9936663
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7215262
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.16824.84597
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.26615396
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.4381510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1160.2578
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0230.023197
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02785
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3151.0021054
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3060.9991053
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9351.51314
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.9351.5031315
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.07512799
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.07512799
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.9741.4374218
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.87311.5654645
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.87611.5694646
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.54 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.183 140 -
Rwork0.153 2985 -
obs--72.29 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7533-0.2272-0.22581.6139-0.41712.0927-0.0778-0.05560.0062-0.02630.0460.02340.04470.00580.03180.01330.0108-0.00390.0147-0.00350.01950.449-0.3179-0.4155
20.75260.24550.19761.6363-0.37362.033-0.07380.0506-0.01340.02860.04460.0236-0.0410.00260.02920.01-0.00590.00480.0082-0.00510.0131-18.2683-3.929940.3971
30.0002-0.0017-0.00520.12-0.02870.2513-0.00340.0006-0.00090.0324-0.05080.01840.0521-0.00510.05430.03630.00150.00680.09340.00110.05362.6335-2.07220.0258
40.00040.00090.00290.00250.01090.09260.00680.00040.00010.01030.0072-0.00420.03070.0968-0.0140.05470.00440.00540.14170.01910.08314.2083-2.10720.0217
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A63 - 193
2X-RAY DIFFRACTION2B62 - 194
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 12
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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