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- PDB-5ksa: Bel602-DQ8.5-glia-gamma1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ksa
タイトルBel602-DQ8.5-glia-gamma1 complex
要素
  • (HLA class II histocompatibility antigen, DQ ...) x 2
  • Bel602 alpha TRAV20*01
  • Bel602 beta TRBV9*01
  • DQ8.5-glia-gamma1 peptide
キーワードIMMUNE SYSTEM / Celiac Disease T cell receptor peptide MHC complex
機能・相同性
機能・相同性情報


nutrient reservoir activity / MHC class II receptor activity / antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / T cell receptor complex / transport vesicle membrane / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / Generation of second messenger molecules / PD-1 signaling / MHC class II antigen presentation ...nutrient reservoir activity / MHC class II receptor activity / antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / T cell receptor complex / transport vesicle membrane / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / Generation of second messenger molecules / PD-1 signaling / MHC class II antigen presentation / trans-Golgi network membrane / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / response to bacterium / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / Interferon gamma signaling / endocytic vesicle membrane / positive regulation of T cell activation / Downstream TCR signaling / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / adaptive immune response / endosome membrane / immune response / lysosomal membrane / Golgi membrane / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Gliadin/LMW glutenin / Cys-rich Gliadin N-terminal / : / Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage helical domain / Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage helical domain superfamily / : / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Domain of unknown function (DUF1968) / MHC class II, beta chain, N-terminal ...Gliadin/LMW glutenin / Cys-rich Gliadin N-terminal / : / Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage helical domain / Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage helical domain superfamily / : / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Domain of unknown function (DUF1968) / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin V-set domain / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Roll / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
T cell receptor alpha variable 20 / T cell receptor beta variable 9 / MHC class II HLA-DQ-beta-1 / HLA class II histocompatibility antigen, DQ alpha 1 chain / Gamma-gliadin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Triticum aestivum (コムギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2 Å
データ登録者Petersen, J. / Rossjohn, J. / Reid, H.H.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: Diverse T Cell Receptor Gene Usage in HLA-DQ8-Associated Celiac Disease Converges into a Consensus Binding Solution.
著者: Petersen, J. / Kooy-Winkelaar, Y. / Loh, K.L. / Tran, M. / van Bergen, J. / Koning, F. / Rossjohn, J. / Reid, H.H.
履歴
登録2016年7月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月19日Group: Database references
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / diffrn_source / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class II histocompatibility antigen, DQ alpha 1 chain
B: HLA class II histocompatibility antigen, DQ beta 1 chain
C: Bel602 alpha TRAV20*01
D: Bel602 beta TRBV9*01
J: DQ8.5-glia-gamma1 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,3867
ポリマ－99,1255
非ポリマー2612
水11,403633
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13600 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area37280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.548, 98.831, 80.175
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.69, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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HLA class II histocompatibility antigen, DQ ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 HLA class II histocompatibility antigen, DQ alpha 1 chain / DC-1 alpha chain / DC-alpha / HLA-DCA / MHC class II DQA1


分子量: 21501.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DQA1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P01909
#2: タンパク質 HLA class II histocompatibility antigen, DQ beta 1 chain


分子量: 25827.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Triticum aestivum (コムギ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: HLA-DQB1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: O19707, UniProt: P08079*PLUS

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抗体 / タンパク質 / タンパク質・ペプチド / 糖 , 4種, 4分子 CDJ

#3: 抗体 Bel602 alpha TRAV20*01


分子量: 23108.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0B4J274*PLUS
#4: タンパク質 Bel602 beta TRBV9*01


分子量: 27398.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A580*PLUS
#5: タンパク質・ペプチド DQ8.5-glia-gamma1 peptide


分子量: 1288.317 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Triticum aestivum (コムギ) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P08079*PLUS
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 634分子

#7: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 633 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.56 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Ca-Acetate, 21 % PEG3350, Tris pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→45.75 Å / Num. obs: 65534 / % possible obs: 99.98 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 33.27 Å2 / Net I/σ(I): 12.52

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2→45.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.155 / SU Rfree Blow DPI: 0.138 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.137
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.206 3290 5.02 %RANDOM
Rwork0.169 ---
obs0.171 65534 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 46.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.681 Å20 Å2-8.286 Å2
2--0.5879 Å20 Å2
3---6.0931 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→45.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6546 0 15 634 7195
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.016777HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.079244HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3081SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes189HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes979HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6777HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.17
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.75
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion875SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7842SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.24 239 4.91 %
Rwork0.205 4628 -
all0.207 4867 -
obs--99.9 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.4189-0.1522-1.68851.049-0.09612.2486-0.1344-0.255-0.16830.0857-0.0394-0.19810.12630.35810.1738-0.07280.0809-0.0349-0.06980.0211-0.07860.767-21.4172-9.3657
21.1586-0.2652-1.43770.82210.3222.4586-0.05550.2675-0.1092-0.0546-0.0911-0.0258-0.0104-0.27140.1466-0.10010.0334-0.0315-0.0376-0.0213-0.0895-9.1223-21.2741-23.4063
31.5186-1.7971-1.5641.27131.35070.91730.15460.1891-0.0002-0.0806-0.1447-0.078-0.0613-0.1159-0.01-0.0260.04690.0392-0.0074-0.0187-0.0347-44.79734.873118.2654
42.3105-1.9564-2.27171.5961.56431.9227-0.3171-0.6810.12630.22280.5125-0.07350.23770.6221-0.1954-0.08420.10720.00090.0781-0.0428-0.1712-33.8777-0.737333.149
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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