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- PDB-4do5: Pharmacological chaperones for human alpha-N-acetylgalactosaminidase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4do5
タイトルPharmacological chaperones for human alpha-N-acetylgalactosaminidase
要素Alpha-N-acetylgalactosaminidase
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / PHARMACOLOGICAL CHAPERONE / BETA/ALPHA)8 BARREL / GLYCOSIDASE / CARBOHYDRATE-BINDING PROTEIN / GLYCOPROTEIN / LYSOSOME / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-N-acetylgalactosaminidase / alpha-N-acetylgalactosaminidase activity / glycolipid catabolic process / alpha-galactosidase activity / oligosaccharide metabolic process / glycoside catabolic process / carbohydrate catabolic process / lysosome / protein homodimerization activity / extracellular exosome ...alpha-N-acetylgalactosaminidase / alpha-N-acetylgalactosaminidase activity / glycolipid catabolic process / alpha-galactosidase activity / oligosaccharide metabolic process / glycoside catabolic process / carbohydrate catabolic process / lysosome / protein homodimerization activity / extracellular exosome / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alpha galactosidase A, C-terminal beta-sandwich domain / Alpha galactosidase A C-terminal beta sandwich domain / Alpha galactosidase A / Glycoside hydrolase, family 27 / Glycoside hydrolase family 27/36, conserved site / Alpha-galactosidase signature. / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel ...Alpha galactosidase A, C-terminal beta-sandwich domain / Alpha galactosidase A C-terminal beta sandwich domain / Alpha galactosidase A / Glycoside hydrolase, family 27 / Glycoside hydrolase family 27/36, conserved site / Alpha-galactosidase signature. / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / Chem-DGJ / Alpha-N-acetylgalactosaminidase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.51 Å
データ登録者Clark, N.E. / Garman, S.C.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Pharmacological chaperones for human alpha-N-acetylgalactosaminidase
著者: Clark, N.E. / Metcalf, M.C. / Best, D. / Fleet, G.W. / Garman, S.C.
履歴
登録2012年2月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月21日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-N-acetylgalactosaminidase
B: Alpha-N-acetylgalactosaminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,27926
ポリマ－91,1662
非ポリマー5,11324
水18,4111022
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9380 Å2
ΔGint35 kcal/mol
Surface area31890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)154.352, 114.513, 68.553
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.640, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-692-

HOH

21A-1148-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Alpha-N-acetylgalactosaminidase / Alpha-galactosidase B


分子量: 45582.867 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 18-411 / 変異: N201Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NAGA / プラスミド: pIB/V5-His-TOPO TA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): HI-FIVE / 参照: UniProt: P17050, alpha-N-acetylgalactosaminidase

-
糖 , 3種, 6分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 1040分子

#5: 化合物 ChemComp-DGJ / (2R,3S,4R,5S)-2-(hydroxymethyl)piperidine-3,4,5-triol / 1-deoxygalactonojirimycin / デオキシガラクトノジリマイシン


分子量: 163.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4 / コメント: 薬剤, Galafold*YM
#6: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#7: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1022 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.4
詳細: 8-16% PEG3350, 70mM citric acid, 30mM Bis-Tris propane, pH 3.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月12日 / 詳細: TOROIDAL FOCUSING MIRROR
放射モノクロメーター: SI(111) CHANNEL CUT / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 178912 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rsym value: 0.046 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.5-1.552.90.644135880.993173.2
1.55-1.623.50.538172591.005192.8
1.62-1.694.10.436182351.019198.4
1.69-1.784.20.286183481.03198.7
1.78-1.894.20.187184321.045199.1
1.89-2.044.20.106184741.109199.3
2.04-2.244.20.065185011.117199.6
2.24-2.564.20.048186081.07199.8
2.56-3.234.20.032186631.009199.9
3.23-504.20.024188040.689199.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB entry 3H53

3h53


解像度: 1.51→31.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.971 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 2.839 / SU ML: 0.045 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.059 / ESU R Free: 0.059 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1779 9021 5.1 %RANDOM
Rwork0.1592 ---
obs0.1601 178628 95.57 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 142.75 Å2 / Biso mean: 29.5642 Å2 / Biso min: 9.87 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å20 Å20.18 Å2
2---0.05 Å20 Å2
3---0.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.51→31.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6279 0 338 1022 7639
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0216921
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024672
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.36129435
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.886311326
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2915813
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.25724.065310
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.461151078
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.3421540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.21027
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0217527
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021369
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.627124007
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.047121610
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.859166478
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.924202914
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.533242957
LS精密化 シェル解像度: 1.51→1.544 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.324 454 -
Rwork0.311 8577 -
all-9031 -
obs--65.61 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.08320.0782-0.1640.3359-0.12960.40280.02960.02270.11450.02810.02320.0138-0.02530.0359-0.05280.0605-0.0077-0.00680.0457-0.01080.02156.9588-1.222810.1632
21.4161-0.0773-0.30541.5984-0.27140.80930.0550.04740.1630.09610.10050.3325-0.1109-0.1662-0.15550.04020.02830.02010.06820.06240.126826.25693.256410.9694
31.14640.3842-0.52751.6086-0.53630.8008-0.05370.08170.00770.12120.19480.39510.0079-0.14-0.1410.0791-0.00640.00040.08870.07280.130421.9069-31.573821.924
42.17080.3362-0.68081.7057-0.2341.0984-0.142-0.0647-0.4222-0.013-0.0206-0.43990.1560.2030.16270.07020.03120.00180.06460.020.181151.6099-37.164616.4726
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A18 - 310
2X-RAY DIFFRACTION2A311 - 404
3X-RAY DIFFRACTION3B18 - 310
4X-RAY DIFFRACTION4B311 - 404

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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