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- PDB-6hr0: Optimizing electroactive organisms: the effect of orthologous proteins -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hr0
タイトルOptimizing electroactive organisms: the effect of orthologous proteins
要素Cytochrome C
キーワードELECTRON TRANSPORT / extracellular electron transfer / Shewanella / small tetraheme cytochrome / microbial fuel cells / methyl orange / ortholog proteins
機能・相同性
機能・相同性情報


periplasmic space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Tetrahaem cytochrome domain / Cytochrome c3 / Flavocytochrome C3; Chain A / Flavocytochrome C3; Chain A, domain 2 / Multiheme cytochrome superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / PHOSPHITE ION / Cytochrome c
類似検索 - 構成要素
生物種Shewanella algae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.04 Å
データ登録者Trindade, I.B. / Moe, E. / Matias, P.
資金援助 ポルトガル, 7件
組織認可番号国
Other governmentPTDC/BBB-BQB/4178/2014 ポルトガル
Other governmentPTDC/BBB-BQB/3554/2014 ポルトガル
Other governmentERA-MBT/0003/2014 ポルトガル
Other governmentSFRH/BPD/96952/2013 ポルトガル
Other governmentSFRH/BPD/93164/2013 ポルトガル
Other governmentSFRH/BPD/93164/2013 ポルトガル
Other governmentPD/BD/135187/2017 ポルトガル
引用ジャーナル: Frontiers in Energy Research / 年: 2019
タイトル: Optimizing electroactive organisms: the effect of orthologous proteins
著者: Fonseca, B.M. / Silva, L. / Trindade, I.B. / Moe, E. / Matias, P.M. / Louro, R.O. / Paquete, C.M.
履歴
登録2018年9月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn_type.id
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,1466
ポリマ－9,5931
非ポリマー2,5535
水2,900161
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4190 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area5800 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)66.171, 66.171, 43.236
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome C


分子量: 9593.382 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Shewanella algae (バクテリア) / 遺伝子: EEY24_16120 / 発現宿主: Shewanella algae (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2T3H499
#2: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-PO3 / PHOSPHITE ION / ホスファイト


分子量: 78.972 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.5 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Bicine pH 8.5 and 3.7 M Ammonium Sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.04→26.27 Å / Num. obs: 44836 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 1.04→1.07 Å / Num. unique obs: 2412 / CC1/2: 0.386

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1M1P

1m1p


解像度: 1.04→26.27 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1778 --
Rwork0.1525 --
obs-44915 99.9 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.04→26.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数661 0 176 161 998

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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