+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5klq | ||||||
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Title | Crystal structure of HopZ1a in complex with IP6 and CoA | ||||||
Components | Orf34 | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Ser/Thr acetyltransferase | ||||||
Function / homology | Function and homology information O-acetyltransferase activity / host cytoskeleton / inositol hexakisphosphate binding / metabolic process / Transferases; Acyltransferases; Transferring groups other than aminoacyl groups / toxin activity / host cell cytoplasm / host cell nucleus / host cell plasma membrane / extracellular region / membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Pseudomonas syringae pv. syringae (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.4 Å | ||||||
Authors | Zhang, Z.-M. / Song, J. | ||||||
Citation | Journal: Nat.Struct.Mol.Biol. / Year: 2016 Title: Structure of a pathogen effector reveals the enzymatic mechanism of a novel acetyltransferase family. Authors: Zhang, Z.M. / Ma, K.W. / Yuan, S. / Luo, Y. / Jiang, S. / Hawara, E. / Pan, S. / Ma, W. / Song, J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5klq.cif.gz | 376.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5klq.ent.gz | 309.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5klq.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kl/5klq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kl/5klq | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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3 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 37983.453 Da / Num. of mol.: 3 / Fragment: residues 29-369 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas syringae pv. syringae (bacteria) Production host: Enterobacteria phage L1 (virus) / References: UniProt: Q6VE93 #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-CIT / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.67 Å3/Da / Density % sol: 53.9 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: 20% PEG10000. 100mM HEPES, pH 7.0, 200 mM ammonium acetate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 5.0.1 / Wavelength: 0.9774 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jan 24, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9774 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.4→47.57 Å / Num. obs: 15997 / % possible obs: 97.3 % / Redundancy: 2.5 % / Net I/σ(I): 4.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: HopZ1a Resolution: 3.4→47.566 Å / SU ML: 0.5 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / Phase error: 29.49
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.4→47.566 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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