PDB-5lbb: HIF prolyl hydroxylase 2 (PHD2/EGLN1) R396T variant in complex wi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5lbb

タイトル

HIF prolyl hydroxylase 2 (PHD2/EGLN1) R396T variant in complex with Mn(II) and N-[(1-chloro-4-hydroxyisoquinolin-3-yl)carbonyl]glycine (IOX3/UN9)

要素

Egl nine homolog 1

キーワード

OXIDOREDUCTASE / NON-HEME DIOXYGENASE / IRON / 2-OXOGLUTARATE / HYPOXIA-INDUCIBLE FACTOR / HIF / HIF PROLYL HYDROXYLASE DOMAIN 2 / PHD2 / EGLN1 / OXYGENASE / HYPOXIA / DNA-BINDING / METAL-BINDING / TRANSCRIPTION / HELIX-LOOP-HELIX-BETA / DSBH / FACIAL TRIAD / CYTOPLASM / TRANSCRIPTION/EPIGENETIC REGULATION / SIGNALING / DEVELOPMENT / CELL STRUCTURE / BETA-HYDROXYLATION / TRANSCRIPTION ACTIVATOR/INHIBITOR / UBL CONJUGATION / POLYMORPHISM / VITAMIN C / ZINC-FINGER / FAMILIAL ERYTHROCYTOSIS / BREAST CANCER / TRANSCRIPTION COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidyl-proline 4-dioxygenase activity / hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase activity / hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase / peptidyl-proline dioxygenase activity / negative regulation of cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / regulation protein catabolic process at postsynapse / intracellular oxygen homeostasis / labyrinthine layer development / cardiac muscle tissue morphogenesis / heart trabecula formation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Chowdhury, R. / Schofield, C.J.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Structural basis for oxygen degradation domain selectivity of the HIF prolyl hydroxylases.
著者: Chowdhury, R. / Leung, I.K. / Tian, Y.M. / Abboud, M.I. / Ge, W. / Domene, C. / Cantrelle, F.X. / Landrieu, I. / Hardy, A.P. / Pugh, C.W. / Ratcliffe, P.J. / Claridge, T.D. / Schofield, C.J.

履歴

登録	2016年6月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年8月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年9月7日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5lbb.cif.gz	149.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5lbb.ent.gz	118.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5lbb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5lbb_validation.pdf.gz	730.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5lbb_full_validation.pdf.gz	733.6 KB	表示
XML形式データ	5lbb_validation.xml.gz	12.5 KB	表示
CIF形式データ	5lbb_validation.cif.gz	17.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lb/5lbb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lb/5lbb	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5l9bC 5l9rC 5l9vC 5la9C 5lasC 5latC 5lb6C 5lbcC 5lbeC 5lbfC 4bqxS 3hqr S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4mxr-2 5fmr-d 4myn-1 2hvw-1 6ahg-d 6j0l-3 2ppy-2 4mxr-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (12) #244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1) #59 - 2004年11月光化学系II (Photosystem II) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Egl nine homolog 1

ヘテロ分子

28.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Egl nine homolog 1

ヘテロ分子

A: Egl nine homolog 1

ヘテロ分子

A: Egl nine homolog 1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
85.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	110.199, 110.199, 39.717
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

#1: タンパク質	Egl nine homolog 1 / Hypoxia-inducible factor prolyl hydroxylase 2 / HPH-2 / Prolyl hydroxylase domain-containing ...Hypoxia-inducible factor prolyl hydroxylase 2 / HPH-2 / Prolyl hydroxylase domain-containing protein 2 / PHD2 / SM-20 分子量: 28040.852 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, UNP RESIDUES 181-426 / 変異: R396T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EGLN1, C1orf12, PNAS-118, PNAS-137 / プラスミド: PET28A(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q9GZT9, hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-UN9 / N-[(1-CHLORO-4-HYDROXYISOQUINOLIN-3-YL)CARBONYL]GLYCINE / [(1-クロロ-4-ヒドロキシ-3-イソキノリニル)カルボニルアミノ]酢酸分子量: 280.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₉ClN₂O₄
#4: 化合物	ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / 炭酸水素アニオン分子量: 61.017 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.09 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 2.1 M ammonium sulphate, 2% v/v dioxane, 0.002 M MnCl2

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月24日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→36.67 Å / Num. obs: 29903 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.3 % / B_iso Wilson estimate: 31.4 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 14.5
反射シェル	解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.701 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 97.6

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4BQX

4bqx

解像度: 1.7→36.071 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1781	1500	5.02 %
R_work	0.1521	-	-
obs	0.1534	29896	97.57 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 59.4 Å² / k_sol: 0.43 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 46 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.84 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.84 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.68 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.35 Å	0.32 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	-	0.24 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→36.071 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1747	0	24	122	1893

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.017	1857
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.451	2522
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.465	1100
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.079	268
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.011	334

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.7549	0.2565	130	0.2369	2552	X-RAY DIFFRACTION	97
1.7549-1.8176	0.2379	125	0.2109	2577	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8176-1.8904	0.23	153	0.1926	2583	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8904-1.9764	0.203	146	0.1827	2572	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9764-2.0806	0.2304	123	0.1634	2620	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0806-2.211	0.1911	132	0.1531	2588	X-RAY DIFFRACTION	98
2.211-2.3816	0.1649	135	0.1449	2588	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3816-2.6213	0.1918	144	0.1549	2594	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6213-3.0004	0.1942	142	0.1582	2553	X-RAY DIFFRACTION	96
3.0004-3.7795	0.1748	140	0.143	2524	X-RAY DIFFRACTION	95
3.7795-36.0792	0.1475	130	0.1406	2645	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2265	0.2899	0.1622	2.5325	0.6264	0.2381	0.1796	0.3318	0.3427	0.2657	0.3869	-0.2988	-0.2866	-0.8035	0.2095	0.2681	-0.0119	0.1046	0.5001	0.1241	0.4006	16.3028	-33.653	-1.6134
2	0.8587	-0.4617	-0.3692	0.7919	0.4589	0.5437	-0.2629	0.1413	0.488	-0.1305	0.2429	-0.4648	-0.2076	0.5514	0.1536	0.3796	-0.1308	0.0374	0.2852	0.0918	0.3368	7.7357	-32.4281	0.1593
3	0.4037	-0.4292	-0.1105	0.9788	0.5677	0.7512	-0.261	0.0581	0.3249	-0.6973	-0.1686	0.4423	-0.2313	0.0423	-0.22	0.4544	0.0497	-0.037	0.423	0.1561	0.3835	-9.2286	-34.3085	-11.3347
4	1.3827	0.2357	1.1574	1.0499	0.3511	0.8597	0.0049	0.2886	-0.1486	0.0508	-0.1812	0.4567	0.0857	-0.6425	-0	0.3315	-0.0203	0.0482	0.389	-0.0163	0.3814	-14.3438	-47.7321	-1.8283
5	0.065	-0.0757	-0.0003	1.0127	0.5278	0.3046	0.0098	0.5262	0.13	-0.2758	-0.0412	-0.5615	-0.4709	0.0857	0.0229	0.3953	-0.0219	0.0737	0.5145	0.1091	0.3458	7.2564	-39.8682	-11.405
6	0.1168	-0.08	-0.1114	0.1985	0.1348	0.0917	0.1797	0.1777	0.0975	0.5843	0.1264	-0.7335	0.1542	0.4437	0.0005	0.4527	0.0272	0.0236	0.4481	-0.0319	0.4953	17.9638	-47.1395	-2.1559
7	0.3687	0.2798	0.4972	0.3543	0.4685	0.5482	-0.0831	0.1	0.0223	-0.0447	-0.0104	0.1247	-0.006	-0.0874	-0.0002	0.264	0.0159	0.0541	0.293	-0.0004	0.3132	-5.889	-43.8259	-2.3495
8	0.6011	0.248	-0.1886	0.6148	0.073	0.7489	-0.2214	-0.2458	-0.7736	0.1937	-0.0324	0.2904	0.2762	0.0416	-0.005	0.2885	0.0308	0.0897	0.2819	0.0784	0.2998	-1.1379	-48.5858	9.4605
9	0.9013	0.8737	0.2045	0.7051	0.0113	0.9845	-0.1747	0.0209	0.3022	0.1501	0.0863	-0.2169	-0.2084	0.0864	-0.0003	0.29	0.0145	0.0575	0.2224	0.0538	0.2674	-0.4341	-36.8447	-0.0645
10	0.2215	0.342	0.0502	0.6399	0.4054	0.4262	-0.1968	-0.4991	0.3247	0.5637	0.1706	-0.3065	-0.3052	-0.0073	0.0045	0.3504	0.0578	0.0075	0.3291	-0.0264	0.2843	-0.6174	-36.1967	12.7345
11	0.5024	0.025	-0.2144	0.4548	0.2915	0.2366	-0.1308	-0.1212	0.509	0.3752	-0.3359	-0.1119	-0.8951	0.4994	0.0007	0.3863	-0.0348	-0.0013	0.3283	0.0496	0.3256	0.8355	-32.1422	8.0304
12	0.2	0.0047	0.097	0.1343	0.03	-0.0186	0.0578	0.0348	-0.0484	-0.1018	-0.0261	-0.2217	-0.0299	0.3359	0.0001	0.2783	0.0064	0.0313	0.2788	0.0525	0.294	7.7861	-43.0095	5.9328
13	0.6999	0.4395	-0.1165	0.8262	0.2693	0.233	-0.0257	-0.7985	0.3905	0.282	-0.0551	-0.0438	-0.0355	-0.1273	0.0291	0.2909	0.0531	0.0828	0.3216	-0.0354	0.2913	-5.5386	-39.0326	10.4679
14	0.4818	0.6837	0.2162	0.8855	0.5233	0.2998	0.1251	0.1456	0.125	-0.1807	-0.0993	-0.1665	-0.1194	-0.0079	-0.0001	0.2461	0.0165	0.0613	0.2332	0.0351	0.2635	0.1558	-43.387	-2.1691
15	0.1964	-0.0843	-0.0188	0.2027	-0.07	0.26	-0.0393	0.0093	0.1344	0.0152	0.1809	0.5518	0.5274	-0.0277	-0	0.347	0.0265	0.0127	0.3359	-0.0294	0.4547	10.3678	-61.9708	-0.7727
16	1.6444	1.084	0.763	0.7206	0.4989	0.3576	-0.1028	-0.7239	0.5677	-0.2761	-0.1495	0.6579	0.3516	-0.8575	0.0334	0.7164	-0.0243	-0.2097	0.5835	0.2091	0.513	5.3574	-74.3541	-9.2705

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 188:204)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 205:215)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 216:232)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 233:266)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 267:283)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 284:293)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 294:306)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 307:320)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 321:335)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 336:350)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 351:361)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 362:371)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain A and resid 372:381)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain A and resid 382:392)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain A and resid 393:405)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain A and resid 411:417)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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