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万見
- PDB-5ldl: Myristoylated T41I/T78I mutant of M-PMV matrix protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ldl
タイトルMyristoylated T41I/T78I mutant of M-PMV matrix protein
要素myristoylated M-PMV matrix protein mutant
キーワードVIRAL PROTEIN / matrix protein / M-PMV / retrovirus
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding via host ESCRT complex / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / nucleic acid binding / structural constituent of virion / zinc ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
GAG-polyprotein viral zinc-finger / Beta-retroviral matrix protein / Beta-retroviral matrix superfamily / Retroviral GAG p10 protein / : / gag protein p24 N-terminal domain / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein ...GAG-polyprotein viral zinc-finger / Beta-retroviral matrix protein / Beta-retroviral matrix superfamily / Retroviral GAG p10 protein / : / gag protein p24 N-terminal domain / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
MYRISTIC ACID / Gag polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Mason-Pfizer monkey virus (ウイルス)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Kroupa, T. / Hrabal, R.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2016
タイトル: Membrane Interactions of the Mason-Pfizer Monkey Virus Matrix Protein and Its Budding Deficient Mutants.
著者: Kroupa, T. / Langerova, H. / Dolezal, M. / Prchal, J. / Spiwok, V. / Hunter, E. / Rumlova, M. / Hrabal, R. / Ruml, T.
履歴
登録2016年6月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2016年7月27日ID: 2MXI
改定 1.02016年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月19日Group: Database references
改定 1.22016年11月30日Group: Database references
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: myristoylated M-PMV matrix protein mutant
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9662
ポリマ－14,7381
非ポリマー2281
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area10560 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)30 / 100structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質 myristoylated M-PMV matrix protein mutant / Core polyprotein


分子量: 14737.740 Da / 分子数: 1 / 変異: T41I, T78I / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mason-Pfizer monkey virus (ウイルス)
遺伝子: gag / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P07567
#2: 化合物 ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID / ミリスチン酸


分子量: 228.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O2

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic13D CBCA(CO)NH
122anisotropic12D 1H-15N HSQC IPAP
131isotropic13D HN(CA)CB
141isotropic13D (H)CCH-TOCSY
151isotropic13D 1H-13C NOESY
161isotropic13D 1H-15N NOESY
171isotropic13D HNCA

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution11 mM [U-13C; U-15N] myristoylated retroviral matrix protein, 100 mM phosphate, 300 mM sodium choride, 5 mM DTT, 90% H2O/10% D2O15N/13C_sample90% H2O/10% D2O
filamentous virus2400 mM [U-15N] myristoylated retroviral matrix protein, 50 mM phosphate, 150 mM sodium choride, 5 mM DTT, 10 mg/mL Pf1 phage, 90% H2O/10% D2ORDC_sample90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMmyristoylated retroviral matrix protein[U-13C; U-15N]1
100 mMphosphatenone1
300 mMsodium choridenone1
5 mMDTTnone1
400 mMmyristoylated retroviral matrix protein[U-15N]2
50 mMphosphatenone2
150 mMsodium choridenone2
5 mMDTTnone2
10 mg/mLPf1 phagenone2
試料状態イオン強度: 600 mM / Label: conditions / pH: 6 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
CcpNmr AnalysisCCPNpeak picking
Xplor-NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
TopSpinBruker Biospin解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 30

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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