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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5l0f | ||||||
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タイトル | Human metavinculin quadruple mutant (residues 959-1134) | ||||||
![]() | Vinculin | ||||||
![]() | CELL ADHESION / 5-Helix bundle / cytoskelatal protein / phospholipids / structural protein | ||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of protein localization to adherens junction / podosome ring / outer dense plaque of desmosome / inner dense plaque of desmosome / terminal web / cell-substrate junction / epithelial cell-cell adhesion / zonula adherens / dystroglycan binding / alpha-catenin binding ...regulation of protein localization to adherens junction / podosome ring / outer dense plaque of desmosome / inner dense plaque of desmosome / terminal web / cell-substrate junction / epithelial cell-cell adhesion / zonula adherens / dystroglycan binding / alpha-catenin binding / fascia adherens / cell-cell contact zone / adherens junction assembly / apical junction assembly / costamere / regulation of establishment of endothelial barrier / axon extension / protein localization to cell surface / lamellipodium assembly / regulation of focal adhesion assembly / maintenance of blood-brain barrier / brush border / Smooth Muscle Contraction / negative regulation of cell migration / cell-matrix adhesion / cell projection / morphogenesis of an epithelium / adherens junction / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / sarcolemma / beta-catenin binding / platelet aggregation / specific granule lumen / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / cell-cell junction / extracellular vesicle / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / Platelet degranulation / actin binding / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / molecular adaptor activity / cytoskeleton / cell adhesion / cadherin binding / membrane raft / focal adhesion / ubiquitin protein ligase binding / Neutrophil degranulation / structural molecule activity / protein-containing complex / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chinthalapudi, K. / Izard, T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Differential lipid binding of vinculin isoforms promotes quasi-equivalent dimerization. 著者: Chinthalapudi, K. / Rangarajan, E.S. / Brown, D.T. / Izard, T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 86.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 65.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 447.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 455.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 27.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19531.453 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP Residues 959-1134 / 変異: R975Q, K979Q, R1107Q, R1128Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.2 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.8 詳細: 20 mM citric acid, 80 mM Bis-Tris propane (pH 8.8), and 14 to 16% (w/v) PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月23日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.76→60.79 Å / Num. obs: 10731 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 9.6 % / Biso Wilson estimate: 40.61 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.022 / Net I/σ(I): 28.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.76→2.91 Å / 冗長度: 9.1 % / Mean I/σ(I) obs: 13 / CC1/2: 0.995 / % possible all: 99.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3MYI 解像度: 2.76→60.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9444 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9199 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.381
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原子変位パラメータ | Biso mean: 26.93 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.265 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.76→60.79 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.76→3.08 Å / Total num. of bins used: 5
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