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万見
- PDB-2fu4: Crystal Structure of the DNA binding domain of E.coli FUR (Ferric... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fu4
タイトルCrystal Structure of the DNA binding domain of E.coli FUR (Ferric Uptake Regulator)
要素Ferric uptake regulation protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA binding domain / helix-turn-helix
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of siderophore biosynthetic process / DNA-binding transcription repressor activity / DNA-binding transcription activator activity / protein-DNA complex / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / zinc ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ferric-uptake regulator, C-terminal domain / Ferric-uptake regulator / Ferric uptake regulator family / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Ferric uptake regulation protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Pecqueur, L. / D'Autreaux, B. / Dupuy, J. / Nicolet, Y. / Jacquamet, L. / Brutscher, B. / Michaud-Soret, I. / Bersch, B.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Structural changes of Escherichia coli ferric uptake regulator during metal-dependent dimerization and activation explored by NMR and X-ray crystallography
著者: Pecqueur, L. / D'Autreaux, B. / Dupuy, J. / Nicolet, Y. / Jacquamet, L. / Brutscher, B. / Michaud-Soret, I. / Bersch, B.
履歴
登録2006年1月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferric uptake regulation protein
B: Ferric uptake regulation protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,12023
ポリマ－18,7032
非ポリマー1,41721
水2,882160
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3780 Å2
ΔGint-158 kcal/mol
Surface area8760 Å2
手法PISA
4
A: Ferric uptake regulation protein
B: Ferric uptake regulation protein
ヘテロ分子

A: Ferric uptake regulation protein
B: Ferric uptake regulation protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,24046
ポリマ－37,4074
非ポリマー2,83442
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_556x,y,z+11
Buried area2910 Å2
ΔGint-140 kcal/mol
Surface area9520 Å2
手法PISA
5
A: Ferric uptake regulation protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,42216
ポリマ－9,3521
非ポリマー1,07115
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
6
B: Ferric uptake regulation protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,6987
ポリマ－9,3521
非ポリマー3466
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)38.500, 159.270, 28.650
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Ferric uptake regulation protein / FUR / Ferric uptake regulator


分子量: 9351.656 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21 / 遺伝子: FUR(P0A9A9) / プラスミド: pET 30c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P0A9A9
#2: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.61 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 100mM sodium acetate, 30%(v/v) PEG 200 containing 100mM CdCl2, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.979637 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年9月7日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979637 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 17195 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.5 % / Biso Wilson estimate: 16.6 Å2 / Rsym value: 0.092 / Net I/σ(I): 17.72
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 8.4 % / Mean I/σ(I) obs: 6.2 / Num. unique all: 22370 / Rsym value: 0.329 / % possible all: 97.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
XNEMOデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→37.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 5.446 / SU ML: 0.078 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / ESU R: 0.225 / ESU R Free: 0.119 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2148 863 5 %RANDOM
Rwork0.1719 ---
all0.17406 ---
obs0.17406 17195 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.613 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→37.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1282 0 26 160 1468
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0221338
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2761.9751811
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.6525169
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.9632564
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.34715247
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.406158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2212
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02994
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2270.2664
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3010.2923
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.3440.2127
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0870.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2380.251
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3040.226
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.0540.22
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0311.5854
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.35321333
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1723536
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2124.5476
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.34731390
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free5.6823180
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded2.27831317
LS精密化 シェル解像度: 1.795→1.842 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.241 60 -
Rwork0.176 1136 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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