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- PDB-5l77: A glycoside hydrolase mutant with an unreacted activity based pro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5l77
タイトルA glycoside hydrolase mutant with an unreacted activity based probe bound
要素beta-glucuronidase
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, acting on glycosyl bonds / membrane
類似検索 - 分子機能
Beta-glucuronidase, C-terminal / Glycosyl hydrolase family 79 C-terminal beta domain / : / Glycoside hydrolase, family 79 / Glycosyl hydrolase family 79, N-terminal domain / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel ...Beta-glucuronidase, C-terminal / Glycosyl hydrolase family 79 C-terminal beta domain / : / Glycoside hydrolase, family 79 / Glycosyl hydrolase family 79, N-terminal domain / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-GUX / PHOSPHATE ION / Beta-glucuronidase C-terminal domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Acidobacterium capsulatum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.24 Å
データ登録者Jin, Y. / Wu, L. / Jiang, J.B. / Overkleeft, H.S. / Davies, G.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
European Research CouncilAdG-322942 英国
引用ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2017
タイトル: Activity-based probes for functional interrogation of retaining beta-glucuronidases.
著者: Wu, L. / Jiang, J. / Jin, Y. / Kallemeijn, W.W. / Kuo, C.L. / Artola, M. / Dai, W. / van Elk, C. / van Eijk, M. / van der Marel, G.A. / Codee, J.D.C. / Florea, B.I. / Aerts, J.M.F.G. / ...著者: Wu, L. / Jiang, J. / Jin, Y. / Kallemeijn, W.W. / Kuo, C.L. / Artola, M. / Dai, W. / van Elk, C. / van Eijk, M. / van der Marel, G.A. / Codee, J.D.C. / Florea, B.I. / Aerts, J.M.F.G. / Overkleeft, H.S. / Davies, G.J.
履歴
登録2016年6月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22017年9月6日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 2.02019年10月23日Group: Data collection / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _entity.formula_weight
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: beta-glucuronidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,9309
ポリマ－52,9851
非ポリマー9458
水8,701483
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1130 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area17400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)150.170, 45.120, 82.040
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.11, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-709-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 beta-glucuronidase


分子量: 52984.926 Da / 分子数: 1 / 変異: E287Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acidobacterium capsulatum (バクテリア)
遺伝子: ACP_2665 / プラスミド: PET-28A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): GOLD / 参照: UniProt: C1F2K5

-
非ポリマー , 5種, 491分子

#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-GUX / (1~{R},2~{S},3~{R},4~{S},5~{S},6~{R})-7-[8-[(azanylidene-{4}-azanylidene)amino]octyl]-3,4,5-tris(oxidanyl)-7-azabicyclo[4.1.0]heptane-2-carboxylic acid


分子量: 342.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H26N4O5
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 483 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 12 mg/mL protein stock in mixed 1:1 with 1.2 M NaH2PO4/K2HPO4 (1:9 v/v) at 293 K.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年1月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.24→28.88 Å / Num. obs: 126454 / % possible obs: 89.8 % / 冗長度: 3.9 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 13.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3VYO

3vyo


解像度: 1.24→28.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.979 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.97 / SU B: 1.48 / SU ML: 0.028 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.037 / ESU R Free: 0.038 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16028 6276 5 %RANDOM
Rwork0.12933 ---
obs0.13084 120177 89.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 18.698 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.28 Å20 Å21.26 Å2
2---1.49 Å20 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.24→28.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3457 0 56 483 3996
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0193626
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023305
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7341.9624949
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.05937602
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7985467
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.35523.688160
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.83815512
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.5941521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.2529
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0214208
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02861
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9531.61841
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9531.61842
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4292.4162302
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.432.4172303
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8371.9061785
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.8341.9051785
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.3972.7692640
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.34415.324642
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.34415.3184642
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.68536931
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free32.1565106
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded13.29757218
LS精密化 シェル解像度: 1.24→1.272 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.264 242 -
Rwork0.255 4890 -
obs--49.4 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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