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万見
- PDB-5lci: Solution structure of BOLA1 from Homo sapiens -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lci
タイトルSolution structure of BOLA1 from Homo sapiens
要素BolA-like protein 1
キーワードPROTEIN BINDING / class II KH-like fold / mitochondrial protein / Fe/S protein biogenesis
機能・相同性BolA-like / BolA protein / BolA-like superfamily / BolA-like protein / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / mitochondrion / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / BolA-like protein 1
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Nasta, V. / Ciofi Baffoni, S. / Banci, L.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2016
タイトル: Mitochondrial Bol1 and Bol3 function as assembly factors for specific iron-sulfur proteins.
著者: Uzarska, M.A. / Nasta, V. / Weiler, B.D. / Spantgar, F. / Ciofi-Baffoni, S. / Saviello, M.R. / Gonnelli, L. / Muhlenhoff, U. / Banci, L. / Lill, R.
履歴
登録2016年6月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月8日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 1.22019年10月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_database_related / pdbx_nmr_spectrometer / Item: _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BolA-like protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,8751
ポリマ－12,8751
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area5650 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 40target function
代表モデルモデル #1medoid

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要素

#1: タンパク質 BolA-like protein 1 / hBolA


分子量: 12875.399 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: GIDPFT sequence at the N-terminus is added by cloning. The mitochondrial-targeting sequence (MLSGRLVLGLVSMAGRVCLC) has been removed.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BOLA1, CGI-143 / プラスミド: pET151 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): GOLD / 参照: UniProt: Q9Y3E2

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111anisotropic12D 1H-15N HSQC
222anisotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
232anisotropic13D HNCO
242anisotropic13D HNCA
252anisotropic13D HN(CO)CA
292anisotropic13D HN(CA)CB
282anisotropic13D CBCA(CO)NH
272anisotropic13D HN(CA)CO
262anisotropic13D HBHA(CBCACO)NH
2102anisotropic13D HN(CA)CB
2122anisotropic13D (H)CCH-TOCSY
2112anisotropic23D 1H-13C NOESY
1131anisotropic12D 1H-1H TOCSY
1141anisotropic32D 1H-1H NOESY
1151anisotropic23D 1H-15N NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution11 mM [U-100% 15N] mitochondrial BOLA1 protein, 50 mM potassium phosphate, 5 mM DTT, 90% H2O/10% D2O15N_BOLA190% H2O/10% D2O
solution21 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] mitochondrial BOLA1 protein, 50 mM potassium phosphate, 5 mM DTT, 90% H2O/10% D2O13C_15N_BOLA190% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMmitochondrial BOLA1 protein[U-100% 15N]1
50 mMpotassium phosphatenatural abundance1
5 mMDTTnatural abundance1
1 mMmitochondrial BOLA1 protein[U-100% 13C; U-100% 15N]2
50 mMpotassium phosphatenatural abundance2
5 mMDTTnatural abundance2
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
150 mM15N_BOLA17 1 atm298 K
250 mM13C_15N_BOLA17 1 atm298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE7001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE9002
Bruker AVANCEBrukerAVANCE9503

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
AmberCase, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, and Kollman精密化
UNIOSerrano, Pedrini, Mohanty, Geralt, Herrmann and Wuthrich,structure calculation
CARA2Keller and Wuthrichchemical shift assignment
CARAKeller and Wuthrichpeak picking
UNIOSerrano, Pedrini, Mohanty, Geralt, Herrmann and Wuthrich,peak picking
TopSpinBruker Biospin解析
TALOS+Cornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
TopSpinBruker Biospincollection
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: medoid
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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