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- PDB-5g0m: beta-glucuronidase with an activity-based probe (N-acyl cyclophel... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5g0m
タイトルbeta-glucuronidase with an activity-based probe (N-acyl cyclophellitol aziridine) bound
要素BETA-GLUCURONIDASE
キーワードHYDROLASE / GH79 / BETA-GLUCURONIDASE / ACTIVITY-BASED PROBE / RETAINING ENZYME
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, acting on glycosyl bonds / membrane
類似検索 - 分子機能
Beta-glucuronidase, C-terminal / Glycosyl hydrolase family 79 C-terminal beta domain / : / Glycoside hydrolase, family 79 / Glycosyl hydrolase family 79, N-terminal domain / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel ...Beta-glucuronidase, C-terminal / Glycosyl hydrolase family 79 C-terminal beta domain / : / Glycoside hydrolase, family 79 / Glycosyl hydrolase family 79, N-terminal domain / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-J13 / PHOSPHATE ION / Beta-glucuronidase C-terminal domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種ACIDOBACTERIUM CAPSULATUM (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Jin, Y. / Wu, L. / Jiang, J.B. / Overkleeft, H.S. / Davies, G.J.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The Structure of a Bacteria Beta-Glucuronidase in Gh79 Family
著者: Jin, Y. / Wu, L. / Jiang, J.B. / Overkleeft, H.S. / Davies, G.J.
履歴
登録2016年3月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月22日Group: Data collection / Derived calculations / Experimental preparation
カテゴリ: exptl_crystal_grow / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-GLUCURONIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,3794
ポリマ－50,8151
非ポリマー5643
水4,396244
1
A: BETA-GLUCURONIDASE
ヘテロ分子

A: BETA-GLUCURONIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,7588
ポリマ－101,6292
非ポリマー1,1296
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area2910 Å2
ΔGint-25.8 kcal/mol
Surface area32500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)150.740, 44.810, 83.270
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.50, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 BETA-GLUCURONIDASE


分子量: 50814.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) ACIDOBACTERIUM CAPSULATUM (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): GOLD / 参照: UniProt: C1F2K5, beta-glucuronidase
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-J13 / (1S,2R,3R,4S,6S)-6-[(8-azidooctanoyl)amino]-2,3,4-trihydroxycyclohexane-1-carboxylate


分子量: 374.390 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H26N4O7
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 244 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.74 % / 解説: NONE
結晶化温度: 293 K / pH: 8.6
詳細: 0.7 UL 4.5 MG/ML PROTEIN STOCK IS MIXED WITH 0.5 UL PRECIPITANT COMPOSED OF 1 M NAH2PO4:K2HPO4 = 0.5:9.5 (V/V) AT 20 DEGREE., pH 8.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92002
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92002 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→66.71 Å / Num. obs: 45856 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 2.1 / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3VO0

3vo0


解像度: 1.8→66.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 3.511 / SU ML: 0.102 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.121 / ESU R Free: 0.115 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21319 2278 5 %RANDOM
Rwork0.1826 ---
obs0.18412 43578 97.66 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→66.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3430 0 35 244 3709
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0193568
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023260
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8121.9584863
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.06637490
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3315458
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.71323.654156
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.55815500
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.7121520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.2521
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0214156
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02846
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5831.7591832
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5791.7581831
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.3852.6312290
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.3852.6312291
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2261.9821736
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.2131.9781733
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.4412.8832574
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.8614.5124058
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.8714.5264059
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 151 -
Rwork0.287 3176 -
obs--97.71 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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