PDB-5l3v: Structure of the crenarchaeal SRP54 GTPase bound to GDP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5l3v

タイトル

Structure of the crenarchaeal SRP54 GTPase bound to GDP

要素

Signal recognition particle 54 kDa protein

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / co-translational protein targeting / Signal Recognition Particle / GTPase / Signaling protein

機能・相同性

機能・相同性情報

signal recognition particle / signal-recognition-particle GTPase / 7S RNA binding / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTPase activity / GTP binding / ATP hydrolysis activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Sulfolobus solfataricus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Bange, G. / Wild, K. / Sinning, I.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2016
タイトル: Structural Basis for Conserved Regulation and Adaptation of the Signal Recognition Particle Targeting Complex.
著者: Wild, K. / Bange, G. / Motiejunas, D. / Kribelbauer, J. / Hendricks, A. / Segnitz, B. / Wade, R.C. / Sinning, I.

履歴

登録	2016年5月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年6月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年7月20日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5l3v.cif.gz	243.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5l3v.ent.gz	198.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5l3v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5l3v_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5l3v_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	5l3v_validation.xml.gz	24.3 KB	表示
CIF形式データ	5l3v_validation.cif.gz	34.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l3/5l3v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l3/5l3v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5l3qC 5l3rC 5l3sSC 5l3wC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6y2z-2 4wt4-2 2xhf-d 1j8y-d 6y31-4 6y30-1 4pfk-d 6mqj-2 1o87-1 5id2-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Signal recognition particle 54 kDa protein

B: Signal recognition particle 54 kDa protein

ヘテロ分子

67.5 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Signal recognition particle 54 kDa protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
33.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Signal recognition particle 54 kDa protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
33.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.168, 92.168, 148.240
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-416- HOH
2	1	A-433- HOH
3	1	B-416- HOH
4	1	B-436- HOH

#1: タンパク質	Signal recognition particle 54 kDa protein / SRP54 分子量: 33170.266 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 遺伝子: srp54, SSO0971 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q97ZE7
#2: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.48 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M CHES pH 6.0, 15 % (w/v) PEG 8000, 0.2 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→39.14 Å / Num. obs: 33058 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 19.4 % / R_sym value: 0.059 / Net I/σ(I): 22.3
反射シェル	解像度: 2.3→2.38 Å / R_sym value: 0.465

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.1_1168	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5L3S

5l3s

解像度: 2.3→39.136 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.29

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2222	1648	4.99 %
R_work	0.1759	-	-
obs	0.1782	33055	99.82 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→39.136 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4528	0	71	178	4777

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	4674
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.163	6315
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.874	1767
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	718
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	793

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2978-2.3654	0.3103	138	0.2147	2552	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3654-2.4417	0.2027	135	0.179	2564	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4417-2.5289	0.2477	137	0.1726	2578	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5289-2.6302	0.2006	134	0.1708	2612	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6302-2.7499	0.2564	129	0.1843	2575	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7499-2.8948	0.2669	134	0.1903	2599	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8948-3.0761	0.2551	118	0.2018	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0761-3.3135	0.2247	134	0.2041	2605	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3135-3.6467	0.2388	165	0.1776	2600	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6467-4.1739	0.2164	144	0.1702	2631	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1739-5.2566	0.1825	134	0.148	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2566-39.1419	0.2137	146	0.1754	2774	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.2921	-0.0456	-1.1168	3.1079	2.3859	2.3126	0.0298	0.041	-0.5685	-0.3109	0.0973	0.5108	0.3853	-0.2059	-0.2663	0.7315	0.209	-0.2944	0.7274	0.1696	0.7445	12.9095	87.1003	30.1301
2	0.5414	-0.2338	0.2515	1.479	-0.5898	0.3978	0.0767	0.1572	0.1437	-0.1467	0.125	0.418	-0.0191	-0.1126	0.2357	0.6404	0.439	-0.0218	0.7218	0.2339	0.5491	12.5529	93.2014	42.8433
3	0.1081	-0.0331	0.2153	1.8312	-1.2479	2.1328	-0.0079	0.1896	0.2789	-0.2508	-0.0003	-0.0092	-0.3404	0.0022	0.2951	0.7727	0.3726	-0.0886	0.5816	0.1238	0.4287	21.7198	98.1174	34.7778
4	2.1484	-0.8906	0.3063	0.6026	0.0595	0.2044	-0.0045	0.1707	0.2153	-0.1704	-0.0127	0.1906	-0.256	-0.2211	0.0165	0.5043	0.2165	-0.0064	0.3414	0.0138	0.2761	36.5395	72.2142	52.0743
5	0.9373	0.1859	-0.0695	1.3867	-0.1363	2.0287	-0.0109	-0.1373	-0.2162	0.0185	-0.0047	0.2179	0.3521	-0.2375	0.0165	0.46	0.1748	0.0786	0.3321	0.0275	0.273	37.7804	60.1061	59.7943
6	4.4914	-0.7535	-0.9227	1.3754	-0.4262	2.1683	-0.0158	-0.239	-0.131	0.1248	0.0353	0.2389	-0.2009	-0.4234	-0.0091	0.436	0.1696	0.0144	0.4691	-0.0022	0.2336	33.4498	71.583	68.8862
7	0.9093	-0.0863	-0.0743	0.7335	-0.0276	0.1627	0.0926	0.271	0.1701	-0.1432	0.0247	0.3256	-0.2838	-0.3335	0.1559	0.5786	0.3978	-0.0852	0.4643	0.0188	0.3066	26.0626	77.4604	51.3324
8	3.7062	0.9162	1.3235	0.4148	-0.0075	2.1118	0.1559	-0.4561	-0.147	0.5124	0.0006	0.1479	-0.0008	0.2303	0.0706	0.8539	0.2618	-0.046	0.4816	0.1138	0.4738	29.5253	96.1751	73.9539
9	0.6591	-0.1931	0.1817	0.0669	-0.0172	0.1146	0.1152	0.0521	0.2088	-0.0871	-0.1298	-0.2457	0.1302	0.2865	0.0683	0.611	0.3144	-0.008	0.4766	0.0708	0.4452	32.7872	105.897	62.6105
10	0.8008	-0.5032	-0.0846	1.8487	-0.2757	0.8888	-0.0299	-0.1217	-0.3535	0.2429	0.0587	0.2146	0.1986	-0.0529	-0.0439	0.5531	0.197	0.0558	0.3078	0.0453	0.4079	6.3964	116.2392	58.6887

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 18 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 19 through 55 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 56 through 81 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 82 through 122 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 123 through 193 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 194 through 212 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 213 through 293 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 2 through 55 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 56 through 96 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 97 through 293 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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