PDB-5knd: Crystal structure of the Pi-bound V1 complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5knd

タイトル

Crystal structure of the Pi-bound V1 complex

要素

(V-type sodium ATPase subunit ...) x 3
V-type sodium ATPase catalytic subunit A

キーワード

HYDROLASE / P-loop / Na(+)-ATPase / ATP Binding

機能・相同性

機能・相同性情報

Na+-transporting two-sector ATPase / sodium-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton motive force-driven plasma membrane ATP synthesis / sodium ion transport / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase complex / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / ATP binding
類似検索 - 分子機能

ATPase, V1 complex, subunit F / Rossmann fold - #12240 / ATPase, V1 complex, subunit F, bacterial/archaeal / Bovine Mitochondrial F1-ATPase, ATP Synthase Beta Chain; Chain D, domain3 / Bovine Mitochondrial F1-atpase; Atp Synthase Beta Chain; Chain D, domain 3 / ATPase, V1 complex, subunit D / ATPase, V1 complex, subunit F / ATPase, V1 complex, subunit F superfamily / ATP synthase subunit D / ATP synthase (F/14-kDa) subunit ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Enterococcus hirae ATCC 9790 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.888 Å

データ登録者

Suzuki, K. / Mizutani, K. / Maruyama, S. / Shimono, K. / Imai, F.L. / Muneyuki, E. / Kakinuma, Y. / Ishizuka-Katsura, Y. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. ...

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Crystal structures of the ATP-binding and ADP-release dwells of the V1 rotary motor
著者: Suzuki, K. / Mizutani, K. / Maruyama, S. / Shimono, K. / Imai, F.L. / Muneyuki, E. / Kakinuma, Y. / Ishizuka-Katsura, Y. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. / Yamato, I. / Murata, T.

履歴

登録	2016年6月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年11月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年11月16日	Group: Database references
改定 1.2	2020年2月19日	Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_oper_list Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5knd.cif.gz	1.3 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5knd.ent.gz	1.1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5knd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5knd_validation.pdf.gz	764.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5knd_full_validation.pdf.gz	811.6 KB	表示
XML形式データ	5knd_validation.xml.gz	112.6 KB	表示
CIF形式データ	5knd_validation.cif.gz	151 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kn/5knd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kn/5knd	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5knbC 5kncC 3vr6S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3vr6-d 3vr5-d 3vr4-d 5knc-d 3w3a-2 3a5c-1 3w3a-1 3a5d-2 3fks-1 3oeh-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#219 - 2018年3月液胞型ATPアーゼ (Vacuolar ATPase) 類似性 (19) #131 - 2010年11月インテイン (Inteins) 類似性 (12) #72 - 2005年12月 ATP合成酵素 (ATP Synthase) 類似性 (9)

登録構造単位

A: V-type sodium ATPase catalytic subunit A

B: V-type sodium ATPase catalytic subunit A

C: V-type sodium ATPase catalytic subunit A

D: V-type sodium ATPase subunit B

E: V-type sodium ATPase subunit B

F: V-type sodium ATPase subunit B

G: V-type sodium ATPase subunit D

H: V-type sodium ATPase subunit NtpG (F)

ヘテロ分子

393 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	128.220, 128.352, 228.033
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質	V-type sodium ATPase catalytic subunit A / Na(+)-translocating ATPase subunit A / V-type sodium pump catalytic subunit A 分子量: 66347.797 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterococcus hirae ATCC 9790 (バクテリア) 株: ATCC 9790 / 遺伝子: ntpA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q08636, EC: 3.6.3.15

#1: タンパク質

V-type sodium ATPase catalytic subunit A / Na(+)-translocating ATPase subunit A / V-type sodium pump catalytic subunit A

分子量: 66347.797 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Enterococcus hirae ATCC 9790 (バクテリア)
株: ATCC 9790 / 遺伝子: ntpA / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q08636, EC: 3.6.3.15

-
V-type sodium ATPase subunit ... , 3種, 5分子 DEFGH

#2: タンパク質	V-type sodium ATPase subunit B / Na(+)-translocating ATPase subunit B / V-type sodium pump subunit B 分子量: 51720.898 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterococcus hirae ATCC 9790 (バクテリア) 株: ATCC 9790 / 遺伝子: ntpB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q08637
#3: タンパク質	V-type sodium ATPase subunit D / Na(+)-translocating ATPase subunit D / V-type sodium pump subunit D 分子量: 25119.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterococcus hirae ATCC 9790 (バクテリア) 株: ATCC 9790 / 遺伝子: ntpD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P43435
#4: タンパク質	V-type sodium ATPase subunit NtpG (F) / V-type sodium ATPase subunit G / Na(+)-translocating ATPase subunit G / V-type sodium pump subunit G 分子量: 12689.339 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterococcus hirae ATCC 9790 (バクテリア) 株: ATCC 9790 / 遺伝子: ntpG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P43455

-
非ポリマー , 5種, 70分子

#5: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#7: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#8: 化合物	ChemComp-B3P / 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / 2,2′-(トリメチレンビスイミノ)ビス[2-(ヒドロキシメチル)プロパン-1,3-ジオ-ル] 分子量: 282.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₂₆N₂O₆ / コメント: pH緩衝剤*YM
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.61 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG3350, sodium fluoride, Bis-tris propane

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Photon Factory

/ ビームライン: BL-1A / 波長: 1.1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月26日

放射

モノクロメーター: Cryo-cooled channel-cut Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.888→50 Å / Num. obs: 84568 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 63.53 Å² / R_merge(I) obs: 0.157 / Net I/av σ(I): 12.456 / Net I/σ(I): 8.7

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.89-2.99	5.3	0.824	1	100
2.99-3.11	5.9	0.657	1	100
3.11-3.25	6.3	0.526	1	100
3.25-3.43	6.5	0.388	1	100
3.43-3.64	6.6	0.284	1	100
3.64-3.92	6.7	0.216	1	100
3.92-4.32	6.9	0.155	1	100
4.32-4.94	7	0.111	1	100
4.94-6.22	7.2	0.112	1	100
6.22-50	6.9	0.079	1	99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP	10.2.31	位相決定
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3VR6

3vr6

解像度: 2.888→49.036 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.74

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.251	4215	4.99 %
R_work	0.2065	-	-
obs	0.2088	84438	99.31 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.888→49.036 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	26298	0	43	64	26405

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	26785
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.753	36260
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.947	10051
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.028	4127
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	4744

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8881-2.9209	0.3803	125	0.3255	2207	X-RAY DIFFRACTION	83
2.9209-2.9553	0.3859	147	0.3181	2614	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9553-2.9913	0.3998	148	0.3108	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9913-3.0292	0.3083	141	0.2881	2670	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0292-3.069	0.3175	111	0.2784	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
3.069-3.111	0.2965	128	0.2654	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
3.111-3.1555	0.3272	145	0.2744	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1555-3.2026	0.3495	128	0.2684	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2026-3.2526	0.349	142	0.2718	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2526-3.3059	0.3093	113	0.2668	2750	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3059-3.3629	0.3508	137	0.2681	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3629-3.4241	0.3082	150	0.2527	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4241-3.4899	0.3013	150	0.242	2692	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4899-3.5611	0.2846	128	0.2208	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5611-3.6385	0.2542	137	0.2196	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6385-3.7231	0.2697	153	0.2064	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7231-3.8162	0.2471	148	0.1989	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8162-3.9193	0.2443	132	0.1997	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9193-4.0346	0.2224	140	0.1921	2711	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0346-4.1648	0.2372	147	0.1879	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1648-4.3135	0.2051	142	0.176	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3135-4.4861	0.2057	131	0.1622	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4861-4.6902	0.1903	140	0.1604	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6902-4.9372	0.2224	152	0.1661	2727	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9372-5.2462	0.2473	135	0.1893	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2462-5.6507	0.2447	154	0.1925	2720	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6507-6.2184	0.2778	158	0.2059	2734	X-RAY DIFFRACTION	100
6.2184-7.1159	0.2365	139	0.196	2758	X-RAY DIFFRACTION	100
7.1159-8.9563	0.1857	153	0.1738	2763	X-RAY DIFFRACTION	100
8.9563-49.0429	0.2066	161	0.1812	2837	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.7158	1.6606	1.752	2.2455	-0.2618	3.1499	0.0315	0.4658	-0.306	-0.0529	0.0031	-0.02	0.2361	0.3701	-0.0017	0.3791	0.1396	-0.0168	0.5012	-0.0142	0.6143	58.384	-13.0047	0.9377
2	3.2582	-0.1271	-0.7244	1.4437	0.1783	1.4106	-0.0262	0.3978	-0.4503	-0.3621	-0.006	-0.0235	0.5022	0.0149	0.0239	0.6486	0.0477	-0.1387	0.4077	-0.0611	0.5333	35.0949	-31.5028	0.034
3	4.9382	0.5772	0.9928	3.4435	1.1615	2.8713	-0.0273	-0.3051	0.2011	0.0834	0.0437	-0.126	0.3256	0.0609	-0.0536	0.4212	0.0609	-0.0864	0.3183	0.0499	0.531	31.644	-16.2071	8.7623
4	3.0445	0.6391	-1.4277	2.1436	-0.6613	2.649	0.0397	-0.4284	0.0547	0.1294	0.0908	0.3179	0.5234	-0.6185	-0.2039	0.5306	-0.1353	-0.1189	0.7155	0.0091	0.5268	4.1721	-30.98	24.2434
5	2.9183	-1.9109	0.1159	2.2167	0.5259	0.3418	0.0119	0.2556	0.1981	-0.1031	0.0964	-0.0131	-0.0847	0.0389	-0.1086	0.4278	0.0163	0.0062	0.4609	0.1196	0.345	43.2156	30.6188	-2.8813
6	0.9463	0.0963	1.0899	3.5574	1.1085	1.8565	-0.2991	0.3132	0.4199	-0.6585	0.3422	-0.0241	-0.7689	0.0699	-0.0381	0.6428	0.014	0.162	0.528	0.2132	0.6263	30.6159	52.8456	1.0725
7	1.844	-0.2897	-0.3507	1.1481	0.0491	2.0753	0.0847	0.0896	0.2803	-0.0354	0.0574	0.1013	-0.2169	-0.1484	-0.1434	0.3452	-0.0061	0.054	0.3119	0.0489	0.3791	26.6024	35.1969	15.8022
8	4.893	0.5072	-1.6619	2.0471	0.2729	3.0019	0.0511	-0.166	0.227	0.3713	-0.0892	0.556	-0.153	-0.6379	0.055	0.4338	0.0741	0.0458	0.4821	0.0201	0.3895	8.4035	29.6639	37.2286
9	1.1551	-0.0737	1.0003	2.1751	-1.6943	4.0539	-0.0365	-0.0002	-0.0256	0.1173	-0.2294	-0.6179	-0.0499	0.1778	0.2645	0.2621	-0.028	-0.0177	0.4072	0.0631	0.4545	77.4809	14.3792	30.0915
10	2.2492	-2.4628	1.2611	6.4079	-1.5036	1.4415	-0.0067	0.0771	0.3872	0.4583	-0.2422	-1.4568	-0.0464	0.5047	0.2325	0.4408	-0.0686	-0.0857	0.6839	0.0756	0.6645	88.322	6.4266	52.3451
11	1.5857	-0.0022	-1.1729	2.0862	-0.7396	1.0175	-0.0478	-0.4302	-0.0301	0.377	0.0948	-0.1654	-0.1107	0.3213	-0.0361	0.3526	-0.0152	-0.0889	0.4667	-0.0067	0.3369	64.6115	5.2301	53.4833
12	1.4433	0.1033	-1.0192	1.6528	-0.4896	1.2529	-0.1383	-0.0409	-0.0579	-0.0744	0.1588	0.099	0.1204	-0.1716	-0.0212	0.4199	0.0048	-0.1135	0.4086	-0.0259	0.3821	54.0178	-2.6662	48.1481
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14	2.1218	1.053	1.4416	4.5912	1.5288	4.8578	-0.128	0.1957	-0.0993	0.2718	-0.2888	0.176	0.2123	0.4546	0.4742	0.5566	0.0825	0.0588	0.5553	0.0276	0.64	76.1214	-7.7507	17.7853
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 62 )
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13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 478 through 586 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 4 through 77 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 78 through 147 )
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17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 218 through 388 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 389 through 455 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'E' and (resid 4 through 77 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'E' and (resid 78 through 201 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'E' and (resid 202 through 263 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'E' and (resid 264 through 305 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'E' and (resid 306 through 386 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'E' and (resid 387 through 455 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'F' and (resid 1 through 38 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'F' and (resid 39 through 77 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'F' and (resid 78 through 106 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'F' and (resid 107 through 147 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'F' and (resid 148 through 217 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'F' and (resid 218 through 263 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'F' and (resid 264 through 296 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'F' and (resid 297 through 364 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'F' and (resid 365 through 455 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'G' and (resid 6 through 77 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'G' and (resid 78 through 126 )
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37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'G' and (resid 173 through 206 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'H' and (resid 2 through 8 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'H' and (resid 9 through 14 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'H' and (resid 15 through 29 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'H' and (resid 30 through 44 )
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'H' and (resid 45 through 62 )
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'H' and (resid 63 through 71 )
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'H' and (resid 72 through 84 )
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'H' and (resid 85 through 97 )
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'H' and (resid 98 through 103 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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