[日本語] English
万見
- PDB-6xgv: Crystal Structure of KRAS-G13D (GMPPNP-bound) in complex with RAS... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xgv
タイトルCrystal Structure of KRAS-G13D (GMPPNP-bound) in complex with RAS-binding domain (RBD) and cysteine-rich domain (CRD) of RAF1/CRAF
要素
  • GTPase KRas
  • RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase
キーワードONCOPROTEIN/Transferase / KRAS / RAS / K-ras / KRAS4b / G13D / RAF1 / CRAF / RBD / RAS-binding domain / cysteine-rich domain / CRD / ONCOPROTEIN / ONCOPROTEIN-Transferase complex
機能・相同性
機能・相同性情報


death-inducing signaling complex assembly / intermediate filament cytoskeleton organization / regulation of Rho protein signal transduction / type B pancreatic cell proliferation / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling / Rap1 signalling / insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / response to mineralocorticoid / GMP binding ...death-inducing signaling complex assembly / intermediate filament cytoskeleton organization / regulation of Rho protein signal transduction / type B pancreatic cell proliferation / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling / Rap1 signalling / insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / response to mineralocorticoid / GMP binding / Negative feedback regulation of MAPK pathway / forebrain astrocyte development / IFNG signaling activates MAPKs / LRR domain binding / GP1b-IX-V activation signalling / regulation of synaptic transmission, GABAergic / negative regulation of epithelial cell differentiation / response to isolation stress / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / response to gravity / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / neurotrophin TRK receptor signaling pathway / type I pneumocyte differentiation / pseudopodium / Rac protein signal transduction / face development / positive regulation of Rac protein signal transduction / regulation of cell differentiation / thyroid gland development / Signaling by RAS GAP mutants / Signaling by RAS GTPase mutants / Activation of RAS in B cells / myoblast proliferation / skeletal muscle cell differentiation / RAS signaling downstream of NF1 loss-of-function variants / RUNX3 regulates p14-ARF / positive regulation of glial cell proliferation / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / SOS-mediated signalling / somatic stem cell population maintenance / Activated NTRK3 signals through RAS / Activated NTRK2 signals through RAS / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / SHC1 events in ERBB4 signaling / MAP kinase kinase kinase activity / cardiac muscle cell proliferation / Signalling to RAS / type II interferon-mediated signaling pathway / Activated NTRK2 signals through FRS2 and FRS3 / SHC-related events triggered by IGF1R / negative regulation of protein-containing complex assembly / Schwann cell development / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / glial cell proliferation / SHC-mediated cascade:FGFR3 / MET activates RAS signaling / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / SHC-mediated cascade:FGFR2 / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / SHC-mediated cascade:FGFR4 / Erythropoietin activates RAS / Signaling by FGFR4 in disease / SHC-mediated cascade:FGFR1 / Signaling by CSF3 (G-CSF) / FRS-mediated FGFR3 signaling / Signaling by FLT3 ITD and TKD mutants / FRS-mediated FGFR2 signaling / FRS-mediated FGFR4 signaling / protein-membrane adaptor activity / p38MAPK events / FRS-mediated FGFR1 signaling / Signaling by FGFR3 in disease / Tie2 Signaling / striated muscle cell differentiation / response to muscle stretch / Signaling by FGFR2 in disease / myelination / GRB2 events in EGFR signaling / SHC1 events in EGFR signaling / Signaling by FLT3 fusion proteins / FLT3 Signaling / Signaling by FGFR1 in disease / EGFR Transactivation by Gastrin / NCAM signaling for neurite out-growth / CD209 (DC-SIGN) signaling / homeostasis of number of cells within a tissue / GRB2 events in ERBB2 signaling / Downstream signal transduction / Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor / Insulin receptor signalling cascade / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / SHC1 events in ERBB2 signaling / response to glucocorticoid / Constitutive Signaling by Overexpressed ERBB2 / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / thymus development / adenylate cyclase activator activity / VEGFR2 mediated cell proliferation
類似検索 - 分子機能
Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / : / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) ...Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / : / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C1-like domain superfamily / Small GTPase, Ras-type / Small GTPase Ras domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / Ubiquitin-like domain superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / GTPase KRas / RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.11 Å
データ登録者Tran, T.H. / Chan, A.H. / Dharmaiah, S. / Simanshu, D.K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)HHSN261200800001E 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: KRAS interaction with RAF1 RAS-binding domain and cysteine-rich domain provides insights into RAS-mediated RAF activation.
著者: Tran, T.H. / Chan, A.H. / Young, L.C. / Bindu, L. / Neale, C. / Messing, S. / Dharmaiah, S. / Taylor, T. / Denson, J.P. / Esposito, D. / Nissley, D.V. / Stephen, A.G. / McCormick, F. / Simanshu, D.K.
履歴
登録2020年6月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: GTPase KRas
B: RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,23810
ポリマ－35,2752
非ポリマー9628
水2,036113
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3830 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area14920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.750, 132.750, 89.480
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number177
Space group name H-MP622
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-363-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 GTPase KRas / K-Ras 2 / Ki-Ras / c-K-ras / c-Ki-ras


分子量: 19386.848 Da / 分子数: 1 / 変異: G13D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KRAS, KRAS2, RASK2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01116, small monomeric GTPase
#2: タンパク質 RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase / Proto-oncogene c-RAF / cRaf / Raf-1


分子量: 15888.440 Da / 分子数: 1 / 変異: Modified Cys95 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAF1, RAF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P04049, non-specific serine/threonine protein kinase

-
非ポリマー , 6種, 121分子

#3: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER


分子量: 522.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.76 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100 mM sodium cacodylate pH 6.5, 700 mM sodium acetate, 0.35 mM D-myo-phosphatidylinositol 3,4,5-triphosphate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→48.36 Å / Num. obs: 27312 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 12.987 % / Biso Wilson estimate: 52.29 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rrim(I) all: 0.086 / Χ2: 0.835 / Net I/σ(I): 18.69 / Num. measured all: 354688
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.1-2.2313.6311.1722.1656895435241740.8241.21795.9
2.23-2.3813.4110.7083.6854903409440940.9190.735100
2.38-2.5712.5820.4235.8648378384838450.9680.44199.9
2.57-2.8213.8990.26210.2349271354535450.9890.272100
2.82-3.1513.350.1418.9643055322532250.9960.146100
3.15-3.6311.9490.0831.0334281288028690.9980.08499.6
3.63-4.4412.4560.05446.2730604246524570.9990.05699.7
4.44-6.2512.4170.04551.3224014194619340.9990.04799.4
6.25-48.3611.3660.03355.1713287120111690.9990.03497.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6XHB

6xhb


解像度: 2.11→48.36 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.49 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2043 1999 7.32 %
Rwork0.1844 25307 -
obs0.1859 27306 99.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 126.65 Å2 / Biso mean: 53.533 Å2 / Biso min: 32.45 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.11→48.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2400 0 49 113 2562
Biso mean--52.27 53.71 -
残基数----301
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.11-2.160.26391370.231724186198
2.16-2.220.24521390.215217741913100
2.22-2.280.25131410.218617751916100
2.28-2.360.25851400.20317911931100
2.36-2.440.21881400.203217681908100
2.44-2.540.24621420.197518011943100
2.54-2.650.2361410.208717841925100
2.65-2.790.26451420.221117971939100
2.79-2.970.22731430.212818121955100
2.97-3.20.24481440.210318101954100
3.2-3.520.2161430.191118071950100
3.52-4.030.19221450.17081833197899
4.03-5.070.16691470.15081861200899
5.08-48.360.17321550.17451970212598
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 36.7444 Å / Origin y: 41.0862 Å / Origin z: 20.0016 Å
111213212223313233
T0.3619 Å20.0431 Å2-0.0177 Å2-0.332 Å20.0064 Å2--0.3134 Å2
L0.9938 °2-0.2403 °2-0.004 °2-1.7865 °20.3128 °2--1.3876 °2
S0.0627 Å °0.1376 Å °-0.1065 Å °-0.2633 Å °-0.0211 Å °-0.0414 Å °0.0999 Å °0.0564 Å °-0.0578 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 168
2X-RAY DIFFRACTION1allB55 - 188
3X-RAY DIFFRACTION1allW1 - 113
4X-RAY DIFFRACTION1allL1 - 8

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る