PDB-5kkx: Crystal structure of a TbpB C-lobe mutant from Neisseria meningit...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5kkx

タイトル

Crystal structure of a TbpB C-lobe mutant from Neisseria meningitidis M982

要素

TbpB

キーワード

TRANSFERRIN-BINDING PROTEIN / Lipoprotein / transferrin receptor / iron acquisition / vaccine candidate

機能・相同性

機能・相同性情報

cell outer membrane / cell surface
類似検索 - 分子機能

生物種

Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Calmettes, C. / Moraes, T.F.

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Engineered hybrid transferrin binding protein antigens for protection against Neisseria meningitidis
著者: Fegan, J.E. / Calmettes, C. / Yu, R.-H. / Moraes, T.F.M. / Schryvers, A.B.

履歴

登録	2016年6月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年7月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.2	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5kkx.cif.gz	198.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5kkx.ent.gz	160.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5kkx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5kkx_validation.pdf.gz	448.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5kkx_full_validation.pdf.gz	455.5 KB	表示
XML形式データ	5kkx_validation.xml.gz	20.8 KB	表示
CIF形式データ	5kkx_validation.cif.gz	29.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kk/5kkx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kk/5kkx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ve2S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3jau-d 3wbd-2 6f4r-1 3jtg-d 1k79-2 5q1d-1 2o34-1 6qtl-3 4f84-d 2p5m-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #59 - 2004年11月光化学系II (Photosystem II) 類似性 (1)

登録構造単位

A: TbpB

B: TbpB

ヘテロ分子

53 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: TbpB

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: TbpB

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	132.939, 132.939, 64.353
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	90
Space group name H-M	P42₁2

詳細

The biological unit is a monomer. There are 2 biological units in the asymmetric unit (chains A & B)

#1: タンパク質	TbpB 分子量: 26428.445 Da / 分子数: 2 / 断片: Mature TbpB / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Neisseria meningitidis (髄膜炎菌) 株: M982 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q09057*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 192 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.27 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: 0.1M Bicine pH 9.0, 20% Peg 6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 45817 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.9 % / R_merge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 7.8
反射シェル	解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 0.86 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.7.1_743	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	2.3.0	位相決定
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3VE2

3ve2

解像度: 2.1→33.24 Å / SU ML: 0.51 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.61

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.212	1488	4.37 %
R_work	0.168	-	-
obs	0.17	34081	99.5 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / B_sol: 48.75 Å² / k_sol: 0.33 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 52.34 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.0786 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.0786 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.1572 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→33.24 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3602	0	12	192	3806

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3724
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.059	5013
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.34	1375
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.078	537
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	656

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.1678	0.2154	134	0.1844	2924	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1678-2.2452	0.246	133	0.1872	2930	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2452-2.3351	0.2387	134	0.1895	2919	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3351-2.4414	0.2512	134	0.1805	2925	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4414-2.57	0.2281	135	0.1925	2956	X-RAY DIFFRACTION	100
2.57-2.731	0.3052	134	0.1887	2929	X-RAY DIFFRACTION	100
2.731-2.9417	0.2499	134	0.1832	2950	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9417-3.2375	0.2176	136	0.1663	2964	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2375-3.7055	0.2111	136	0.1604	2971	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7055-4.6665	0.1677	136	0.1399	2997	X-RAY DIFFRACTION	99
4.6665-33.2389	0.2035	142	0.1739	3128	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9691	-0.4888	-0.537	3.0553	-0.1019	3.4103	-0.5702	0.1658	-1.3592	0.0506	0.1745	-0.1828	1.1652	0.1375	-0.2238	0.4746	0.0649	0.0946	0.182	-0.0326	0.5416	43.8004	8.92	-20.4191
2	2.424	-1.0659	-0.4079	3.1959	0.4675	2.4414	0.0028	0.0948	-0.2429	0.1719	-0.0282	0.1724	0.2105	0.0186	-0.0337	0.1084	0.0032	-0.0007	0.0967	-0.0206	0.0812	37.3482	26.3999	-15.881
3	6.6952	1.0083	0.0922	3.6937	0.7226	4.2497	0.0848	-0.1785	0.2802	0.0489	-0.0989	-0.0943	-0.1468	0.1622	0.1361	0.1618	-0.0002	0.0068	0.1096	-0.0083	0.1124	42.234	31.7416	-20.0947
4	4.6704	0.5194	0.5382	4.2392	0.3254	2.9474	0.0397	-0.1204	0.0523	0.277	-0.0039	-0.1368	-0.1911	0.4225	-0.0249	0.1758	-0.0015	-0.0348	0.124	-0.0377	0.1241	44.5467	27.378	-21.0079
5	4.1112	-0.7707	-1.227	2.5252	0.1207	2.5132	-0.081	-0.1182	-0.4589	0.3239	0.0089	-0.6565	-0.0322	1.1247	-0.0456	-0.0488	0.0239	0.057	0.5393	0.0861	0.2986	70.6531	25.2856	14.0246
6	3.6263	-0.6454	-0.2044	2.3719	0.006	3.3936	0.0328	0.6217	0.8237	-0.1527	-0.1259	-0.0511	-0.5695	0.449	-0.1336	0.0343	-0.022	-0.0101	0.2095	0.0963	0.2298	57.0858	38.5276	9.4092
7	5.1705	2.4476	-1.3114	5.7727	-0.8553	1.1243	-0.0909	-0.2448	0.336	-0.249	-0.1123	-0.0555	-0.1676	0.1438	0.1234	0.2174	0.0074	0.0124	0.2406	-0.0143	0.2338	50.5443	33.2167	15.0135
8	3.7332	-0.0277	0.173	4.6846	-0.0349	4.9428	0.0535	0.1255	0.5927	-0.2189	-0.1418	-0.2527	-0.3894	0.346	-0.3007	0.1175	-0.024	-0.0112	0.2519	0.0185	0.2577	59.012	36.2353	13.5754

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 380:466)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 467:521)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 522:555)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 556:612)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 379:465)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 466:539)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 540:582)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 583:612)

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)