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- PDB-5l0p: Symmetry-based assembly of a two-dimensional protein lattice -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5l0p
タイトルSymmetry-based assembly of a two-dimensional protein lattice
要素Transcription factor ETV6, Transcription factor ETV6, Transcription factor ETV6, Ferric uptake regulation protein chimera
キーワードDE NOVO PROTEIN / design / lattice / 2D / assembly
機能・相同性
機能・相同性情報


Signaling by membrane-tethered fusions of PDGFRA or PDGFRB / mesenchymal cell apoptotic process / vitellogenesis / hematopoietic stem cell proliferation / Signaling by FLT3 fusion proteins / neurogenesis / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific ...Signaling by membrane-tethered fusions of PDGFRA or PDGFRB / mesenchymal cell apoptotic process / vitellogenesis / hematopoietic stem cell proliferation / Signaling by FLT3 fusion proteins / neurogenesis / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / protein domain specific binding / chromatin / nucleolus / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ferric-uptake regulator, C-terminal domain / Ferric-uptake regulator / Ferric uptake regulator family / SAM / Pointed domain / Pointed domain / Sterile alpha motif (SAM)/Pointed domain / Pointed (PNT) domain profile. / ETS family / Ets-domain signature 2. / Ets domain ...Ferric-uptake regulator, C-terminal domain / Ferric-uptake regulator / Ferric uptake regulator family / SAM / Pointed domain / Pointed domain / Sterile alpha motif (SAM)/Pointed domain / Pointed (PNT) domain profile. / ETS family / Ets-domain signature 2. / Ets domain / Ets-domain / Ets-domain profile. / erythroblast transformation specific domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription factor ETV6 / Ferric uptake regulation protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Faham, S.
引用ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2017
タイトル: Symmetry based assembly of a 2 dimensional protein lattice.
著者: Poulos, S. / Agah, S. / Jallah, N. / Faham, S.
履歴
登録2016年7月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月3日Group: Database references
改定 1.22017年8月16日Group: Refinement description / カテゴリ: refine
Item: _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription factor ETV6, Transcription factor ETV6, Transcription factor ETV6, Ferric uptake regulation protein chimera


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,5601
ポリマ－40,5601
非ポリマー00
水2,162120
1
A: Transcription factor ETV6, Transcription factor ETV6, Transcription factor ETV6, Ferric uptake regulation protein chimera

A: Transcription factor ETV6, Transcription factor ETV6, Transcription factor ETV6, Ferric uptake regulation protein chimera


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,1192
ポリマ－81,1192
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_657-x+1,y,-z+21
Buried area2490 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area31610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)131.313, 54.833, 88.480
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 128.47, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Transcription factor ETV6, Transcription factor ETV6, Transcription factor ETV6, Ferric uptake regulation protein chimera / ETS translocation variant 6 / ETS-related protein Tel1 / Tel / Ferric uptake regulator


分子量: 40559.727 Da / 分子数: 1
断片: 3 x TelSAM (UNP residues 47-124) + FUR (UNP residues 3-83) with connecting linkers
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
遺伝子: ETV6, TEL, TEL1, fur / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P41212, UniProt: P45599
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.99 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 100 mM Tris, pH 8.0, 3.5 M sodium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月14日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 20782 / % possible obs: 93.9 % / 冗長度: 4.8 % / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル解像度: 2.3→2.35 Å / Rmerge(I) obs: 0.283

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 1JI7 & 2FU4

1ji7

2fu4


解像度: 2.3→50 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2356 --
Rwork0.1982 --
obs-19724 93.9 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2537 0 0 120 2657
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.319 57
Rwork0.24 -
obs-1065

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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