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Yorodumi- PDB-3c2w: Crystal structure of the photosensory core domain of P. aeruginos... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3c2w | ||||||
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Title | Crystal structure of the photosensory core domain of P. aeruginosa bacteriophytochrome PaBphP in the Pfr state | ||||||
Components | Bacteriophytochrome | ||||||
Keywords | SIGNALING PROTEIN / Knot structure / Chromophore / Kinase / Phosphoprotein / Photoreceptor protein / Receptor / Sensory transduction / Transferase | ||||||
Function / homology | Function and homology information osmosensory signaling via phosphorelay pathway / detection of visible light / phosphorelay response regulator activity / protein kinase activator activity / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / photoreceptor activity / regulation of DNA-templated transcription / ATP binding / identical protein binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Pseudomonas aeruginosa (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.9 Å | ||||||
Authors | Yang, X. / Kuk, J. / Moffat, K. | ||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2008 Title: Crystal structure of Pseudomonas aeruginosa bacteriophytochrome: photoconversion and signal transduction. Authors: Yang, X. / Kuk, J. / Moffat, K. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3c2w.cif.gz | 1.5 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3c2w.ent.gz | 1.3 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3c2w.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c2/3c2w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c2/3c2w | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 56823.230 Da / Num. of mol.: 8 / Fragment: photosensory core domain Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas aeruginosa (bacteria) / Strain: PA01 / Gene: bphP, PA4117 / Plasmid: pET24a / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 / References: UniProt: Q9HWR3, histidine kinase #2: Chemical | ChemComp-BLA / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.22 Å3/Da / Density % sol: 61.77 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.7 Details: 0.45M (NH4)H2PO4 0.1M Tris HCl 10mg/ml protein, pH 7.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.979 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Oct 17, 2007 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.7→50 Å / Num. all: 150452 / Num. obs: 89068 / % possible obs: 59.2 % / Redundancy: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 70.12 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 |
Reflection shell | Resolution: 2.7→2.8 Å / Redundancy: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: A partial model built from a mutant structure determined by MAD phasing Resolution: 2.9→14.996 Å / SU ML: 0.4 / Isotropic thermal model: TLS / Phase error: 36.31 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 53.335 Å2 / ksol: 0.259 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 126.92 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.9→14.996 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.9→2.93 Å
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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