PDB-5l8p: Thermolysin in complex with JC114 (PEG400 cryo protectant)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5l8p

タイトル

Thermolysin in complex with JC114 (PEG400 cryo protectant)

要素

Thermolysin

キーワード

HYDROLASE / METALLOPROTEASE / HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

thermolysin / metalloendopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus thermoproteolyticus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.29 Å

データ登録者

Krimmer, S.G. / Cramer, J. / Heine, A. / Klebe, G.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2016
タイトル: Rational Design of Thermodynamic and Kinetic Binding Profiles by Optimizing Surface Water Networks Coating Protein-Bound Ligands.
著者: Krimmer, S.G. / Cramer, J. / Betz, M. / Fridh, V. / Karlsson, R. / Heine, A. / Klebe, G.

履歴

登録	2016年6月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年12月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5l8p.cif.gz	208.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5l8p.ent.gz	167.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5l8p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l8/5l8p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l8/5l8p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5js3C 5jssC 5jt9C 5jviC 5jxnC 5l3uC 5l41C 8tlnS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5hqd-d 4tnl-d 5n2z-d 6scu-d 3p7w-d 3n21-d 3qh1-d 5tac-d 5t9i-d 6sb9-d 1lnf-d 3p7v-d 6zhj-d 3p7u-d 5lwd-d 5tak-d 1fjv-d 5t9q-d 4m65-d 1kr6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

E: Thermolysin

ヘテロ分子

35.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.596, 92.596, 130.427
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	E-790- HOH
2	1	E-805- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 E

#1: タンパク質	Thermolysin / Thermostable neutral proteinase 分子量: 34360.336 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 233-548 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Bacillus thermoproteolyticus (バクテリア) 参照: UniProt: P00800, thermolysin

-
非ポリマー , 5種, 431分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-6MG / N~2~-[(R)-({[(benzyloxy)carbonyl]amino}methyl)(hydroxy)phosphoryl]-N-[(2S)-2,3,3-trimethylbutyl]-L-leucinamide 分子量: 455.528 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₃₈N₃O₅P
#5: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 423 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.63 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 50 MM TRIS/HCL, 1.9 M CSCL, 50% DMSO

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月5日
放射	モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.29→50 Å / Num. obs: 83387 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 12.7 % / R_sym value: 0.062 / Net I/σ(I): 27.6
反射シェル	解像度: 1.29→1.37 Å / 冗長度: 12.5 % / Mean I/σ(I) obs: 5.48 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 8TLN

8tln

解像度: 1.29→40.095 Å / SU ML: 0.08 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 9.23

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1329	4170	5 %
R_work	0.1065	-	-
obs	0.1078	83386	99.74 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.29→40.095 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2418	0	44	423	2885

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	2627
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.184	3598
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.648	921
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.083	379
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	475

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.2878-1.3025	0.1952	127	0.1463	2409	X-RAY DIFFRACTION	92
1.3025-1.3178	0.1653	137	0.1283	2611	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3178-1.3339	0.1625	137	0.1172	2587	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3339-1.3508	0.1665	136	0.1145	2594	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3508-1.3685	0.1381	139	0.1098	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3685-1.3873	0.1489	136	0.1025	2594	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3873-1.4071	0.1488	138	0.103	2618	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4071-1.4281	0.12	137	0.0969	2597	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4281-1.4504	0.1356	137	0.0949	2603	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4504-1.4742	0.124	137	0.0917	2615	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4742-1.4996	0.1091	139	0.0865	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4996-1.5269	0.1086	137	0.0859	2600	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5269-1.5563	0.1122	137	0.081	2621	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5563-1.588	0.0891	139	0.0795	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
1.588-1.6226	0.1061	138	0.0827	2623	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6226-1.6603	0.1166	138	0.084	2619	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6603-1.7018	0.1165	138	0.0862	2637	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7018-1.7478	0.1317	139	0.0902	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7478-1.7993	0.1054	139	0.0863	2626	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7993-1.8574	0.1274	139	0.0944	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8574-1.9237	0.1271	139	0.0967	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9237-2.0008	0.1285	140	0.0971	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0008-2.0918	0.11	139	0.0993	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0918-2.2021	0.1081	140	0.0989	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2021-2.34	0.1116	141	0.095	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
2.34-2.5207	0.1209	141	0.1001	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5207-2.7743	0.1336	142	0.1081	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7743-3.1756	0.147	143	0.1155	2721	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1756-4.0004	0.1588	146	0.1258	2763	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0004-40.1147	0.1608	155	0.1434	2937	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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